查询质粒方法汇总

1、如何查找质粒图谱之我见 plasmid map. Vector Seque nee方法汇总经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子 直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子， 希望对虫子们有些帮助。这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望 其他虫友指正。方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，in vitroge n 公司的这款

2、软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。后面的很多方 法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括in vitroge n 公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。（这款软件的下载和使用说明书站内很多）SPRS4265726CrcularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez$pRS4256845CircularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez園p眄斗2456

3、16QrcularBasicNCBI EntrezNCBI EntrezOpRS4235797CrcularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez叵PRS4134970LinearBasteUNKNOWNUNKNOWN4887CircularBasicNCBI EntrezNCBI EntrezE0PRS315&018OrcularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez0PRS3144783CircularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez4957CrcularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez0PRS3O&4373Lin

4、earBasicUNKNOWNUrJKNOV；NEpRS2004791CircularBasicNCBI EntrezNCBI. Entrez方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很 多人没看到，现在在此重新总结下1.Vector Database地址：/g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS可以看到，之类质粒一共有三十多个。Oaddgene

5、 Vector DatabaseVector Database is a list of plasmid backbones from publications and several companies including cloning, n expression, and Ientiviral gnd retroviral plasmids The database is compiled by 飙卫耍惩 and hosted on Lat any of the plasmids listed in this catalog.Search Vector Database R啓巳苣已可el

6、lBrowse alphatietically1 46ABCDEFGHNKLMNPR SIUAdm by Googfee5t lvHYbidState-of-the-ArtTechnologies PremiumService Quality InteractorsWAVb* protei n I i ramPCR ProdiictsTop quality, less cost 2X HotStart PCR Master Mix save 25% - i l rr-r.rr: Hr.r-Prev | 1 1 2 i 3 1 NextNameTVPeSourceD01 3ATCCPRS4OBY

7、east expressionAddgene Plasmid ReposDRS420Yeast expressionAddgene Plasmid ReposYeast expressionAddgene Plasmid ReposDR葩 14StratageneDRS418Yeast expressi onAddgene Plasmid ReposDRS428Yeast expressionActdgene Plasma ReposORS303ATCCDRS404Stratagene44 items matching pRS. (Clear)找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图

8、谱了OaddgeneVector DatabaseVector Datab自$已 is a list of plasmid backbones from publications and several companies, including clonin expression and lentiviral and retroviral plasmids The database is compiled by AddgEn巳 and hosted on I any or the plasmids listEd r this catalog.Plasmid NameSourcevendorPR

9、S413ATCC5000Plasmid SequencVttl 694M-s-gI 71t触iwl列&1ase RS413 Vector SequenceSequence Map and Features BLAST AlignDigestT ranslateSequenceCurrent sequence: 4970 base pairs/亡问 | FASTAig已nE自也 Revels巳 Comm亡Find151101151201251301351tcgcgcgt 11gagaeggteatcagggcgcgeggea t匚 agagaget tggtgttigtcagggttactctt

10、ggcggtgatgaccagcttgtetteagegegtggcagat tgtaagegetaggaaagtcataaccctcctctagttt ttt ttt tJKNextggtgaaaaccgtaageggatttggcgggtgetgagagtgegtcactgccaacagtcct tttacactctatcccctagcggtctgacacatgeegggageatcggggctggaccataaat tggtatcgtt tcccgcaat 11at t tt tttatatgactctttgcagctcccg gacaagcccg uttaacta七日 cccgttt七

11、毎呂 jaacacggca tutt 11teta gcctcggtaa 11 tt tt 匚t tai* Click to HighlightDGEX m D5 仁29AfeL cuts beftHE 214- HlaL Ull怡 as!2 厅95ORF 胭E502 1 怖2 日引WL cu馆bmfwe 9仃1卫 09EmtL cuts 二 “QE 1013Bell, cuts before 1053如何得到比较好看的质粒图谱呢， 看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做 了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建 txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名

12、由 txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。LOCUSDEFINITIONACCESSIONKEYWORDSSOURCEORGANISMFEATURES sourcepRS413PRS413otheraisc featuregeneCDSrep_originjKisc featureMisc featurejuisc feature4970 bpDNASYN2Q-Apr-2011sequences; airtif icial sequences; vectors .Locat ioti/Qualif lers1. ,4970/organ ism-pI?

13、S413/juoL_type =other DMAcompleinen t ( 2 9 . . 51)/label=pGEX_3_primer504. 1160/label = (, HISS u丿庐ti巳504. 1163ziabelHISa/gen-11 HISS-/rrote= 11 ORF frame 3 /transLation=,MTEQKAlVKRITNETKIQIAISLKGGPLAIEHSIFPEKEAEAVA EQATQSQVINVHTGIGFLDHMIHALAKHSGWSLIVECIGDLHIDDHHTTEDCGIALGQ AFKEALLARGVKRFGSGFAPLDEA

14、LSRAVVDLSNRPYAVVELGLQREKVGDLSCEMIP HFLESFAEASRITLHVDCLRGKNDHHRSESAFKALAVAIREATSPNGTNDVPSTKGVL 恥-complsiRent(一 . 1361)/label3f i_origincomplsinen t(1894. 2037)/1abe1=1acZ_a2003 .2030/label = d,ML 3_pUCLi wd_pr i mer-2023 .2039 /isbel=or ward 2 0_pr i rter因为这个网站我经常用，并且和NCBI网站的运用方式一样，以及和 Vector软件的配合使用，

15、因此讲解比较啰嗦。2.Vector DB网址：/vectordb/vector.html这个网站我也用得比较多，总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。曲吒T y觑8 commonly-皿屈 in mclscular 522& Vsct&-s w和t虫 arc also in G曲EEk hcre dict /inks tc tat database vjVectorDB is unsupported* Use this site as isThe VectorsOram&m Hcton fbr Dfosod 用?a V

16、rctofs fbr C 总/頤期j ectors for eastPhage Vectors Plasiiud Pha匱etnid PhMinid Cosmid Vectors VffusJVectors YAC Vectors不过唯一有一点不爽的就是，这个网站竟然没有搜索栏啊，太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分。方法是：网页工具栏 编辑 在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。比如：我们输入pRS是不是就和搜索栏一样岀现有用信息了？点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒PRS303为例，如下图。有用信息

17、除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequenee link进入是该质粒的序列。NCBIIink ，点击直接进入了 NCBI,如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解释。pRS303 Functions : (cloning) Selection : 0 Copy dumber :Hosts : (E.coE HBlOlXSaccharomyces cerev Suppliers : (ATCC)Misc.Comments : pRSS56: constructed by H Ndel and Aatll sites betw een bla and fl

18、 origin of integrating vectors (ATCC 77138-77141) dffierii for in itro RNA synth巴si见 priming sites useful fbt -pMBl on - bla. Restriction digests of the clone Note: there is eicperiniental endeoce restric version of HIS3 ZT5110； not the annotated vGenbank entry is properly updated Parents ：0 Sibling

19、s :(pRS304XpRS305XpRS306)R亡tum to Y亡ctor HomBag亡3. NCBI网址：/真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他功能我就不介绍了，重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。如下图，search下拉框中选中Nucleotide，搜索栏输入质粒 名称，拿pRS303举例：NCB! Resources HowTd i!2 NCBIMotional Center fewBiotechnolMy Informstfonsearch后，得到搜索结果，如下图，点击右边的send to

20、，选中file ，genebank等选项，点击CreateFile选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。2 汨匚Bl Resources HoTo NucleotideAlphabet of LrfeSearch IJucleatideLimits Advanced searcfi HelpSearchClearDiEDl 日YSeffindB；叼 GenBankYeast integrative vector pRS303 with HES3 marker, complete sequenceGanBank: U03435JFASTA Crmph

21、icsGo lo: LOCUSDEElNiTlOJiACCESSIONVERSIONPkS3034443 bp DMAelreulir SN 14-SEP-1555antfegrative vtctsr pRS303 with HISS rukerr coniletequ&ne.UQ3435U03435.1 GT 沁】阳 M4 其他查找质粒图谱的网站：寒梅砺剑阁（不是很全）bioaskhttp:/www.bioask.c n/html/857.htmlAddGe ne （西瓜版主提供，真的是个非常不错的网址）这两个网站其实也很不错的，使用方法都是大同小

22、异，就不特别介绍了，希望就放收藏夹就可以了。方法三：一些重要试剂公司网页其实也是一些网站，因为这些网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信 息，因此单独拿岀来做一个分类。做分子的虫子都知道，现在很多质粒，特别是应用比较广泛的质粒 都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。比如简单的，克隆载体 pMD18-T TaKaRa有木有；pGM-T天根，有木有；一些表达载体，使用最广泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有双MCS的 Duet系列载体，Novagen 的；毕赤酵母表达质粒 pPIC3.5k，pPIC9k, pPICZA pPICZaA

23、等等，都是invitrogen 的；另外一些 pYES酿酒酵母表达系统，也是in vitroge n的，因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。比如：这个虫子求 pGM-T载体序列，见帖子 ，如下图，他们公司主页有吧。/C TIANGEN天根生化科技(北京)有限公司TIANGEN BIOTECH (BEIJING) CO. LTD首页 黄于我ffl 信县资讯产品展示技术支1严品捜聿 PGH-T连接试剤盒(含载律连接篦目录是VT202-0i20111天,关键宇：I分类：全部基本分类-范園：产品目录号 1 索b产品分类核酸提取与纯化13 PCR相关产品Il R

24、T-PCR”荧光定BPCR各类检测用试剂童N *IU B JI - XL-.产品简介PGM-T连接试剖亶适用于FCR产物的克隆可将PCR円扯 步骤为了提高连接效率，本试訓倉提供了两种连SBuffer 最佳连接効果；2xLigation Buffer II为快遠连接Buffer,:保存条件煽受态细胞要严格的在-7C冰存，SOCfil另外：invitrogen公司：Novagen公司： 在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表 达系统操作手册，原核表达看完pET表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统，一些表达方面的的知识你就是半个专家了，扯远

25、了。方法四：如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时，可以在google scholar中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源；或者 籍此向作者咨询或索取。另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). Site-specific chromosomal integration of largesyn thetic con structs. Nucleic Acids Res 38(6): e92.这篇文献，介绍了一种

26、大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如 何查找到这三个质粒图谱了呢？首先在PubMed中搜索到该文献，如下图。PuU. SLibraiy 历 McaidneNatic；曲I I 龄titin富 of HeaffliSearch PubTJedLimitssearch HelpSearchC earQisol 沖 EEitinQS: Q AbslractIli匚IgAu虫躲乩 2010 Apr;3&向疋號.Epub 20 临 Jam 4.Site-specific chromosomal integration of large synthetic construc

27、ts.KuErnmni TIE COk ECDepartraent of Molecular Bniogy, PrnMlDn UEniveraty, Waslrgtort Rciad Pnncelan, NJ OBS441O14 USA. tkuhtma1rprncet0n.ediJAbMrctWe have developed an effeclive. easHo-use two-step sjistem for the sile-directed insertion dFlarge geneticCTnstructs into arbitral positions in the Esch

28、erichia coli dirornoscn uses lambda-Red mediated recxunbineeringi aooonipanied by lhe introduction of double-strand DNA breaks inlhe chromosome and? a donor plasmid bea rinqthw desired insie-i Our method!, in contrast to existing rewmbineering or phage-derived insertjon methods, allows for the inser

29、tion ofve larg-e fragmenls into an? desired location and in any oriei demonstrale ttiis method Dy inserting a 7kb fragment consisting of a venusagged lac repressor gene along with a target IacZ reporter into s-ix unique sites (Jistributod-symme the chromosome. We also demonstrate tiie universal1 and

30、 repBtabilrti of the method by separatety inserting the lac repiassor gene and lh lacZ target into tne chromosome localions around Itie chromosome via rep sated applica.tion of tn protocol.PWID; 2H47970 PiibM-ed - hwSffx期 for I.1EDUME W：CE： 1,.1C284724S Free PMC Artic leImages from this publication. 鈕回齐豁 】fee柜