DNAStar详细中文使用说明书

1、SequenceAnalysisSoftwareforMacintoshandWindowsGETTINGSTARTEDIntroductoryTouroftheLASERGENESystemMAY2001DNASTAR,Inc.1228SouthParkStreetMadison,Wisconsin53715(608)258-7420Copyright.2001byDNASTAR,Inc.Allrightsreserved.Reproduction,adaptation,ortranslationwithoutpriorwrittenpermissionisprohibited,except

2、asallowedunderthecopyrightlawsorwiththepermissionofDNASTAR,Inc.SixthEdition,May2001PrintedinMadison,Wisconsin,USATrademarkInformationDNASTAR,Lasergene,Lasergene99,SeqEasy,SeqMan,SeqManII,EditSeq,MegAlign,GeneMan,Protean,MapDraw,PrimerSelect,GeneQuest,GeneFont,andtheMethodCurtainaretrademarksorregist

3、eredtrademarksofDNASTAR,Inc.MacintoshisatrademarkofAppleComputers,Inc.WindowsisatrademarkofMicrosoftCorp.ABIPrism373,377and3700areregisteredtrademarksofAppleraCorp.,ALFisaregisteredtrademarkofPharmaciaBiotech.,MacVertor.andGCG.areregisteredtrademarksofPharmacopeia,Inc.Disclaimer&LiabilityDNASTAR,Inc

4、.makesnowarranties,expressedorimplied,includingwithoutlimitationtheimpliedwarrantiesofmerchantabilityandfitnessforaparticularpurpose,regardingthesoftware.DNASTARdoesnotwarrant,guaranty,ormakeanyrepresentationregardingtheuseortheresultsoftheuseofthesoftwareintermsofcorrectness,accuracy,reliability,cu

5、rrentness,orotherwise.Theentireriskastotheresultsandperformanceofthesoftwareisassumedbyyou.Theexclusionofimpliedwarrantiesisnotpermittedbysomestates.Theaboveexclusionmaynotapplytoyou.InnoeventwillDNASTAR,Inc.andtheirdirectors,officers,employees,oragents(collectivelyDNASTAR)beliabletoyouforanyconsequ

6、ential,incidentalorindirectdamages(includingdamagesforlossofbusinessprofits,businessinterruption,lossofbusinessinformationandthelike)arisingoutoftheuseof,ortheinabilitytousethesoftwareevenifDNASTARInc.hasbeenadvisedofthepossibilityofsuchdamages.Becausesomestatesdonotallowtheexclusionorlimitationofli

7、abilityforconsequentialorincidentaldamages,theabovelimitationsmaynotapplytoyou.DNASTAR,Inc.reservestherighttorevisethispublicationandtomakechangestoitfromtimetotimewithoutobligationofDNASTAR,Inc.tonotifyanypersonororganizationofsuchrevisionorchanges.Thescreenandotherillustrationsinthispublicationare

8、meanttoberepresentativeofthosethatappearonyourmonitororprinter.目录在苹果机（Macintosh）上的安装与升级05经过因特网升级06软件安装07网络安装08疑难解答12在PC机（Windows）上安装与升级17经过因特网升级18软件安装19从EditSeq开始21从GeneQuest开始31从MapDraw开始44从MegAlign开始54从PrimerSelect开始65从Protean开始78从SeqManII开始89LASERGENEforWindows&MacintoshDNASTARInc.(608)258-7420fa

9、x:(608)258-7439在苹果机（Macintosh）上的安装与升级经过因特网升级必备条件6下载升级程序6软件安装必备条件7从CD安装Lasergene7网络安装必备条件8定义8Dongle安装10服务器安装10终端机安装11疑难解答系统配置矛盾及网络问题12解决网络问题的其余工具13受权错误报告14程序使用及更多的受权信息15经过英特网升级假如您从前已经安装了Lasergene并且当前有升级和服务联系，您便可以经过英特网来升级您现有的版本，各样模块（module）都是以自解压形式储存的，你能够选择性的下载安装。必备条件您的用户名和会员号是必需的，能够在安装盘上找到。程序升级备份您已有的

10、Lasergene，找到您要升级的程序，并把它转移到备份的文件夹中。连结到DNAstar网站的主页，从菜单中的Customers中点击LasergeneUpdates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会翻开下载页面，找到Macintosh软件（MacintoshSoftware），就能够下载您想要的模块了。模块下载完成此后，双击文件将其解压缩到已经安装的DNAstar文件夹中替代旧的模块文件。用MacintoshFinder翻开Lasergene阅读器，找到DNAstar文件夹，从FILEMENU选择UpdateApplications，而后插入安装盘，等候升级完成。软件安装本

11、节介绍奈何从CD在苹果机（Macintosh）上安装Lasergene。注意安装是尽量封闭所有其余程序以保证安装顺利进行。必备条件一张个人的Lasergene安装盘；一张Lasergene软件光碟；足够的硬盘空间和内存：起码30Mb的硬盘，32Mb的RAM。从光盘安装Lasergene插入安装盘和安装光盘，双击图标，则出现下边的窗口，点击持续则出现安装窗口。窗口中有两种安装选择：简略安装和一般安装。简略安装能够运转于68K-familyandPowerMacintoshes。而一般安装能够安装工作站文件、履行文件和样品资料，我们介绍使用简略安装，假如使用一般安装能够节俭5Mb的空间。注意安装完

12、成后，要从头启动计算机。网络安装Lasergene网络系统是能够运转于局域网计算机上的软件。他有两部分组成：一是资料服务器，服务器要有较大的硬盘和较高的运转速度；二是与服务器相连的终端机。后者经过一个称为dongle的Lasergene硬盘设施相连进行管理。必备条件安装磁盘（服务器版）客户端磁盘，包含安装盘（终端版）和Disk1（终端版）。Lasergene软件光盘DNAstar网络用dongle盘足够的硬盘空间和内存：服务器起码30Mb的硬盘，8Mb的RAM。终端机起码1Mb的硬盘，32Mb的RAM。定义在安装Lasergene网络系统从前要熟习以下术语：应用程序：指EditSeq,Gene

13、Man,GeneQuest,MapDraw,MegAlign,PrimerSelect,Protean,andSeqManII。应用程序服务器：是指储存应用程序的电脑，往常与dongle服务器是同一个服务器，但也能够不一样，当在局部硬盘上安装网络程序时，也能够在同一个网络系统中同时存在多个不一样的应用程序服务器，并且应用程序服务器不必定是苹果机，储藏应用程序的机器也不一定一定能够运转该程序，只是是储藏而已。终端机安装（又称工作站安装），安装网络版本Lasergene运转的最小软件部分，它包含以下在内：LicenseKeeper，Navigator，和系统资源。终端机：这能够是任何不作为Dong

14、leServer的网络上的机器。终端机是任何最少穿过终端机安装的机器，这样是使得Lasergene应用程序运转需要的最少、最低限度的软件。Dongle：Dongle是网络版Lasergene需要的硬件装置。每个网络系统都需要独自的Dongle。dongle是尾端上带1个短的电缆的小的矩形的装置。有2不一样的种类的dongles：一种是在计算机背后可与调制解调器端口连起来，有9个pin插头；另一种有4个别针阳插头，连结鼠标和键盘。Dongle服务器：这是装有Dongle的机器，它必定是最少穿过终端机安装的苹果计算机，这机器应当一直保持运转。Navigator：是为了更简单的进行Lasergene

15、应用设计的工具。在必需的状况下，Navigator将自动安装网络组件，并且为网络安装诊疗工具。LicenseKeeper：和Dongle沟通的拥有人的系统扩展部分。它告诉dongle哪个应用被开始，这样，dongle才赞同末个机器程序运转。服务器安装：指Lasergene软件的完好安装，包含应用程序、LicenseKeeper、Navigator和系统资源。Dongle安装使Lasergene网络版能够运转的第一个操作就是安装dongle。在你安装从前，请检查你的dongle能否有9-别针连结器（connector)或4-别针连结器（connector)。封闭你打算装dongle服务器那台苹果

16、计算机的电源。假如你的dongle有9-别针连结器（connector)，把它连结到你的计算机调制解调器的端口上。调制解调器端口是一个有9个外置接口的设施，位于你的苹果计算机的后边的展现板上，电话听筒图标的邻近。假如你的dongle有4-别针连结器，从键盘断开鼠标，把dongle接在键盘上，接着，把你的鼠标接在dongle上。从头启动苹果计算机。假如你的dongle被接在苹果计算机上，你一定依据dongle服务器那样进行软件安装。假如你打算将这机器作为文件服务器，问安服务器安装的方法安装。假如你不打算将这机器作为文件服务器，问安终端机安装的方法安装。在对dongle服务器实行成功的软件安装以后

17、，在启动时应当出现右边的服务器图标。服务器安装（ServerInstallation）这个安装和在第5页上所描绘的软件安装过程基真相同的。因为大多数的网络包含机器好多的不一样的种类的（68K，和PowerMacintosh机器），因此我们介绍您选择简略安装。在达成软件安装以后，如右图操作共享Lasergene应用程序言件夹，这样，其余的网络用户才能够使用。假如你不可以确立如何操作，请和你的网络管理员联系。终端机安装（ClientInstallation）终端机安装一定在所有需要对Lasergene服务器操作的机器，但不是文件服务器的机器。插入安装磁盘终端机版本，而后依据在第5页上软件安装的方法

18、安装。随后经过苹果机菜单的选择命令将文件服务器和终端机相连。一些网络能够使用其余的方法进行相连。假如这步你有问题，请和你的网络管理员联系。从终端机上的DNASTAR文件夹中运转阅读器。从文件菜单，选择找寻应用程序，你应当收到以下信息：所有应程序用都被阅读器找到了。此刻就能够从文件服务器运转Lasergene应用程序了。疑难解答系统配置矛盾一些系统配置可能会在安装过程矛盾，假如你不可以从Lasergene光盘成功地安装，能够关上不用要的配置：用计算机控制板上的配置管理器封闭任何不用要的扩展程序。或从头启动你的机器，持续安装。网络疑难找不到dongle服务器是网络问题中最常有的问题。当你开始运转D

19、NASTAR应用程序时，你会碰到这问题，提示信息显示：DNASTAR赞同服务器没有应答，请再试一次。可能有以下几个原由：能否装有dongle的计算机被封闭，假如是重启dongle机器即可。能否dongle没有接在苹果计算机上，或许不在调制解调器端口或鼠标接口，依据第8页DongleInstallation命令在苹果计算机上从头安装dongle。记着在除去或许插入dongle从前先封闭计算机。假如你的dongle被接在IIfx，Quadra900或Quadra950等机子上，你不单需要从头安装，还要进行以下操作：从菜单中选择ControlPanels中的SerialSwitch双击，就会出现右边

20、的窗口。将Faster换成Compatible。而后重启计算机。假如dongle已适合地被接在调制解调器端口上，可是计算机不辨别，那可能是你的计算机在booting时期里不是别调制解调器端口的记号。用LicenseKeeper按下边的方法找寻调制解调器端口：启动Navigator。按OptionNETWORKMENUSetLicenseKeeper的次序翻开右侧的LicenseKeeper对话框。把DongleDelay参数放到3秒上。单击LicenseKeeper，接着Done。重启苹果计算机。假如问题还没解决，和DNASTAR联系。其余解决网络问题方法要认识您的计算机和所有可经过网络运转D

21、NASTAR的dongle服务器，选择NETWORKMENU中的DiagnoseLicenseKeeper。计算机将告诉您能否dongle被安装到你的计算机上，能否存在LicenseKeeper系统配置。同时显示LicenseKeeper站点辨别和版本编号。不论你的计算机的受权状态如何，Navigator都会报告所有已连结的dongle服务器的状态。赞同服务器报告在网络地带邻近形成，可显示所有对你的网络应答的dongle服务器的用户名，站点辨别和版本编号。往常，你的LAN包含单调的dongle服务器，可是，大的网络上能够有几个。假如你的计算机被接在大的LAN上，翻开这个报告可能会慢一些。确立所

22、有LicenseKeeper服务器的地址要求networkrequest被送到在LAN上每个区。起码需要1秒钟才能确立能否有回应。LicenseKeeper错误报告假如受权系统没有安装，或许和dongle服务器连结困难，Navigator将会发现问题，报告错误信息。下边斜体为错误种类，后来是各自的原由。LicenseKeeper系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中。从头安装Lasergene客户端软件。Navigator不可以和系统扩展连结，也没在系统文件夹中发现。关于System7或较晚的Macintoshes，假如你重启计算机时按下Shift键，则可能发生这问题。当计算机起动的时候，按下了

23、鼠标按钮或Shift键。重启你的机器。因为系统扩展在启动时被失活了，因此Navigator不可以和系统扩展交流。你的机器上安装了较老版本的Mac机网络协议。安装53或更新版本的Mac机网络协议。安装的Mac机网络协议不支持系统扩展。在小的网络或closely-knit的安装上，这将不是问题，因为dongle服务器与其余的客户机在同一个区。假如必需，DNASTAR能为较新版本的Mac机网络协议（AppleTalk）供给驱动和installationscript。不可以在网上注册LicenseKeeper。和DNASTAR联系。因为你的计算机上有太多的其余的网络办理，系统扩展不可以进行网络操作。这

24、类情况极少见，但假如您的计算机是网络中介的话，有时也会发生。LicenseKeeper系统扩展所需的内存不够。封闭不用要的系统扩展。假如你的操作系统在你的计算机上使用了所有的内存，这也会发生。系统文件夹被保护。去除系统文件夹保护，重启计算机。系统文件夹里的文件和已经使用的文件不可以够保留。磁盘压缩和口令保护的扩展时会发生这些问题。从头安装Lasergene工作站软件。系统扩展使用的系统文件夹里的文件不存在了。应用程序的使用为了认识已连结的用户的数量，用户使用了什末程序，程序使用的时间，能够从NETWORKMENU翻开ApplicationUsage。窗口中还会显示相关诸如客户/服务器状态，站点

25、辨别和LicenseKeeper系统扩展的版本编号等一般信息。当这窗口翻开时，Navigator将没10秒钟更新一次应用程序的使用信息。更多的LicenseKeeper信息计算机启动时，LicenseKeeper将自动找寻网络的区信息和每个区的dongle服务器。只有表记号与LicenseKeeper系统扩展符合的dongle服务器才能够被辨别。这赞同1台以上dongle服务器在相同的网络的范围内操作。假如网络管理员改变了有dongle服务器的区名并从头启动dongle服务器，那末区外的所有终端机也一定从头启动。系统扩展作为DongleServer成功启动时，在启动时期会出现这个图标。系统扩展

26、作为终端机成功启动时，在启动时期会出现这个图标。系统扩展被安装，可是因为较少的内存或失活（启动时按下了鼠标）而不可以启动时会出现这个图标。WINDOWS上的安装与升级经过因特网升级必备条件18下载升级程序18软件安装必备条件19从CD安装Lasergene19经过英特网升级假如您从前已经安装了Lasergene并且当前有升级和服务联系，您便可以经过英特网来升级您现有的版本，各样模块（module）都是以自解压形式储存的，你能够选择性的下载安装。必备条件您的用户名和会员号是必需的，能够在安装盘上找到。程序升级备份您已有的Lasergene，找到您要升级的履行程序，并把它转移到备份的文件夹中。连结

27、到DNAstar网站的主页，从菜单中的Customers中点击LasergeneUpdates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面。找到windows软件（Windows95/98/NTSoftware.），就能够下载您想要的模块了。模块下载完成此后，双击文件将其解压缩完成。看到“Applicationname”hasbeenupdated.说明升级完成。软件安装本节介绍奈何从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene。注意安装是尽量封闭所有其余程序以保证安装顺利进行。必备条件一张个人的Lasergene安装盘；一张Lasergene软件光碟；足够的硬盘

28、空间和内存：起码30Mb的硬盘，32Mb的RAM。从光盘安装Lasergene插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下边的窗口，点击持续则出现安装窗口。随后一次出现下边窗口，请按照提示做出选择而后点击Next，直至达成安装。从EditSeq开始EditSeq是能够快速、正确地输入，并且改正DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都能够分为三个可编写的部分，上面的一部分为序列文件，中间的一部分里是议论，底部是序列的说明。EditSeq能读取大多数的序列格式包含FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你能够使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列或许经过使用键盘

29、输入，或许从其余地方复制、粘贴获得。经Entrez或BLAST检索获得的序列能够直接从因特网或公司内部互联网服务器下载。序列被翻开后，EditSeq能使用标准或许指定的遗传密码进行翻译，或许反翻译，找寻开放读框，还能够进行阅读校订。此外，EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。假如在使用这软件中需要帮助，能够和DNASTAR联系。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信函，或许经内容翻开已有序列23找寻开放读框24DNA序列翻译24遗传密码选择使用25遗传密码改正25序列的反向互补及反向变换26BLAST检索27序列信息查察28序列校

30、读29序列的保留与输出29翻开已有序列我们从用苹果计算机翻开“TETHIS21MA”和用Windows翻开“”开始。假定序列的末端有载体序列污染。我们在用EditSeq翻开序列的同时，用SetEnds命令去除5和3污染序列。从文件菜单（FILEMENU），选择Open。翻开文件夹“DemoSequences”单击选定序列“TETHIS21”。单击位于对话框右下角的SetEnds按钮。SetEnds被翻开（如右）。在5框和3框中键入50和850，点击OK。单击Open翻开序列。当EditSeq窗口翻开时，序列长度显示在右上角。经过“settingends,”此刻你只有最先序列中的801bp的片段

31、。SetEnds选择在所有Lasergene应用程序中都能够使用。找寻开放读框在这入门的一部分中，我们将确立序列中最大的ORF，并翻译它。从SEARCHMENU找到ORF，点击翻开会出现右侧的对话框。单击FindNext找寻第一个ORF的地点。持续点击FindNext直到你把ORF的地点选定在地点183-455。ORF的坐标会出此刻EditSeq窗口的顶端邻近。DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，可是任何序列中的读框内部分都能够用下边的方法进行翻译。假如你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。假如你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右边的箭头显示

32、向左或向右挪动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择翻译（Translate）。翻译的蛋白质序列出此刻一个新的未命名窗口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。使用其余遗传密码依据你的序列的根源，你能够选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码变换成CiliateMacronuclear密码。从GOODIESMENU菜单项选择择GeneticCodes翻开，子菜单显示如左。单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传密码的变换，EditSeq此刻使用的就是CiliateMacronuclear的遗传密码。

33、相同能够将遗传密码变换为其余种类。遗传密码的编写这一节中我们改正CiliateMacronuclear的遗传密码。从GOODIESMENU菜单项选择择EditSelectedCode。这将翻开右边的窗口，窗口显示遗传密码是如何翻译DNA和RNA序列的。如以DNA形式展现密码，点击DNA按钮。编写时，单击任何要编写的密码，从其当前的地点拖到新氨基酸对应的地点则可。如使用不一样的启始密码子，单击SetStarts按钮。第二的遗传密码窗就会被翻开，能够进行开端密码子选择。单击任何氨基酸（或许codon地点），该密码子就会变为绿色，并且旁边出现一个箭头，它就被设定为开端密码子了。如要去除，只要单击它即

34、可。如不保留，则单击撤消；如要保留，单击保留为。序列的反向互补及反向变换下边的步骤能够用于反向测定的序列的正确输入。选定序列。从GOODIESMENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），或许把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。BLAST检索下边我们将在NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相像性比较。注意为了进行BLAST查找一定保证因特网的连结。假如你没有连结因特网，跳过这部分，持续下一部分。选定序，或许从EDIT菜单中选择SelectAll。从网络检索菜单（NETSEARCHMENU），选择B

35、LAST查找。BLAST对话框就会出现。程序默以为blastn，数据库默认是nr，参数变换请参照帮助。单击OK开始查找。找寻结果显示为两部分（以下）。上面的部分是按可能性的次序显示检索到的序列的名字，下边的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上面序列）比较的详细结果。相关“score”和“expectation”的详尽的信息在NCBIs网点能够找到。一般来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相像性。BLAST结果窗最上面的3钮被用来翻开，或许保留检索到的序列，或许让你认识更多的相关信息。下边我们从用“CreateDocument”钮来翻开评分最高的单击CreateDo

36、cument。一个小的对话框出现。5序列开始：在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。单击下拉菜单，选顶端（Top）。并在右边的文本框中写入5。单击OK，EditSeq自动核对剩余序列。假如EditSeq提示起码2序列是同一个，请点击OK。EditSeq将从因特网数据库下在单调的序列，并分别翻开一个独自的EditSeq窗口。下边我们用“BatchSave”钮将3-10序列保留为EditSeq文件：选定从顶端起第3个序列。单击BatchSave。小的灰色的对话框出现。单击下拉菜单，选Next。并在右边的文本框中写入8。点击SetLocation，显示文件夹对话框。选定你要保留序列的地点

37、。单击OK回到灰色的对话框。单击OK保留序列，文件扩展为“.seq”。在下载过程时期，EditSeq自动核对重复的序列。假如EditSeq提示起码2序列是同一个，请点击OK。除非你收到错误信息，不然能够以为你的序列已经成功下载。最后我们能够使用“LaunchBrowser”钮查察序列的详尽信息选定序列。选择LaunchBrowser。你的网络阅读器将翻开右边的窗口。序列信息查察此刻我们要使用EditSeq菜单指令查察相关翻开的TETHIS21序列的信息。选定序列的一部分。假如你倒是希望全选序列，从EDITMENU菜单，选择SelectAll。从GOODIESMENU菜单，选DNAStatist

38、ics。就会出现右边的窗口，显示序列信息。序列校读在我们学习保留和输出序列从前，下熟习一下EditSeq的校读功能这功能能帮助你校订测序胶中的错读。选定序列。单击校订发音图标（序列窗口底部张开的嘴），或许从SPEECHMENU，选Proof-ReadSequence。电子的音声就会开始朗诵所选的序列。（注：假如你听不见任何声音，检查你的计算机的喇叭能否已经翻开。）要改变音声read-back的速度，从SPEECHMENU菜单，选择FasterorSlower。要停止校读，点击图标（手），或许从SPEECHMENU菜单，选择Proof-ReadSequence。序列的保留与输出第一创立一个用于保

39、留的序列。从文件菜单，选New中的NewDNA，或者NewProtein。将序列写入出现的窗口。假如你输入非法字符，计算时机发出警示。而后，我们将序列保留为EditSeq文件：从文件菜单，选Save。选定保留地点。给序列命名。单击保留则可。以GenBank或GCG格式保留序列：从文件菜单，选Export。选定保留地点。为sequence(s)选格式。给sequence(s)命名。单击保留则可。以FASTA格式保留序列：从文件菜单，选Export（1个序列），或许ExportAllAsOne（多个序列）。当使用ExportAllAsOne的时候，假如DNA和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列种类

40、与你保留的种类是一致的。EditSeq只是将写入的序列保留为FASTA格式。选定保留地点。选FASTA格式。给sequence(s)命名。单击保留则可。从GeneQuest开始GeneQuest能够帮助你发现和说明DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关怀的DNA的其余feature：包含ORFS、拼接点连结，转录因子联合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。经过应用“methods”到序列，序列的feature能够以图形的形式展现出来。你能够在序列上说明任何你发现的feature。和其余的Lasergene应用程序相同，GeneQuest也供给整合的BLAST和Entrez找寻功能。Ge

41、neQuest能直接翻开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其余格式的序列文件也能够使用EditSeq改为DNASTAR格式。假如你知道Genbank序列的登录号或名称，你能够直接翻开序列。此外，你还能够在Entrez数据库进行序列查找和输入。假如在使用这软件中需要帮助，能够和DNASTAR联系。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信函，或许经内容翻开已有剖析文件33GeneQuest的DNA剖析方法34用剖析方法操作35方法参数改变36结果展现优化37Feature说明38BLAST检索39EntrezDatabase检索41GeneQuest的其

42、余特色42保留剖析文件43翻开已有剖析文件在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest剖析）“NematodeR01H10.”进行操作。从文件菜单，选择Open翻开一个和右侧相像的窗口。在苹果计算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。在Windows上，从文件类型菜单(FilesofType)的中选择GeneQuestDocuments。用文件管理系统翻开名为“DemoSequences.”的文件夹。双击NematodeR01H10，就能够翻开下边的窗口。GeneQuest的DNA剖析方法翻开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方

43、法。应用方法后，结果的图形显示能够帮助你认识序列上感兴趣的features。翻开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展现在窗口内。在下一部分中，我们将学习如何把其余方法用于我们序列的剖析。Title给文件取名。Ruler在文件中加入标尺。Sequence显示文件中的序列。Patterns-Matrix方法的运算参数。Patterns-Signal转录因子联合位点数据库。Patterns-Type-InPatterns使用键盘输入运算所需的Pattern参数。Repeats-InvertedRepeats找寻反向重复序列。Repeats-DyadRepeats找寻Dyad重复和palindr

44、omes。Repeats-DirectRepeats找寻正向重复序列。GeneFinding-DNAFinder在翻开的DNA序列中找寻指定DNA序列。分别显示正义连和反义连的找寻结果。GeneFinding-ProteinFinder在翻开的蛋白质序列中找寻指定DNA序列的翻译序列。显示结果为所有6个读框。Enzymes-RestrictionMap用DNASTAR酶目录中的酶剖析翻开的序列，并以图形方式展现。CodingPrediction-Borodovsky用BorodovskysMarkov方法来辨别潜伏的基因编码区，并以图形方式展现。CodingPrediction-StartsS

45、topsORFs依据指定的ORFs的最小长度，找寻可能的开放读框，能够选择能否需要开端密码子。读框的启始和中断点分别展现。CodingPredictionLocalCompositionalComplexity依据Shannon信息学原理找寻有基因编码提示信息的地区。BaseContents-BaseDistribution序列上4种碱基、A+T和G+C的频率、散布，以及AT和gc散布地区。BentDNA-BendingIndexDNA折叠展望。用剖析方法操作调用新的GeneQuest方法的步骤是：从MoreMethods中选择方法，加入方法帘（methodcurtain），待方法运转完成后，

46、选择性的拖取结果放入剖析界面assaysurface）即可（见右图）。在本节中，我们使用BentDNA-BendingIndex方法进行剖析。从ANALYSISMENU选择ShowAvailableMethods能够翻开方法帘，也能够经过拖动剖析界面左上角的小环的翻开方法帘。方法帘中包含已经用于剖析的所有方法。你将注意到方法帘没有BentDNA-BendingIndexmethod。在方法帘的顶端，点击MoreMethods翻开一个下拉菜单，此中尤能够用于剖析的所有方法，点击BentDNA-BendingIndexmethod，该方法就进入了方法帘。若查察方法帘中的方法能否已经被应用，点击其右

47、侧的三角形。假如图标前有数字表示该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们还没有应用BentDNA-BendingIndex，因此点击三角形，会发现图标前没有数字。点击白颜色的地点去除对图标的选择。单击选定“BendRegion,”，将其拖到剖析界面，开释鼠标。序列中可能会折叠的地区就会以小盒子的形式显示出来。方法参数改变下边我们改变方法的参数，而后将剖析结果与参数改变前的结果进行比较。重复前面的操作，在方法帘中加入一个新的BentDNA-BendingIndex，并把它拖如剖析界面。此刻你应当有2个完好相同的折叠区剖析结果。双击方法帘中任何一个结果，将翻开一个参数对话框。改变弧长度参数为3

48、0，单击OK。剖析界面上就会出现依据此参数计算获得的结果。（注：假如你再次拖入新的方法时，参数的改变会自动应用到新的方法上）。结果展现优化组合或挪动展现的结果：单击位于GeneQuest窗口左边的调色板工具中的的选择器（手图标），在剖析界面中能够任意拖动任何展现的结果就任何地点。改变方法格式：单击目的选择器（手图标），能够选择剖析界面上的任何方法。从OPTIONSMENU菜单项选择择LineColor，翻开彩色选择子菜单。选定颜色后，方法题目和结果显示都将变为那个颜色。另外，你能够用近似的指令进行操作：LineWeight、FillColorandFillPattern。去除方法：单击选择方法

49、帘中显示的方法，用退位或删除键去除应用的方法即可。注意任何你除去的方法都是能从Methodsmenu菜单再一次被使用。说明Features当你用Genbank输入序列时，序列中标明的Features会自动变换为图形命令显示在方法帘中。这些Features能够象任何其余方法那样拖到剖析界面上显示。GeneQuest也赞同你为你的DNA序列制作新Features：单击位于GeneQuest窗口的左边的调色板工具（箭图标）。而后点击选定2641-4257的InformativeRegion。点击调色板工具（铅笔图标），或许从SITES&FEATURESMENU选择NewFeatur，翻开一个Feat

50、ureEditor对话框（如右图）你翻开FeatureEditor时，首先进入Location设定。点击“Inforegion”进入Titlebox，点击“SegmentA”进入SegmentNamebox，接着，在对话框的底部选择标题和区段名字的地点。点击Description按钮进入新的FeatureEditor窗口。假如你愿意，可以在note中对Feature做标明，在key种选择Feature的种类。点击Style按钮进入最后的FeatureEditor窗口，选择字型，大小和颜色，以及你喜爱图型用于新建的feature。点击OK封闭FeatureEditor窗口。一个图形化展现的“In

51、foregion”就会出此刻剖析窗口的底部。下边我们把新建的feature与此外一个feature整合起来。单击调色板工具（箭图标）。选定你刚做好的feature，单击工具调色板工具上的（链图标）。而后点击名为“CDS”.的feature，再点击连结（链图标）。这样你的“Inforegion”featur将持续作为没有联系的方法而存在，可是，它的拷贝将作为的一部分出现。BLAST检索GeneQuest为你的序列在因特网或公司内部互联网数据库长进行相像性检索供给2不一样的方法。BLASTSelection指令赞同你使用序列的任何一部分进行检索。BLASTORF需要你第一选择序列的ORF，而后他就

52、能够自动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。在这一节中，我们用BLAST在NCBI上检索与NematodeR01H10相像的序列。注意一定保证您的计算机与因特网相连。不然，跳过这一部分。单击范围选择器调色板工具（箭图标）。好像在右侧被显示的那样，单击任何“”的feature。注意此时选定的只是是外显子部分（exons），内含子部分被自动去除。从网络检索菜单，选BLASTSelection。会出现左面的BLAST对话框。不做参数改变，这样，程序是blastn，数据库是nr。单击赞同开始查找。找寻结果显示为两部分（以下）。上面的部分是按可能性的次序显示检索到的序列的名字，下边的部分显示上面部分选定序列

53、与提交序列（上面序列）比较的详细结果。相关score和expectation的详尽的信息在NCBIs网点-能够找到。一般来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相像性。BLAST结果窗最上面的4钮被用来翻开，或许保留检索到的序列，或许让你了解更多的相关信息。“PutInDocument”按钮相当于GeneFinding-DNAFinder，在翻开序列中寻找检索到的序列。（假如我们使用blastp或blastx，则相当于GeneFinding-ProteinFinder）在BLAST结果窗口中选择一个检索结果。单击PutInDocument。保留对话窗将翻开。选定保留地点

54、，并命名。单击保留。你选的序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线自动出此刻剖析界面的底部。垂直的竖线显示BLAST结果的地点。能够选择Zoomin/OUT来放大或减小看野。直到你能清楚地查察序列。其余按钮与EditSeq中介绍的功能相同。EntrezDatabase检索GeneQuest赞同你在因特网或公司内部互联网的Entez数据库长进行检索。检索到的结果能够输入GeneQuest（或许EditSeq），或许保留为序列文件。在这一节中，我们将检索与狨视觉色素（visualpigmentinmarmosets）序列相关的序列，而后学习GeneQuest或EditSeq是如何打开此中的一个序列的。

55、从网络检索菜单（NETSEARCHMENU)，选择新正文查找（NewTextSearch）来翻开EntrezQuery窗口（如右）。在文本框中敲入“visualpigment.”。从默以为“AllFields”的下拉菜单中选择“TextWord.”。用鼠标从右边再拖入一个检索框（NewTerm）。在文本框中敲入“Callithrix”，从“NewFields”菜单中选“Organism”。单击查找。查找结果出现于EntrezResults窗口（以下）。双击任何EntrezResults窗口里的序列，就能够查察其详尽信息。假如你想在GeneQuest或EditSeq里翻开此中的一个序列：从Ent

56、rezResults窗，单击你想翻开的序列。从网络检索菜单，选择用GeneQuest或许EditSeq翻开（OpenwithGeneQuest/OpenwithEditSeq）。选定文件保留的地点，并给文件取名。单击赞同（视窗），或许保存（苹果计算机）。假如你选择以GeneQuest翻开文件，GeneQuest将翻开文件并且将其默认的方法自动应用到序列上。假如你做选择以EditSeq翻开文件，Entrez序列将在主窗口中显示。GeneQuest的其余特色以RNA折叠形式查察序列的一部分：选定目的序列，在ANALYSISMENURNA菜单中选择FoldasRNA命令。序列酶切，模拟agarose凝胶电泳判断大小：翻开方法帘（methodcurtain）。从MoreMethods中选择Enzymes-RestrictionMap加入方