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PAGEPAGE2PAGE实验报告实验课程:生物信息学学号:姓名:专业班级:指导老师:实验四蛋白质结构与功能预测[实验目的]掌握蛋白质一级、二级和三级结构分析的一些工具,了解与蛋白质功能分析相关的数据库,如:SwissProt蛋白质序列数据库、PDB结构数据库等。[实验原理]现有的蛋白质功能分析工具和平台都是根据已知的蛋白质结构进行诠释分析、总结结构规律建立参考数据库,并以此作为预测未知蛋白质结构和功能的依据。[实验内容]熟悉与蛋白质分析相关的数据库资源,如SwissProt蛋白质序列数据库、PDB结构数据库、PROSITE利用PredictProtein对蛋白质序列进行分析利用swiss-model对蛋白质序列进行三维结构预测
[实验步骤]1、首先我们选取几段蛋白质序列序列的格式为FASTA格式,FASTA是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释,如下图所示。然后我们将准备好的氨基酸序列复制到/点击predictprotein等待几分钟即可得到相应的结果下图为蛋白质的二级结构预测图下图是关于这个蛋白质的基础组成和基本的蛋白质概述然后我们将氨基酸序列复制
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