遗传异质性相关的术语

RS是NCBI数据库中SNP编号，该数据库的数据一般都有两个身份标识(ID)：ss编号和rs编号，前者是为所有研究者提交的SNP都生成的编号，称为NCBI分析编号(NCBIAssayID),而后者是在对所有已有数据比较后，为独特SNP生成的编号，称为参考SNP编号(refereneeSNPID)。理论上一个rsSNP可能对应多个不同的ssSNP,rsSNP应是唯一的。从理论上说一个SNP位点应该有4种等位基因型，即A.T.C,G,但是在现实情况中，往往只有2种,说以说是两种等位基因型.一个位点两种基因型AG,不是一条链为A,另外一条链为G.这个意思是说，比如人有两套染色体，一套来源母本，一套来源父本,所说的A和G的等位基因型说的是这两套上的不同基因型.在PCR扩增的条带上，如何看出哪个位点是多态位点?多态位点和等位基因是什么关系？一般微卫星的话是两条带的居多，表示在这个位点存在多态性,也有可能会出现3条带的，暗示着遗传背景是远系杂合的.应该说等位基因只是一个标记,并不是是有功能的基因，只是标识个体在两条染色体上的差异的一个marker.Hardy-Weinberg平衡定律的意义时间:2012-11-0812:08来源:互联网作者:张医师1.反映基因频率和基因型频率的关系按照Hardy-Weinberg平衡定律，在达到遗传平衡的群体,基因频率和基因型频率之间的关系可以用二项式展开的公式表示。设某基因座有A1、A2、A3、......An个等位基因，基因频率分别为pl、P2、p3、"""pn。贝V：評■(PlAl十皿兀中內;M *Pn/Vj—订疗凡儿—一喩氏a2丄厉民A：H…•+卅他A„|j2pjP2AjA>I即】+即］p»凡 pflAn］九上述等式的左侧称配子组数；等式的右侧称合子组数。从二项式展开的公式，归纳出基因频率与基因型频率的数量关系为：纯合子基因型频率等于该基因频率的平方。杂合子基因型频率等于该两基因频率乘积的二倍。这种基因频率和基因型频率间的数量关系对物证鉴定结论的量化有重要作用。2．群体样本的检验Hardy-Weinberg定律的另一个意义在于对抽样调查的结果进行检验，评估所调查的对象群体是否符合Hardy-Weinberg平衡定律，评估群体调查资料的可靠性。由于在实际中“理想群体”是不存在的，所以在应用群体调查资料计算法医物证学鉴定参数之前，需要先检验对象群体是否是统计学意义的Hardy-Weinberg平衡群体。群体的Hardy-Weinberg平衡检验方法有吻合度检验法、纯合度检验法、似然比检验法以及确切概率分析法等等。其中吻合度检验法最为常用，而纯合度检验法、似然比检验法和确切概率分析法由于计算较复杂而使用较少。吻合度检验是运用X2检验来衡量基因型数目的观察值与该位点上全部基因型频率分布在符合Hardy-Weinberg平衡时的期望值之间的吻合程度。首先计算出比较每个基因型的观察值与期望值之间吻合程度的X2值，再将所有基因型的Xz值求和获得总的X2值，查表求得p值，一般以P>0.05作为无显著性差异的界限。计算公式如下：“P(观察值一期望值护若一乙期望值其中X2检验的自由度为：df-观察到的基因型数一等位基因数基因型的期望值按照Hardy-Weinberg公式计算：纯合子基因型数的期望值=(基因频率)2x样本含量杂合子基因型数的期望值=2x(基因频率1)x(基因频率2)x样本含量吻合度检验法是一经典的方法，优点在于计算方法简便。P>0.05说明所调查的群体达到了遗传平衡，也说明本次群体调查的数据可信。如果检验的结果PvO.05，有三个问题要考虑：①被调查的群体不是处于遗传平衡状态；②遗传标记分型的技术或标准出现误差；③没有达到随机抽样的要求。在X2检验时，要求列联表中每一格子中基因型的数目均大于5,而现在法医物证分析中最为常用的高多态性DNA位点，如VNTR或STR,每个位点有许多等位基因，群体调查的样本量不够大时，调查资料中常会出现一些基因型数目小于5，甚至有些基因型未观察到的情况。这不适合于检验该群体调查资料是否与Hardy-Weinberg平衡吻合。可以用调整数据结构的方法解决这个问题。常用的方法是并组法，可以忽略基因频率很小的等位基因对群体结构影响。以STR基因座D18S51基因座为例：表2-5列出了128名汉族无关个体D18S51基因型分布原始数据，即基因型的观察值。例如基因型12-12的观察值为0，基因型12-13的观察值为2，基因型12-14的观察值为2。等位基因频率按照前述直接计数法的公式算出，即：等位基因12的基因频率一(0+2+2+2+0+1+2+1+1+0+0+0+0)／2x128=(2+2+2+1+2+1+1)／2x128=0.043所有等位基因频率的计算结果见表2-5。表2-5成都地区汉族群体D18S51基因型分布及等位基因频率(n=128)121314151?181920基肉频率1221U21111§&51m；M341030.S33•卩12$310.2?133]a05B.L915£4p.u55:2013221L2123g1a.0352221ii.OI?331GQQ4剋10.004纯合子基因型12-12的期望值=（基因频率）2x样本含量=0.0432x128=0.2367杂合子基因型12-13的期望值=2x（基因12频率）x（基因13频率）x样本含量=2x0.043x0.140x128=1.5411其余纯合子或杂合子基因型的期望值同样用上述公式计算，并与基因型观察值一起代入吻合度检验公式进行Hardy-Weinberg平衡吻合度检验，即：“Ec观察蠶严匚碣叱df=基因型数目一等位基因数目=42-13=29查表得P<O.01，结果显示群体不处于Hardy-Weinberg平衡状态。但是由于D18S51基因座实际观察到的基因型数为42，明显少于根据等位基因数推算出的预期基因型数91。在列联表中大部分的格子数值小于5,影响了X2检验对群体的估计能力。此时的X2检验不能说明群体是否处于Hardy-Weinberg平衡，需要用并组法对群体调查资料的数据结构进行调整，即将基因频率等于和小于0.058的等位基因并组为C,得到表2-6数据。按前述步骤计算结构调整后的数据，求得基因型观察值，基因频率和基因型期望值，将基因型观察值和期望值代人吻合度检验公式进行Hardy-Weinberg平衡吻合度检验，得：X2=16.588df=基因型数目一等位基因数目=15-5=10查表得P>O.05，结果显示群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。DNA测序结果发现某位点突变，而此位点恰好是多态性位点，怎样判断这个结果是突变还是基因多态性？单个碱基突变可以做SNP检测首先应该重复测序，因为两次测序相差一个碱基也很有可能。类似这种情况，有专家建议测序至少要做3次，而且要仔细核对图谱和碱基序列。对于单核苷酸多态性（SNP），通常只有两种等位基因。既然知道此位点是多态性位点，那么可以杳阅文献，看该多态性位点是哪两种核苷酸（比如说是C/A）,如果你的序列中该位点不是其中的一种（比如说是T或G）,则我认为可以判断结果为突变；如果你的序列中该位点是其中的一种（是C或A）,则判断结果为基因多态性。另外，关于为什么SNP只有两种等位基因？4种寡核苷酸的任何一种都可以位于基因组的任意位置，因此可以设想每种单核苷酸多态性应该有四种等位基因。这在理论上是可能的，但实际上大多数的SNP只能以两种突变体的形式存在。这是由产生SNP的方式和其在种群中的分布决定的。当基因组中发生点突变时就产生SNP，使一个核苷酸转变成另一个。如果该突变是发生在一个个体的生殖细胞中，那么一个或多个后代就可能遗传了这个突变，经过多代之后，这个SNP可能在种群中建立，但是仅有两个等位基因一一原始序列和突变序列。如果要产生新的突变，必须在另一个个体的基因组的同一位置产生一个新的突变，该个体和其后代必须繁殖以产生新的等位基因。这种情况不是不可能的，但是不太可能发生；因此绝大多数SNP都是双等位的。哦，我明白了。多谢了！突变和多态是两个经常被混淆的概念。严格来说多态是指基因在人群中在某个位点或者某段序列上存在差异，这种差异往往并不能导致基因功能的变化。而突变则指那些存在于基因调控区，编码区或者虽然存在于非编码区但能影响基因剪切的多态位点，这些位点能造成基因所编码的蛋白的功能变化或者是基因的表达量发生变化。这就是突变和多态的区别。突变和多态是两个经常被混淆的概念。严格来说多态是指基因在人群中在某个位点或者某段序列上存在差异，这种差异往往并不能导致基因功能的变化。而突变则指那些存在于基因调控区，编码区或者虽然存在于非编码区但能影响基因剪切的多态位点，这些位点能造成基因所编码的蛋白的功能变化或者是基因的表达量发生变化。这就是突变和多态的区别。

不同意不同意首先应该重复测序，因为两次测序相差个碱基也很有可能。类似这种情况，有专家建议测序至少要做3次，而且要仔细核对图谱和碱基序列。对于单核苷酸多态性（SNP），通常只有两种等位基因。既然知道此位点是多态性位点，那么可以查阅文献，看该多态性位点是哪两种核苷酸（比如说是C/A）,如果你的序列中该位点不是其中的一种（比如说是T或G）,则我认为可以判断结果为突变；如果你的序列中该位点是其中的一种（是C或A）,则判断结果为基因多态性。首先应该重复测序，因为两次测序相差补充：一般认为DNA序列中某特定位点的突变频率低于1%为突变，高于1%则为分子多态。目前研究较深入的分子多态是微卫星DNA多态，单核昔酸多态和AluI序列多态。DNA多态性是指染色体DNA等位基因中核昔酸排列的差异性・DNA区域中等位基因（或片段）存在两种或两种以