CN119418759A 评估基因组的注释质量的方法及装置 （安诺优达基因科技(北京)有限公司）

本发明提供了一种评估基因组的注释质量基因组中的每个基因进行单拷贝直系同源基因2对待质量评估的基因组中的每个基因进行单拷贝直系同源基因完整性对所述分析结果文件进行量化评分，以评分结果判断所述待质量评质量评估的基因组进行所述单拷贝直系同源利用BUSCO软件中的embryophyta_odb10库进行利用hisat2软件将所述待质量评估的基因组中的每个基因与参考二代转录本进行比所述对待质量评估的基因组进行基因结构分析包括：分析基若待质量评估的基因经所述BUSCO软件评估的结果为Completed或Du若所述待质量评估的基因在3个及以上的所述数据库中存在功能注释数据，则分数为以基因组中所有所述待质量评估的基因的分数的平均数为所述待质量评估的基因组若所述最终分数≥90分，则所述待质量评估的基因组的注释质量分析模块，被设置为对待质量评估的基因组中的每个基3基因完整性分析单元，被设置为利用BUSCO软件或compleasm软所述基因完整性分析单元还包括：被设置为利用BUSCO软件中的embryophyta所述分析模块还包括：基因功能注释单元，被设置为利用下述至少一设置为利用hisat2软件将所述待质量评估的基因组中的每个基因与参考二代转录本进行所述分析模块还包括：基因结构分析单元，被设置为分析基若所述待质量评估的基因在3个及以上的所述数据库中存在功能注释数据，则分数输输出结果单元，被设置为以基因组中所有所述待质量评估的基因的若所述最终分数≥90分，则输出所述待质量评估的基因组的注述程序运行时，控制所述储存介质所在设备执行权利要求1_4中任一项所述的评估基因组4[0004]因而，如何提供一种能够较准确的对基因组注释的基因集进行多方位的打分评量评估的基因组中的每个基因与参考二代转录本进行比对，再利用htseq软件将比对结果5分；以基因组中所有待质量评估的基因的分数的平均数为待质量评估的基因组的最终分[0011]进一步地，分析模块包括：基因完整性分析单元，被设置为利用BUSCO软件或评估的基因组中的每个基因与参考二代转录本进行比对，再利用htseq软件将比对结果转不得分；若待质量评估的基因在3个及以上的数据库中存在功能注释数据，则分数输出为6准确的单拷贝直系同源基因完整性分析结果，在一种优选的实施例中，利用BUSCO软件或BUSCO软件中的embryophyta_odb10库进行单拷贝直系同源基[0021]其中，BUSCO软件和compleasm软件都是用于评估基因组组装和注释完整性的工[0022]任何能够对基因功能进行注释的数据库均适用于本申请，在一种优选的实施例/blast/db/FASTA/nr.gz该数据库为非冗余蛋白质序列数据库，7组中的每个基因与参考二代转录本进行比对，再利用htseq软件将比对结果转化为所述每KilobaseoftranscriptperMillionfragments是一种用于衡量RNA测序（RNA_Seq）对为单位，kb）。另外，可以利用计算FPKM的软件得到FPKM值也有很多，包括：RSEM、中，若待质量评估的基因经BUSCO软件评估的结果为Completed或Duplicated，则分数为设置为对分析结果文件进行量化评分，以评分结果判断待质量评估的基因组的注释质量。8软件中的embryophyta_odb10库进行单拷贝直系同源基因完整性分析；任何能够对基因功中的每个基因与参考二代转录本进行比对，再利用htseq软件将比对结果转化为所述每个中，判断模块包括：评分单元，被设置为若待质量评估的基因经BUSCO软件评估的结果为9