用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法

用MaterialStudio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法这里我介绍''用MaterialStudio构建稍微复杂的表面模型〃。这里介绍的是构造一个根号3x2的pt（111）表面。用MSModeling制作slab模型结构图1，打开MSmodeling,建立一个项目，如test；2，右击test项目，在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;在主菜单中的Build选择surfaces/Cleavesurface,在弹出的菜单中处理数据⑴在surfacebox界面下a） 你所要做的表面，如［111］;也就是将cleaveplane［hkl修改成［111］；b） 修改深度，即将depth修改成你所需要的原子层数，如4；（ii） 在options界面下将Orientationstandard选项改成U矢量沿x轴方向，V在xy平面（iii） 在surfaceMesh的界面下修改U,V矢量。如保持U不变，将V矢量修改成0.50.5-1点击cleave，产生一个［111］的表面模型，6，在主菜单中的Build选择Crystals/BuildVaccumSlab7,在弹出的菜单中修改相应的参量，比如将真空厚度修改成14angstrom,点击build产生一个Slab模型；8,在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需要的大小，如将A修改成2，点击Createsupercell这样产生了你所要的表面在该表面，你可以非常简单的看出hcp与fcc的差别，以及top，bridge位置。如果你需要产生vasp的poscar文件，那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件（它是卡迪尔坐标），简单进行处理下就变成vasp了。比如我这里有个。car坐标：Quote:旧IOSYMarchive3PBC=2DMaterialsStudioGeneratedCARFile!DATEThuNov1609:42:172006PBC11.5352 4.994990.0000(pAu10.000000000 2.6799171311)-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au25.7675871712.679917131-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au32.8837935862.679917131-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au48.6513807572.679917131-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au51.4418967930.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au67.2094839640.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au74.3256903790.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au810.0932775500.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au91.4418967931.8474376290.000000000XXXX1xxAu0.000Au107.2094839641.8474376290.000000000XXXX1xxAu0.000Au114.3256903791.8474376290.000000000XXXX1xxAu0.000Au1210.0932775501.8474376290.000000000XXXX1xxAl0.000Au130.0000000004.344876134-0.000000000XXXX1xxAu0.000Au145.7675871714.3448761340.000000000XXXX1xxAu0.000

Au152.8837935864.3448761340.000000000XXXX1xxAu0.000Au168.6513807574.3448761340.000000000XXXX1xxAu0.000endend要转换成vasp,下面贴出我的程序是:CODE：[Copytoclipboard]parameter(nsum=16,nsun=0,n=16)realx(n),y(n),z(n)reallx(3),ly(3),lz(3)reallatticecharacterpcharacter*18selectivecharacter"directlx=0.0ly=0.0lz=0.0lattice=4.64lx(1)= 11.8800/latticely(2)=6.5761/latticelz(3)=15.8554/latticeopen(1,file="Au(111)(4).car")doi=1,5read(1,*)enddodoi=1,nread(1,*)p,x(i),y(i),z(i)enddodoi=1,2read(1,*)enddoclose(1)open(2,file="POSCAR")write(2,*)"rutile.TiO2(110)”write(2,15)lattice

format(f15.8)write(2,16)lxwrite(2,16)lywrite(2,16)lzformat(3f15.8)write(2,17)nsum,nsunformat(2l5)Selective="Selectivedynamics"direct="direct"write(2,171)Selectivewrite(2,172)"direct"format(A18)format(A6)doi=1,nwrite(2,18)x(i)/lx(1)/lattice,y(i)/ly(2)/lattice,z(i)/lz(3)/latticeformat(3f15.8,"TTT")enddoclose(2)end那么产生的poscar文件：Quote:rutile.TiO2(110)4.640000002.56034500.00000000.00000000.000000001.41726300.00000000.00000000.000000003.4171120016 0Selectivedynamicsdirect.00000000.40752380-.14850510TTT.48548710.40752380-.14850510TTT.24274360.40752380-.14850510TTT.72823070.40752380-.14850510TTT.12137180.02774876-.14850510TTT.60685890.02774876-.14850510TTT.36411530.02774876-.14850510TTT.84960250.02774876-.14850510TTT.12137180.28093210.00000000TTT.60685890.28093210.00000000TTT

.36411530.28093210.00000000TTT.84960250.28093210.00000000TTT.00000000.66070720.00000000TTT.48548710.66070720.00000000TTT.24274360.66070720.00000000TTT.72823070.66070720.00000000TTT如果觉得有用的话，大家就拍下砖啊，让更多的同志们能探讨和学习表面构建.支持下我的呕心原创人_人！第二种构建poscar进阶方法，可构建高指数面，纳米线管等复杂结构在ms模块中搭建好所需要的的结构，然后点一个模块比如castep下拉菜单中的“calcualtion”，出现一个菜单，在该菜单最下方出现三个选项，run，files，help，我们选择点击“files”，然后点击“savefiles”。这个时候你建立的结构就会默认保存在项目下。你到项目下打开你保存的文件。会看到一个*.cell文件，如果看不到，你就到工具栏下设置下显示隐藏的文件，*.cell是隐藏的文件。打开这个cell文件，你会看到前面是坐标文件，比如：CODE：[Copytoclipboard]%BLOCKLATTICE_CART2.555294556406364000000.00000000000000000000-1.4753000000000012.9506000000000000.00000000000.0000000000

00000%ENDBLOCKLATTICE_CART%BLOCKPOSITIONS_FRAC00000%ENDBLOCKLATTICE_CART%BLOCKPOSITIONS_FRACTi0.3333333333333334Ti-0.3333333333333334%ENDBLOCKPOSITIONS_FRAC%BLOCKKPOINTS_LIST-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.040000000000000-0.50000000000000000.040000000000000-0.50000000000000000.6666666666666667-0.6666666666666667-0.5000000000000000-0.5000000000000000-0.50000000000000000.40000000000000000.40000000000000000.40000000000000000.25000000000000000.75000000000000010.41666666666666660.25000000000000000.08333333333333330.41666666666666660.25000000000000000.08333333333333330.040000000000000cell文件第2行到第5行的数字显示的是晶格矢量，对应就是poscar前面的第3行到第6行的基矢量，不过这个时候poscar的第二行的晶格常熟要设置为1,因为cell文件的晶格矢量包含了晶格常数进去了。cell文件第7行空格，第8行显示说是坐标了，而且是分数坐标，呵呵，很清楚了，在pos