几款软件构建生物进化树的方法比较

1、生物进化树的构建 目录 前言2. 一、NCBI6. 二、Mega8. 三、DNAMAN12 四、DNAStar1.6 五、Bioedit1.9 刖百 1 .背景资料 进化树（evolutionarytree）又名系统树（phylogenetietree）进化树， 用来表示物种间亲缘关系远近的树状结构图。在进化树中，各个分类单元（物种）依据进化关系的远近，被安放在树状图表上的不同位置。所以，进化树简单地表示生物的进化历程和亲缘关系。已发展成为多学科（包括生命科学中 的进化论、遗传学、分类学、分子生物学、生物化学、生物物理学和生态学，又包括数学中的概率统 计、图论、计算机科学和群论）交叉形成的一个

2、边缘领域。 归纳总结生物进化的总趋势有以下几类: 结构上：由简单到复杂 生活环境上：由水生到陆生 进化水平上：由低等到高等 一般来说，进化树是一个二叉树。它由很多的分支和节点构成。根据位置的不同，进化树的节点分为外部节点和内部节点，外部节点就是我们要进行分类的分类单元（物种）。而物种之间的进化关系则用节点之间的连线表示。内部节点表示进化事件发生的地方，或表示分类单元进化的祖先,在同一个进化树中，分类单元的选择应当标准一致。进化树上不同节点之间的连线称为分支，其中有一端与叶子节点相连的分支称为外枝，不与叶子节点相连的分支称为内枝。哺乳类 被子植物 节辰祠 皖肠动物 原生动打 物 蕨类 进化树一般

3、有两种：有根树和无根树。有根树有一个鲜明的特征，那就是它有一个唯一的根节点。这个根节点可以理解为所有其他节点的共同祖先。所以，有根树能可以准确地反映各个物种的进化顺序，从根节点进化到任何其他节点只有能有一条惟一的路径。无根树则不能直接给出根节点,无根树只反映各个不同节点之间的进化关系的远近，没有物种如何进化的过程。但是，我们可以在无根树种指派根节点，从而找出各个物种的进化路径。 无根树 OI OJO 有根树 分子进化树（以分子数据为依据构建的进化树）不仅精确地反映物种间或群体间在进化过程中发生的极微细的遗传变异（小至一个氨基酸或一个核昔酸差异），而且借助化石提供的大分子类群的分化年代能定量地估

4、计出物种间或群体间的分化年代，这对进化论的研究而言无疑是一场革命。 序列比较是生物信息学中最频繁也是最有价值的工作。要知道一个序列（结构）与另一个序列（结 放射树 有根树、无根树 bacteriaoutgroup夕卜围支 拓扑结构： 有根树： 反映时间顺序 archaeaarchaea archaeaarchaea archaeaarchaea eukaryeukaryoteote 无根树： 反映距离 -3E Ml二，ww即士，R用0tlyGM33BUcompletegw. 构)或者与一批序列(结构)之间的差异，唯一的途径就是序列(结构)的比较分析。序列水平上的比较反映的是字符串之间的差异，能

5、够发现碱基序列或者氨基酸序列的保守模式。但是，在分子生物学中，比较是多方面的，除了核酸或蛋白质序列的比较，也可以是结构的比较等。事实上，相差很大的序列可以形成具有相同功能的分子。而结构水平上的比较更能反映功能上的差异，能够发现与功能紧密相关的结构域。结构比较方面的工作都是围绕蛋白质及RNA展开的。 构建进化树的方法包括两种：一类是序列类似性比较，主要是基于氨基酸相对突变率矩阵(匚用PAM250)计算不同序列差异性积分作为它们的差异性量度(序列进化树)；另一类在难以通过序 列比较构建序列进化树的情况下，通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树。 三种主要的建树方法分

6、别是距离法(distancemethod、最大节约法(maximumparsimony,MP)和最大似然法(maximumlikelihood,ML)。 2 .同源性 同源性(homology)是比较生物学中的一个中心概念。同源，最基本的意义就是具有共同祖先。一般来说，如果两个物种中有两个性状满足一下两个条件中的任意一个，就可以称这两个性状为一对同源状。 在分子进化研究中，同源性一般是指两个核酸分子的核甘酸序列或者两种蛋白质的氨基酸序列质检的相似程度。序列分析是最终测定同源性程度的方法。 直系同源(orthology)可以反映物种血统上的同源性，即物种进化的历史 并系同源(paralogy)只

7、反映基因进化的历史。 异同源(xenology)仅仅部分反映基因进化历史。 多异同源(paraxenology)与异同源的不同点在于主要基因组中它拥有的两个或者更多的外源基因拷贝。 部分同源(plerology)由许多不同功能部分组成，而一个基因的组成中包含其他基因的片段。 NCBI BLAST StandardNucleotideBLAST HCBIi1BLASTbhstnsuite blastx blastn blast口 tbllastn tblastxtblastx EnterQuerySequence orFASTAEequence(s) Clear V37217 Oruploadf

8、ile 未选择文件 moremore gb|U37217J|(2920letters) GGraphicSummaryGGraphicSummary Colorkyforalignmentscares 比对结果相似度 MoleculetypeQueryLength QueryID Description DatabaseName Description Program 卜NCBIBLASTblastnsuite/FormaningResults-ZAHCSD8Y01N Enteraccessionnumber(s) Mouse-overtoshowdeflineandscoresclickto

9、showalignments 2.比对后的结果分析 1.进入NCBIStandardNucleotideBLAST标准界面，输入要比对的序列、名称 Nucleotidecollection(ntj BLASTN2.2.29+Citation EditandR日submitSav通ScorchSt伯t跑二号oFonn白ttinq0PtitDowriload ZAHC8D林Y01N(Expireson08-2209:04amj 卬1114m2g0lgblUZjl7HPU37217 Humanpapillornavirustype16variantLIandL2capsidproteingenes,

10、completecds nucleicacid 2920 BLAST HomeHome RecentResultsRecentResults 40=200=200 1100 1650 2200 TaxBLASTReport Index Li口白Report CrqariisrnReport TaxondmyReport H即 LineageReport Hujnarip&pillotn&virutype16virusts HunanpapillgmviEEtyp&16-5267IBUhitsvirusesjhimanpapillqn*viUEtyp316YwiantLI5dL2capsidpr

11、atq OrgagjmRR0rt 距离进化树分析结果 Res 白 ITi白电DownloadTree Mouseoveraninternalnodeforasubtreeoralignment *liumaiipupilLunuviruiitype16IsoldeQir20322tcorapleiegunume ,IuiiunpuiLkimsinjHnjie1ftstrainCL_4,complete 器而 me 令 Iluniaiip4Mli 心 mminjq口 pc16iu.ilaleQvMU工 cojnpklcgeiaonierimiian网 Mik3mit#imwtype16IT722

12、Eaeonipletegeiion睑 Hum 山 ipapLlkjnuvirustypc166IS158E.ixniipletegenume ；Iluinaii网川logviru量type16丽lateQvOQSTO,.completegenome中Iluiiiiiin|ipllkiruiiiiruihtype16dune1cumplelegenonieEfldriianpapUkimvEEustype16+仃仙山 ZG05-249,completeperiiime *Humwpupilloomirns.pe16strainZGOL-IJ.wnipleflegenome Ilu)kmlonvi

13、ruitype16MrainZG03-145,conipletegemHtie Hiimatpapillotiuvliutype16strainOJ9.cuttirplete 生它 nunie lljjmarii 网ilkimu、iruipe1ftgMMeQvOflflSO,cj)e16LMjHleQk335tH.i.-LntipleliegtiiotDe IImnunppilkmavinjlpcIA1气，1 寓 Ctompkleenonkf 41ImninpupilkutkBirusKpe16isoHle513956.CLiinpleleenonte Ihnnuniruxhe1i*hicQw

14、iH.HmrHpk,iir跟小用匕 产 Hummpapilkutsiruskpe16strjiiiCU2rcoileieueiionie Himanpaphkxnutin91ylMIKi 单卜 QiuQ*I91lfihcmnpktejicnonK 41luiiinpeLpUkutkitirusKpe16isolateQvl47(),vnmpkleiionte hjrmmfhupilloniaxinj*1ype16iwluceQr25O帕.complylegenome pdpilLonid.iru、lypeI6enonikLEAPauricleischieiJRJ77- 卡卜 lumiuipup

15、illonuvinjgiy 陛 16inugraiedSiliuEIPVJ6vuruiuDNA.mpsidprotein 明叫 cumplui 七国九IUMJflankingcvlluLuf. II-Ifabn4h.ii.h.ii.h.ii.ii.jH rmmmic*IIIBnicnim iiiiiiI.iImII AAAAAAAAAAAAAA 展，TTTTITITITITTTTAAAAAAAAAAAAAA”TTTIIITTTTTTTT. i.h.-I.-h.-I.-h.-I.-h.I.-h.I.-h.1 TTTTTTTTTTTTTTTAAAA 产 A 尸 A 安AAAAAW PAAAAAAA

16、AAAAAA”ii-1ii-1i.-1i.-1ii-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1 AAAAAAAAAAAAAA 展，AAAAAAAAAAAAAAWRIA：中AAKAIP!A ZA函兀：】岁 函函函函函函函函函函函函函函:日 AAA匚 AAkAA|函 A 匚 AA 匚 AAA”nicimimominminmni函rmm门 AAAAAAAAAAAAAA：i：AAAAAAA|匚 AA 匚 AA 匚 AAA 靠， AAAA”函”函函函函”皿i.hjhJh.hHJhjHJhjHJhjhjii.jH TTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAA

17、AAAW hjhJhJh.h.h.hJhJhJhJhJhJh.-l|H| I.-1i.-1I.-1i.I.1i.i.1i.1i.1i.1i.1i.1i.1 niccvimimimmIBIIBrii门riireu，AAAAAAAAAAAAAA” Piaipiawamigiwpi” AAAAAAAIFA 匚 AA 匚 AA 匚 A”RIA：中AAKAIP!A ZA函兀：】岁 函函函函函函函函函函函”皿 ijJI.iiJI.【it)hJit)hJit)hJit)hJlithJ AAAAAAAAAAAAAAHi.-1I.-1i.-1I.1i.11.i.1i.1i.1i.1i.1i.-1ii.1i.1i

18、.1 AAAAAAAAAAAAAA” 哑I NASEqumncesti-卬nE-sEDdFm 芭喘的崇马运*一虞 IDIsrsImld-rMfplsrr-ll-rl2-gnmBnrBISEJQILIBncCPIr口-6P-SYHE-P ,Mega 1本m卫事宣)40若承+) 比对完成后，查看进化树 首先显示比对后文件到PhylogeneticAnalysis 得口 三野阴鼠至成盅笠石悔 AlgrDataModesDistanceD-versityPhyogeryUserTreeArcestcfsSelector!ftatesClocksDiagnose M6:AlignmentExplorer

19、(HPV16completegenome.fas)M6:AlignmentExplorer(HPV16completegenome.fas) Site#10withUw/oG9DS 查看比对结果ClurtalWProgressClurtalWProgress Pairwisaalignment Speciss/JLcerv 1.61 灵？我|七一口3。.工|_曰 5己匚/现口: 2,51153760193|gb|KC470229.1|_Hunanj?apilJ 3.311145353244AIEF202153.1-Tinrtrilll 口回区 00 Data EditSearchAlignme

20、ntWebSequencerDisplayHelp DCreateNew BOpen Reopen Clos Sequences PhylogeneticAnalysis USav白Session曼ExportAlignment Ctrl-S 的德 X X 怕直匐 I I， jrupUaxe *DNASequences ProteirSequences 蜉Tranjlate/Untrarislate 看SelectGeneticCodeTable ReverseComplement Reverse Complement ExitAirExplorer 工 5*gi|342S7-1gb|JSD0

21、4099.11_-mii=_j:aFill=aviru5_t7pe_l_* J -HH9T-7 AAAAAAAAAAAAAAA二二二,二一二二 T-7- TA , Cutsf-fcdt5 也亟 , Dffitarc*DF鼻rs。 Mb:SequenceDataExplorerMb:SequenceDataExplorer QataDisplaySearchgroupsHighlightStatisticsHelp 嘉S uucuucWPhWPhe e 00E000 SpecialMM ZName 01gi|310698439|reflNC0015262|Humanpapillomavi 72g

22、i|56463023|gb|AY686584133.gi|56463014|gb|AY6865831a4gi|56463005|gb|AY6865821亘5一gi|56462996|gb|AY686581.106gi|56462987|gb|AY686580.1 57gi|56462978|gb|AY6865791 Humanpapillomaviru： Humanpapillomaviru： Humanpapillomaviru：Humanpapillomaviru：Humanpapillomaviru：Humanpapillomaviru： E8.gi|560891922|dbj|AB83

23、9494JHumanpapillomavir ”9gi|560891913|dbj|AB88949311Humanpapillomavir HW.gi|560891904|dbj|AB889492.11Humanpapillomas 11.gi|560891895|dbj|AB88949111Humanpapillomas 1/8017 Conserved:6913/8017 MEGA06(6140225)MEGA06(6140225) FileAnalysisHelp 三TA DatsModesDfstirct GroupI E|CTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c

24、 AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAAtA T T T T T T T T T T T Data Data 显示进化树 Phyen. 石gerOL5) DataSubsettoUse Gaps/MssrqDatareatent Competedeuton SectCodonPositions01st 回 2nd 回 3rd 回 NorcodlngSes ，Compute|XCancel 插入序列，多序列比对 ,DN

25、AMAN-HPVJBcompletegene.fasta 序列 查看进化树 巫.亳.矗,K,也.。.V DhiiyPYoa-BrYywrTrwArctT5SflwtorRartsiCbckvD;r-;w alaMW W 口3巴口8 匚F回I Originaltree 日口琪鼠胃口 consensust 用自 SubtreeVievCompute MbrTreeExplorer CaptionHelp. a.OMJ 网_gi|U5963154|gb|EF202143.1|Humanpapillomavirus 01?gi|5370D1791|gb|KC4702111|Huirianpjpilla

26、iria.irustype18isdlata015370017821950470210.11Humanpapillomavirustypt10isolate O.te?gi|145968181|gb|EF2021461|Humanpapilloniavirustype18 宿Q信 O|QO1gi|285804353|b|GQ180786.11Humanpapillomavirustype18isolateCU10 0.005 0.Q02O.flC O.QQL|gi|5378C13Q0|gb|KC4702121|Humanpapillamavioistype18isolateQ； 1145968

27、208|gb|EF202149.11Humanpapillomavirustype18isolateO(OL22Lgi|14596819|gb|EF2021J81|Humanpapillomavirustype10isolate口区o.oitfCQ1gi1145968190|gb|EF2021471|Humanpapilloms/irustypeISisolateQ-O，pgi|537801B11|gb|KC4702131|Humanpapillomstpe18isolateZ135gi|14S968226|gb|EF202lS11|Humanpapilhmavirustype18isidal

28、eC0,0010(XI1 gi|145968217|gb|EF2Q21501|HumanpapillomaMrustype13isolate 0.003 gi|2859(M362|gb|GQ1807371|Humanpapillomirustype13isolateCU11 0.001. C.003 0.001 -gi|537801974|gb|KC4702301|Humanpapillomavirustype18isolateBE； gi|537B01963|gb|KC47022911Humanpapillcmavimstype1Siw 口 lateQv39- 二、DNAMAN -Pi16匚

29、口叫 二场有七出. 因车型辛比裳 M 9 10 11 12 13 15 CGACAGA&：CCATrCAATATT3TAACCTTTTGTT(AAGCACACACGTAGATTCSTAC：TTTGGAAGACCT(TCAT白片UTFHCCTfATGGATGGTTTlMTGTAjAjSCT&TA&TGGARRAAAjAMMTG&CAGTGiTACAjjT2AA3ATTTGGIAGATTT：GAAACAGAGACAGCACAlSe3TTSTTTAcreCACAG( ACTACJ AGCAGj 主序列弗&5； 51H用 &TTAC：TATGC：H二 TGTAT TCAMJ G-GTCGt CATEC

30、J逆机序更时 TGTIAlenw已工I 显天序 MQ 画 DMA寻性圉日 生制序列医喑(M) .后-THI LRNAVnta fi.2|H-JIME. ZLGGGCGTAACCrtACTGCJAIG：iCTiTACATGiTTGCTTTTCGCGTTTTATTCTi卜区EACJt口 TTGTTGCAGM.：ATGAATAIAKA5AGGAGGAGt 序列与文件 文件：1序列：126 GDNA蛋白质 卜J下一步国）|取消 比对后进化树分析，可以导出为Clustal格式，可以用bioedit来查看DNAMAN多序列比对 3文件电苒蜜李元邈索旧跟刎住善彷B)弓 国E；因我皿运回v *多序列比对照无标

31、题 NBRF格式 MAfMAf1:1:CalculttincScore.CalculttincScore. MA#1:Done!MA#1:Done! |7KC470217.1 |nKC470216.1 KC470215.1 19KC470214.1 ?QKC470213.1 KC470211.1 KC470210.1 KC470209.1 KC47020S.1 DNAMAN1 KC470222.1 KC470221.1 KC470220.1 KC470219.1 KC47021S.1 交CD W 形文件(EMF)限制性分析蛋白后结构()篇水性(H)亲水性QD重符比对所有序列B)善膻案白分析(M

32、) 两序列比对 DNAMAN2 GCG格式 GDE格式 PHYLIP格式 Clustal 格式 O ODNAMANDNAMAN-侈阚ttJM.MSDttJM.MSD H文件(B演言(E)序列理案()限制性翳切引物口GS昌.电aXDC!戏梅运品图黑赞之因帆皿=也上三回虚牌 亮形文件(EMF)叵)限制性分析因重自庆 女()疏水性出)亲水性 重舒比对所有序列因跨膜里白分析(M) WC4TD223二.!,r- 多序列比对,MSD 序列文件 Homology_Tree 案委序列比对M5D*Phyhgenetic.Tree 无粮树放射树： J上HIBl口 四、DNAStar 比对前设置残基表 McgAli

33、gnMcgAlign- -ResidueSubstitutionsofUntitledJ.Hein(Weighted)ResidueSubstitutionsofUntitledJ.Hein(Weighted) 有根树 Weightftd 将要分析的基因系列导入 打开DNAStar下MegAlign GGCGTAAC GGCG2AAe AY6865 JN5653 KF9540 AB8186 FJ0067： HM0S711 AF4C261 OptionsNetSearchWindow 基因系列具有同源性的用JotunHeinMethod比对，基因系列无关联的用ClustalW/Vmethod M

34、egAlignMegAlign UUtiedtied :渣FileEdit Align Y住，OptionsNetSearchWindowHelp Sequence 1ByJotunHeinMethod shift+CtrkJ ByClustalVMethod13- ByClustalWMethod Ctrl+K Ctrl+L OnePair k J UnalignAll Ctrl+= etResidueWeightTable MethodParameters. . 1Ff,. JCreateAlignment*romSelection 二GGCGTAAC3GGCGTAAC:GGCG二AAC

35、查看比对报告 FileEditAign 上HgnmentVcpcirt OptionsNetSearchWindow SequenceNam 区Consensus 9Sequences NC_001526 AY686584. JN56S303. SequenceDistances ResidueSubstitutionsphylogeneticTree uen onnation 查看基因序列相似度 FileEditAign SequenceNam 区Consensus 9Sequences NC_001526 AY686S84. JNS6S303. L_ 翁 国 久 A OptionsNetS

36、earchWindow AlignmentReport1SequenceDistances( ResidueSubstitutions PhylogeneticTree uenceintorma 卷AleEditAlignViewOptionsNetSearchWindowHelp PercentIdentic 12 3 4 5 6 7 8 9 1 99.B 997 99.4 99.6 995 997 98.4 9B.1 1 2 0.2 997 99.4 99.6 99.5 99.7 98.4 98.1 2 3 0.3 0.3 99.4 99.7 995 998 9S.4 9B2 3 4 0.

37、6 0.6 0.6 99.4 99.3 99.3 98.3 98,1 4 5 0.4 0.4 0.3 0.6 99.6 996 98.5 98.2 5 6 0.5 0.5 0.5 07 0.4 995 984 98.0 6j 7 0.3 0.3 0.2 0.7 0.4 0.5 98.4 98.1 1 8 1.6 1.6 1.6 1.7 1.5 1.7 17 98.6 8 9 1.9 1.9 1.9 2,0 1.8 2.0 1.9 1.4 9 1 2 3 4 5 6 7 7 9 9 3UU3 口回MC_0D1526.2 AY686584.1 JN565303L1KF954093.1AB8186S

38、7.1 EU9187S4.1 FJ006723.1 HI.T057132.1 AF402676.1 查看进化树 SequenceNam OptionsNetSearchWindow 区Consensus 9Sequences NC_001526 AY686S84. JNS6S303. AlignmentReportSequenceDistances3s5idueSubstitutions 三Hy礴己RutkTrpg BQUGncGIntorematio 309.5 FileEditAlignViev/OptionsNetSearchWindowHelp JN于5303.1FJ00S723.1K

39、F954093.1 NC_0Q1526.2 AY686584.1EU918764.1AB8186871HM057ia2,1AF402678.1 300 250 200 150 100 50 NucleotideSubstitutions(x10D) 五、Bioedit 将要分析的基因序列导出软件，执行多系列比对 BiBioEditSequenceAlignmentEditoroEditSequenceAlignmentEditor Filedr7SequenceAlignment乂沿门 AccessoryApplication ENAWorldV/ideWebOptions业indowhelp

40、 Add/Modify；RemoveanAccessoryApplication C;C; DpcumentssndSettiiigsXAdmi,DpcumentssndSettiiigsXAdmi, ClustalWMultiplealignment BLAST Mode;忖ekm7Slid日， SelectioncPosition; 12contigprQgGm ClustalWExampleApplication ，IDID工五苜白口*卜巴羲I I DNADi5tNeighborphylogenetictree DNADistDNAdistancematrix 工式gi gig工gigi

41、cfigi旺q工gig1gigigi旺 ai 53e019-453BCL96353-BD135453E0194553790193553-eC1926537B01916北一三二 53201395537a01B8fi53_eoi3_53-E0iaS537日01白5953B0135L537B01940 53B01d2C5330131153-EC13 53017915379017S253BQ173 10 1二&6二二工餐4二 DNAmlDNAMaximum_ikelihoodprogram DNAmkDNAMaximumLikelihoodrogramwithmokcularclock DNA3ar$

42、DNApar5lnorrymethod FatDNAmlDNAmaximumlikelihood Fitch-Fitch-MargoliashrandLeast-SquaresDistanceMe由 Kitsch-Fitch-MargoliashandLeastSquaresMethodswithEvolutionaryClock NEIGHBOR-Neighbor-JoiningandUPGMAmethods ProMLProteinMascinriumLikelihoodprogram Pratdist-Frtchphylogenetictree ProtcistNeighborphylo

43、genetictree Protdistproteindistancematrix Protparsproteinparsimonymethod ，二I53 +G, 6. G一 ABioEditABioEdit appsapps clustalw.execlustalw.exe SequenceSequence 2424： 78577857 bpbp SequenceSequence 2525： 00000000240000000024 78577857 bpbp SequenceSequence 2626： 00000000250000000025 785?785? bpbp Sequenc

44、eSequence 2727： 00000000260000000026 78577857 bpbp SequenceSequence 2828： 00000000270000000027 78577857 bpbp SequenceSequence 2929： 00000000280000000028 78447844 bpbp SequenceSequence 3030： 00000000290000000029 785?785? bpbp SequenceSequence 3131： 00000000300000000030 78577857 bpbp SequenceSequence

45、3232： 00000000310000000031 785?785? bpbp SeqSequenceuence 3333： 00000000320000000032 78247824 bpbp SequenceSequence 3434： 00000000330000000033 78247824 bpbp SequenceSequence 3535： 00000000340000000034 78247824 bpbp SequenceSequence 3636： 00000000350000000035 78447844 bpbp SequenceSequence 3737： 0000

46、0000360000000036 78577857 bpbp SequenceSequence 3838： 外巾DIGDIG爪 78577857 bpbp SequenceSequence 3939： 00000000380000000038 78577857 bpbp SequenceSequence 4040： 00000000390000000039 78577857 bpbp SequenceSequence 4141： 00000000400000000040 78577857 bpbp SequenceSequence 4242： 00000000410000000041 7857

47、7857 bpbp SequenceSequence 4343： 00000000420000000042 78577857 bpbp SequenceSequence 4444： 00000000430000000043 78577857 bpbp SequenceSequence 4545： 00000000440000000044 78577857 bpbp SequenceSequence 4646： 78577857 bpbp StartofStartof PairwisealignmentsPairwisealignments Aligning.Aligning. C Cy y&i

48、oEditSequenceArig&ioEditSequenceArignmentEditornmentEditor FileEditSequenceAlignmentVIev； C:C: DocuiTientsandSettingsXAdmiDocuiTientsandSettingsXAdmi HSCourierNew,同TI Mode:ISelftcl/SlideSelectior; Position: _f mID工互有心口十日趣 r r11i11i| |r riiIiiI v viiiiii1111 1010 口CT&Cn口卫口口HTtM工 1 1L L1 1a al lL L.工a

49、 a- - -l l- - -1 1.工1 11 1s s1 1T T - -1 11 1a a1 1r=lr=l- - 5646302315643014|S543D05|564629晌56462Se|5642979|5509919225608515135J351S04560851095560991BS6550091377560351663374257633742576e9374257660374257651 比对完成后，进化树分析 AccessoryApplFcation RNAWorldwideV.bOptionsWindaivHelp Add/Modify/RemoveanAccesso

50、ryApplication ClustalwMultiplealignment BLAST CAPccntigassemblyprogram Clustalv/ExampleApplication DN/Slst-TrTeighborpbyhgnZtictree) DINADi?tDNAdistancnatriK DNAmlDNAMaximumLikelihoodprogram DNAmlkDNAMaxirnumLikelihoodprogram-她rnokculardockDNAParsDMAparsimonymethod FastDNAmlDNAmaximumlikelihood Fitc

51、h-Fltch-MargoliaGhandLeat-SquaresDktanceMethod? Fitchphylogenetictree PrQtd话t-Neighborphylogenetictree 3Ptd诂tproteindistancematrix Protpar?proteinparsimonymethod s sC:C: WINDOW5WINDOW5 systcm32systcm32 cmd.execmd.exe NucleicacidsequenceDistanceMatrixprogram,uersion3.6d2.1NucleicacidsequenceDistanceM

52、atrixprogram,uersion3.6d2.1 SettingsforthisrunSettingsforthisrun： DDistanceCFS4,Kinura,JuliesDDistanceCFS4,Kinura,Julies- -Cantor,LogDet?Cantor,LogDet? GaniFiiadistributedratesaGaniFiiadistributedratesacrosssites?TransitionZtracrosssites?TransitionZtransuersionratio?OnecateyoryoFsubstitutionrates?Us

53、ewnsuersionratio?OnecateyoryoFsubstitutionrates?Useweigrhtsforsites?eigrhtsforsites? Useeripiricalbasefrequencies?FormofdistancefiatrixUseeripiricalbasefrequencies?Formofdistancefiatrix?Ainalyzemultipledatasets?Inputsequencerintei?leau?Ainalyzemultipledatasets?Inputsequencerintei?leaued?TerRinaltype

54、?Pted?TerRinaltype?Pt1 1intoutthedataatintoutthedataatstartstartofofrunPrirunPrintindicationsofprogressofiunntindicationsofprogressofiun F84F84NoNo2.02.0esesNoNoesesSquareSquareNoNoVesnoneVes NoNoYeYe等 VtoaccepttheseVtoaccepttheseorortypetheletterfortypetheletterforoneoneDistancescalculatedForspeDis

55、tancescalculatedForspeciescies i!3106984 toclian|etoclian NeighborOutputfile0:outfileNeighborOutputfile0:outfile 尸引BXUBXU ri iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiii !+-88+gi1399525912|gb|HQ644267.1|Humanpapillomavirustype +gi1399525885|gb|HQ644264.1|Humanpapillomavirustype16 +gi|399526182|gb|HQ644297.1|Humanpapillom

56、avirustype16 +-90 +-91 16is isola isola +gi156463023|gb|AY686584.1|Humanpapillomavirustype16iso： +gi|56462996|gb|AY686581.1|Humanpapillomavirustjr +-77 +-85+gi|399526065|gb|HQ644284.1|Humanpapillomavirust： +gi|399525903|gb|HQ644266.1|Humanpapillomavirustype I+gi|242347716|gb|FJ610149.1|Humanpapillomavirustype +gi|399525984|gb|HQ644275.1|Humanpapillomavirust： +gi15646： +-92 ,BioEditSequenceAlignmentEditor-(PhylogeneticT