Illumina测序仪器故障问题处理(Troubleshooting)总结

Illumina测序仪器故障问题处理(Troubleshooting)总结目录13278前言 35648cBot 3171751.开机 3159631.1.Erroronstartup 335781.2.通讯连接问题 3167831.3.syringe/pump占用或卡住 4193052.Precheck 5236132.1.PrecheckFailed 525653.运行Run中 5239553.1.机械碰撞类报错 549063.2.通讯卡顿类报错 619667Miseq 638411.重启仪器 6162981.1.Initialize失败 6148532.Start前 741332.1.Pumpbusy 7162872.2.Precheck不通过 722352Hiseq 8109601.重启电脑及打开软件 8311721.1.蓝屏 894741.2.初始化问题 8157881.3.平台移动报错 9154712.Start前 10240852.1.FC无液流 10304062.2.洗水体积异常 10280263.运行Run中 10230293.1.校准失败 10107323.2.断网 1192813.3.对焦不准 12141533.4.文件占用 12302213.5.温控平台失效 1362363.6.蓝屏或HCS自行关闭 137763.7.HCS软件卡住 14178943.8.平台移动出错、camera卡住 14198654.下机 16314384.1.数据上传不完整 16181014.2.Phas/Preh过高 1618200附录 16157681.HiseqX重杂 16182572.Hiseq2500重杂 17前言本文的编写旨在指导实际生产，达到及时处理状况、最大化减少损失的目的。提纲是按照试验流程进行编写，以便于快速准确查询。内容大部分由生产经验总结而来，但实际生产状况繁多，本文不能一一列举，需要大家摸索原理、看到问题的本质，以本文为参考做到触类旁通，灵活有效地处理状况。需要谨记的原则是，人为操作更少、风险更低、损失更低的方案优先执行。cBot1.开机1.1.Erroronstartup现象描述：cBot在开机过程中屏幕变白，提示“cBotErroronstartup”，如下图所示。解决方法：断电重启仪器，点击“OK”，关闭电源按钮，再打开电源按钮，正常开机。1.2.通讯连接问题现象描述：一般出现在cBot开机后不久，提示通讯连接的问题，以下图为例，提示了barcodereader/canner连接出现问题。解决方法：（1）有时刚开机操作过快会出现该类情况，退回主界面，shutdowncBot，重新开机，开机后稍等一会再进行操作，如果还提示该错误，参见下一个方法。（2）点击“MENU”——“Configure”——输入admin，回车——点击“MENU”选择FSE模式，cBot会重启到windows模式——右键电脑“Manager”——找到devicemanager把ports里面的com1删掉（对应报错提示的com），重启切回cBot模式，可能会再提示错误，再断电重启。1.3.syringe/pump占用或卡住现象描述：一般出现在欲进行Wash时，提示syringe/pump被占用或卡住，如下图所示。解决方法：（1）退回主界面，断电重启仪器，如果无效，参见下一个方法。（2）点击“MENU”——“Configure”——输入admin，回车——点击“MENU”选择FSE模式，cBot会重启到windows模式——右键电脑“Manager”——找到devicemanager把ports里面的com全删掉——找到USBcontrollers，逐个卸载USB设备，直至鼠标键盘无反应，关闭电源按钮，重启仪器。2.Precheck2.1.PrecheckFailed现象描述：在开始一个Run前要进行Precheck，不通过会提示“Failed“，左上角窗口有详细说明。解决方法：（1）物品安放问题，进行Precheck需要物品齐全、安放正确及合上盖子，检查物品是否齐全、安放是否正确，盖子盖上后不要太快打开。（2）液路问题，重新安放FC和Mainfold，把FC和平台擦拭干净，FC往左下方靠，Mainfold垂直扣下压紧，如果仍然不通过，尝试更换Mainfold；更换Mainfold还是不通过的话，可能是注射器问题。3.运行Run中cBot运行一个Run中可能发生错误而停止，原因可分为机械碰撞和通讯卡顿两类。3.1.机械碰撞类报错现象描述：如下图所示，提示“Hit…”，打开盖子会发现Mainfold折断或物品易位等异常情况。解决方法：首先，小心记录所有信息，最好是清晰的图片。然后观察分析，结合Recipe推出实际运行到了哪一步，因为发生故障时cBot可能没有立即停止，显示的Status与实际不符。如果显示的Status与实际相符，选择方法（1）；如果不相符，若还没开始扩增，选择方法（2），若已开始或完成扩增，选择方法（3）。（1）cBot有恢复功能，退回到主界面，中央“START”下边显示了“recoverisavailable”表示可以恢复刚才故障的Run，将物品放好，点击“START”会进入Precheck界面，通过后START即可。（2）可通过将结合上的模板变性冲走还原FC，可参考如下方法：准备试剂HT2、LDR和HT1；点击“MENU”——“ManualCommands”——“Temp”，将平台升温至55℃，速率1℃/s；选择“Pump”，pump试剂LDR100μL，速率60μL/min；pump试剂HT2200μL，速率60μL/min；pump试剂HT1100μL，速率60μL/min，完成后该FC可作为新FC使用。（3）若扩增已开始但没完成，尽量推断出进行多少循环，然后参照Recipe手动完成后续步骤；若扩增已完成，只需手动结合引物即可，也可以用重杂程序进行。3.2.通讯卡顿类报错现象描述：以下图为例，报错提示pump卡住，无法继续。解决方法：首先，小心记录所有信息，最好是清晰的图片。然后观察分析，结合Recipe推出实际运行到了哪一步。需要先解决通讯的问题，参见“开机”章节；再解决该Run问题，参见上一节“机械碰撞类报错”的解决方法。Miseq1.重启仪器1.1.Initialize失败现象描述：重启电脑后自动开启HCS软件，偶然会出现初始化问题，如Motor移动、camera连接等问题。解决方法：关闭MCS软件，重启电脑仪器；如果无效，断电重启仪器，关闭MCS软件，关闭电脑，关闭仪器电源按钮，再打开电源重启仪器。2.Start前2.1.Pumpbusy现象描述：清洗中提示错误“Pumpisbusy”，如下图所示。解决方法：断电重启仪器，关闭MCS软件，关闭电脑，关闭仪器电源按钮，再打开电源重启仪器。2.2.Precheck不通过现象描述：在START一个Run前需进行Precheck，有时不通过，原因是不能读取RFID（flowcell/PR2/reagent）或液流测试不过。解决方法：（1）不能读取RFID，重放flowcell/PR2/reagent，无效则重启仪器；还是不行的话，先更换flowcell/PR2/reagent完成当前实验，再发邮件给Techsupport@获取Bypasscode跳过RFID检查。（2）液流测试不过，尝试重放FC，轻轻往外带动FC至相对固定位置；如果无效，清洁平台、Mainfold，用纯水对准FC小孔冲洗，再重新放置FC。Hiseq1.重启电脑及打开软件1.1.蓝屏现象描述：电脑重启中屏幕突然变蓝，显示“windowshasbeenshutdown”，如下图所示。解决方法：如果这是第一次蓝屏，主机还能继续使用，长按主机电源键关机，再开机，正常的话继续使用。如果这不是第一次蓝屏，建议暂停使用，联系工程师维修。1.2.初始化问题现象描述：重启电脑后打开HCS软件时常会出现一些初始化问题，如unabletoopenserialport、scannerinitializedfailed等系统通讯类问题，下面是参考图。解决方法：（1）再重启电脑，等待电脑识别完成，出现DONOTEJECT盘再打开HCS软件，如果同样报错，尝试下一个方法。（2）查看端口连接，打开portmanager软件或右键电脑——“Manager”——“DeviceManager”查看端口COM情况，若Hiseq2500的COM3、4名称显示不是“COM3”、“COM4”（HiseqX的COM3、4、5、6显示不是“COM3”、“COM4”、“COM5”、“COM6”），直接跳到下一个方法；如果显示正确，把Hiseq2500除了COM3、4外的COM删除（HiseqX除了COM3、4、5、6外的COM删除），重启电脑，若仍然报错，参考下一个方法。（3）把所有COM删除，点击重启电脑，然后关闭仪器电源按钮，电脑重启后打开仪器电源按钮，等待识别完成，再打开HCS软件。若还不行，尝试下一个方法。（4）检查主机后面的数据线插头连接，对应报错内容找到相应接头，拔出再接回，再依次重复以上方法。1.3.平台移动报错现象描述：在初始化过程中报错，提示X/Y/ZMotor有关的错误，如下图所示。解决方法：（1）关闭HCS，重启电脑，等待电脑识别完成，出现DONOTEJECT盘再打开HCS软件，如果同样报错，尝试下一个方法。（2）打开portmanager软件或右键电脑——“Manager”——“DeviceManager”，把所有COM删除，点击重启电脑，然后关闭仪器电源按钮，电脑重启后打开仪器电源按钮，等待识别完成，再打开HCS软件。若还不行，尝试下一个方法。（3）打开Traydoor，推开平台检查是否有管路牵扯了平台的移动或其它东西卡住了平台。2.Start前2.1.FC无液流现象描述：点击Pump检查液流情况时，发现FC无液流通过。解决方法：（1）检查Gasket是否放好、试剂杆是否已放下、吸液速率是否正常，如果没问题，进行下一个方法。（2）查看注射器是否进入了太多空气，如果是，停止吸液，对FC至注射器这段液路进行反推，取下FC，将注射器转阀的第一排接口拧出，接到装有纯水的大号注射器，用力反推，完成后复原即可；如果注射器正常，进行下一个方法。（3）检查装Gasket的凹槽是否堵塞，推开平台检查前段管路是否完好、接口是否拧紧。2.2.洗水体积异常现象描述：在使用测序仪前需进行洗水测体积，完成后检查每个废液管的体积，有时一些lane的洗水体积明显较少。解决方法：（1）找到对应的注射器，通过HCS让注射器Pump250μL，查看是否漏气较严重，如果是，更换注射器，如果不是，进行下一个方法。（2）查看吸液时FC是否有较多气泡通过，如果有，观察气泡来源，可能是Gasket不合适，或前段管路破损、接口松动，如果没有，很可能液路有问题，联系工程师，也可以尝试进行疏通液路。3.运行Run中3.1.校准失败现象描述：在开始Read1的照相前需进行校准对焦，第一步找平面有时会出错，如下图所示，提示“Exceededmaximumnumberofalignment”。解决方法：一般只是一时出错，重新设程序START即可，以A面报错为例，如果B面还没进行到2cycle，选择方法（1），否则选择方法（2）；若A面重新上机还是同样报错，可能光路有问题，需要维修。（1）AbortB面，关闭HCS软件，修改或删除本次Run储存文件；打开C盘（Hiseq2500在D盘）——“Maintenancelogs”，修改或删除instrument和activity两个文件；打开HCS软件，重设程序，跳过Prime，开始新的Run。（2）B面选NormalPause，A面选洗水（不选择洗PE管路）移出平台，取下A面FC换上旧FC执行清洗，清洗完后，重设A面程序按正常流程上机START，B面点击Resume即可继续。3.2.断网现象描述：下图是网络指示器的不同状态示意图，断网时会显示第3个状态，数据停止上传，会导致本地磁盘空间不足，测序暂停。解决方法：选择NormalPause，先把网络连接问题解决，恢复网络后等待RTA运行将磁盘空间释放，再ResumeRun。Hiseq2500的RTA可能会自行关闭了，找到RTAlogs文件夹，运行里面的StartRTA.bat可以打开RTA。恢复网络后如果RTA不上传数据，查看大型机文件是否缺失并补齐。3.3.对焦不准现象描述：有时对焦不准会导致较大面积的照相模糊，在前25cycle尤其是前2cycle出现对数据影响很大。解决方法：没有进行到cycle2就不需要重杂，否则需要重杂。以A面出现对焦不准为例，如果B面在cycle1，选择方法（1）；如果B面已过cycle1，选择方法（2）。（1）若A面也在cycle1，AbortA、B面，关闭HCS软件，修改或删除本次Run储存文件；打开C盘（Hiseq2500在D盘）——“Maintenancelogs”，修改或删除instrument和activity两个文件；打开HCS软件，重设程序，跳过Prime，开始新的Run；若A面已过cycle1，需重杂，其它如前面所述。（2）B面选NormalPause，A面选洗水（不选择洗PE管路）移出平台，取下A面FC换上旧FC执行清洗，A还在cycle1就不需要重杂，否则需要重杂，清洗完后，重设A面程序按正常流程上机START，B面点击Resume即可继续。3.4.文件占用现象描述：如下图所示，报错提示某文件“isbeingused”，测序或仍在继续或已停止。解决方法：如果被占用文件是log之类不影响测序进行的文件，测序会仍继续，关掉占用的程序即可。如果影响了测序，测序会停止，HiseqX选择方法（1），Hiseq2500选择方法（2）。（1）如果还没进行PETurnaround，可以通过重杂挽救，以A面报错为例，B面选NormalPause，A面选洗水（不选择洗PE管路）移出平台，取下A面FC换上旧FC执行清洗，A重杂，关掉占用文件的程序，清洗完后，重设A面程序按正常流程上机START，B面点击Resume即可继续。（2）以A面报错为例，观察具体进行到了哪一步，先关掉占用文件的程序，然后B面选择NormalPause，A面点Next，在主界面选择ResumeRun，根据具体进行到了哪一步进行Resume选项操作（注意补充试剂），A面START后，B面点击Resume即可继续。3.5.温控平台失效现象描述：如下图所示，温控平台失效时，温度曲线不再变化，导致Q30和光强值迅速下降。解决方法：温控失效的一面需要维修再使用，以A面温控失效为例，如果A面还没进行PETurnaround，选择方法（1）；如果进行到了Read2，但仪器是Hiseq2500，可以尝试方法（2）。（1）AbortA面，B面选NormalPause，A面点Next，选择洗水移出平台，取下A面FC进行重杂，上到别的仪器，B面关上Traydoor点击Resume即可继续。（2）AbortA面，B面选NormalPause，A面点Next，选择洗水移出平台，取下A面FC进行Read2重杂，B面关上Traydoor点击Resume继续，将A面数据全部拷贝至别的仪器，重启HCS软件，尝试从Read2Resume该Run。3.6.蓝屏或HCS自行关闭现象描述：运行Run中显示屏变蓝，显示“windowshasbeenshutdown”，如下图所示为蓝屏。而有时由于电脑或通讯问题HCS软件会突然被关闭退出，重启电脑后其处理方法一样。解决方法：如果这是第一次蓝屏，主机还能继续使用，长按主机电源键关机，再开机，正常的话继续使用。如果这不是第一次蓝屏，建议暂停使用，联系工程师维修。开机后，查看文件分析进行到哪里，如果还没进行PETurnaround，选择方法（1）；如果进行到了Read2，但仪器是Hiseq2500，选择方法（2）。（1）打开Traydoor取下FC进行重杂，重新上机。（2）打开D盘——“Maintenancelogs”，修改或删除instrument和activity两个文件，再打开HCS软件；查看文件得出具体进行到哪一步，选择ResumeRun根据进行Resume选项操作（注意试剂的补充）。3.7.HCS软件卡住现象描述：屏幕显示不再更新，camera、液流、动态栏等等都不再动，所有显示都静止了。解决方法：查看本地和往大型机上传的数据，如果还在持续更新，表明仪器还在正常运行，无需过多操作；如果数据停止更新，表明仪器不在运行了，查看文件分析进行到哪里，若还没进行PETurnaround，选择方法（1），若进行到了Read2，但仪器是Hiseq2500，选择方法（2）。（1）长按主机电源键关机，再开机，打开HCS，打开Traydoor取下FC进行重杂，重新上机。（2）长按主机电源键关机，再开机，打开D盘——“Maintenancelogs”，修改或删除instrument和activity两个文件，再打开HCS软件；查看文件得出具体进行到哪一步，选择ResumeRun根据进行Resume选项操作（注意试剂的补充）。3.8.平台移动出错、camera卡住现象描述：如下所示，图1、2的报错为平台移动出错，提示Length或X/Y/ZMotor移动距离出错；图3的报错为camera卡住。报错会使该Run停止，HiseqX不能Resume。解决方法：如果只有一面报错，以A面为例，若还没进行PETurnaround，选择方法（1）；若进行到了Read2，但仪器是Hiseq2500，选择方法（2）。如果两面都报错，若还没进行PETurnaround，选择方法（3）；若进行到了Read2，但仪器是Hiseq2500，选择方法（4）（1）B面选NormalPause，A面点Next，选择洗水移出平台，取下A面FC进行重杂，上到别的仪器，B面关上Traydoor点击Resume即可继续。（2）B面选择NormalPause，A面点Next，在主界面选择ResumeRun，根据具体进行到了哪步进行Resume选项操作（注意补充试剂），A面START后，B面点击Resume继续。（3）点击Next，选洗水移出平台，取出FC进行重杂，换上旧FC，重启仪器，可选择只洗SBS管路，也可打开C盘（Hiseq2500在D盘）——“Maintenancelogs”，修改或删除instrument和activity两个文件，再打开HCS，不清洗，照正常流程重新上机。（4）重启仪器，在主界面选择ResumeRu