12非编码rna数据库及分析工具05设计sirna序列

1、在线设计基因、lncRNA的siRNA/shRNA序列siDirectDSIRSigmainvivogenRNAi Codex12345网址： siDirect1：输入基因的accession number（NCBI）siDirect2：点击，自动出现对应序列3：点击，设计siRNAsiDirect点击options,可设置其他参数点击options，网站会给出一系列的siRNA及其他判断信息，如Tm值，脱靶效应，GC含量等siDirectsiDirect以小鼠HOXC6为例，accession number为NM_010465.2siDirect红框处即为得到的siRNA序列，包含正义链（上

2、行）和反义链（下行）siDirect以人LINC01018为例，accession number为NR_024424.2DSIR（寻找基因、lncRNA的siRNA/shRNA序列）2网址： DSIRDSIR1：输入基因名2：输入FASTA序列DSIR3：选择要设计的序列要求4：运行DSIR以小鼠HOXC6为例，NCBI中找到小鼠HOXC6的转录本序列DSIR选择siRNA 21nt，点击运行网站会按照评分高低，将设计的siRNA排序，且去掉评分在90分以下得siRNA,我们只要选择排在前面得siRNA即可。SS为正义链，AS为反义链DSIRDSIR以人LINC01018为例Sigma（寻找基

3、因、lncRNA的shRNA序列）3网址： science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.htmlSigma输入基因名或基因IDSigmaSigma以HOXC6为例点击shRNASigma此处包含种属信息，可根据需要选择好种属，然后点击价格SigmaProduct Details下面出现VALIDATED，即为验证过的序列。一般倾向选择CDS区的shRNA。sigma一般为pLKO.1载体，其shRNA序列一般为：5 CCGG21bp senseCTCGAG21bp antisenseTTTTTG 3正

4、义链反义链Sigma该网站有关lincRNA的沉默序列非常少；因此不建议选用该网站设计shRNA序列invivogen（寻找基因的siRNA序列）4网址： invivogen1：输入基因名2：输入编码序列invivogen3：点击搜索invivogen以小鼠HOXC6为例，NCBI中找到小鼠编码区的HOXC6序列invivogen点击搜索后即可得到上述siRNA序列信息RNAi Codex（寻找基因的siRNA序列）5网址： RNAi CodexRNAi Codex搜索形式多样，如基因symbol、Accession number、Ensembl ID等种属包含：人、小鼠、大鼠RNAi Cod

5、ex以人HOXC6为例，选择Symbol，输入基因名，选择种属人，点击提交；结果中点击箭头所示的编号，即可出现序列信息（红色序列即为siRNA序列）小结网站名类型适用范围检索方式种属网址siDirectsiRNAshRNAgenelncRNAaccession number不限 design.cgiDSIRsiRNAshRNAgenelncRNAgene name & FASTA不限 SigmashRNAgenelncRNA(少）gene name /symbol/ID人/小鼠/大鼠 /china-mainland/zh/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.htmlinvivogensiRNAgenegene name & 编码序列不限 RNAi