《量化细胞形态特征的细胞形态测量一般要求和注意事项》

1）：3.13.23.33.4注：就细胞形态测量（3.6）而言，细胞形态可通过与形态特征（3.15）相关的单个或多个细胞形态描述符（3.5）23.53.6注：细胞形态测量的步骤从确定细胞形态分析的目的开始，到为预期目的分析量化结果结束。通过采取这细胞形态测量可以衍生出特性，例如表型，如免疫抑制3.73.8细胞纹理celltexture3.93.103.113.123.133.1433.153.163.17光学分辨率opticalresolution3.18像素分辨率pixelresolution3.193.203.21空间分辨率spatialresolution3.22平铺采集tilecapture注2：如果平铺图像有重叠，可以根据电机位置或3.2343.243.25注：在某些情况下，获取3D图像和时间序列685a）由单个FOV组成的单张图像中FOV、ROI和TOI的关系b）由9个FOV组成的平铺图像中FOV、ROI和TOI的关系7.1.1总则67.1.2待观察细胞特性贴壁和悬浮堆叠和分层题。重要的是要意识到显微镜类型的改变会改变性胞内结构7.1.3样品制备样品制备-总则特定观察的样品制备-标记、染色和化学处理.1总则.2细胞固定.3荧光标记或免疫染色观察容器器或器皿）。它通常是平的，可以由玻璃或塑料制成（如显微镜载玻片、污染87.2.1总则97.2.2光源7.2.3物镜和聚光镜7.2.4光路中的组件），）；7.2.6图像数据），7.2.7环境条件7.2.8观察位置注2：邻近容器壁区域的细胞的透射光观察7.3.1单张图像采集注2：用于高速成像的图像采集装置的时间分辨注3：时间分辨率由曝光时间、外部触发延迟、整）：）；）；）：）：）；）；）；）；）：）：注：多通道采集经常由自动显微镜执行。这意味着相同的空间位置用多个不同的激发/发射波长、多个透射光对比）：贴壁细胞倾向于使得难以通过明场观察透明细用折射率差异的方法，如相差或当细胞呈球形时，对比度会增体培养基中培养的悬浮细胞或半固体培养基中培养的细胞中体验大多数透射型方法不适合观察深结构，因为照明光会散射，透过样品的光较少。使用长波长光进行观察可以减少根据样品特性，共焦反射显微镜可以提供改进的围会出现“光晕”标记、染色和化经过的时间和培养环境会影响观察期间的细胞活性和敏感性，或导致染色材料的标记、染色和化荧光标记、免疫染色或其他化学处理可改变细胞膜和细胞核特性以及其他细胞特细胞的形态特征可能与未处理的观察中使用的光源的波长和强度会影响细胞特胞内结构的存在增加了细胞对比度，因此具有足够胞内结构的细胞可以被观察由聚合物材料制成的容器通常不适合微分干涉显微镜，因为双折离的容器很重□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□细胞形态#对于逐像素预先定义每个像素的大小1--2柯西-克罗夫顿根据角度为θ、计值通过一系列间距为与目标区域D(Fmax)NA(从图像中计数）D(Fmin)NA(从图像中计数）细胞形态#数数最大费雷细胞形态#最小费雷12Abox=D(Fmin).D(Fper)D(Fper)是垂直于费雷特最小直径1Barea=DFx.DFy2细胞形态#1比长度”不应单独述哪个定义中使用的周义/公式也有此需要指明义/公式。示2ccompact=I(Pconvexhull)231公式中使用的多种选择，因此需要指明使细胞形态#2式中周长使用在物理计量学中，圆形度和圆度有时作为3Aareaπ.(Rπ.(Rmin)2物体的像素比1度”AA式有多种选组定义/公式2P（2）2λ长λ的关系在对λ≤0.3DF,maxD(Fper)是垂直于费雷特最小直径细胞形态#（1）垂直于费雷特最小直径的费雷特特最小直径特最大直径I(k,l)：位置（k,l）像素的灰），Nx像素、垂直Ny像素，且有Ng个灰度级。I(k,l)为像素位置（k,l）处的灰度索引。pi,j,45oi,IK,l)xδj,IK+1,l__1+δj,IK,l)xδi,IK+1,l编号图像均匀性的度量。该特征值越高，表明图像中强度变化越小。均匀符号px(i)是通过对p(i,j)的行求和得到的边缘概率矩阵的第i项，py(j)是通过对列求和得到的边缘概率矩阵度图像局部变化的度量，均匀高表明局部变化图像中不同灰度性灰度共生矩阵的线性相关性度量。完全正相关或负相关图像的值分别px+y(k)=ΣiΣpi,ji+j=kpx__y(k)归一化灰度值的方差。均匀强度图像的纹矩图像中相似区域面积较大时取值较低，均匀图像取值较值图像归一化灰差归一化灰度值(i_f8)2px+y(i)图像内随机性的度量。复杂图像的熵值较=ΣiNΣj=pi,j熵图像内随机性示。均匀图像f9=_Σip(i,j)log{p(i,j)}li_j差未相关强度的f10=varianceofpx__y图像内随机性从特定强度值之间重复的空性1间关系推导出的像素区域内包含的总信息且=__Σipxipyjlog{pxipyj}性2从特定强度值之间重复的空间关系推导出的像素区域内包含的总信息量的另一种度补充值，且尺f13=(1__exp__2HXY2__HXY)])1/2且=__Σipi,jlog{pxipyj}-f14=(矩阵Q的第二大特征值)1/2时））1对于在透射光相差或微分干涉相差进行观常使用非定向2彩色相机通常用于获取非荧光染色样本的往往具有更高其检测器芯片3大量灰尘会使拍摄图像时的自动对焦设置过程中导致错可以通过更换培养基来减少4当细胞密度高别和分析细胞。究拍摄图像时5对于小孔的成一部分可能会过使用基于通道的几何形状6厚样本会使光7选择的放大倍数是否使分析察有时低放大倍数可能是8量9量在设定条件下拍摄的图像是和？如果成像过程中曝光时像分析会受到像过程中最好保持曝光时间照明对细胞来说是否太强？照明是否是图因？观察波长适合捕捉要观化？为了优化通过初步实验以缩短的成像间隔拍摄图像，然后缩小图像要观察的细胞是否需要进行3D观察3D数据的处理很要拍摄的图像的分辨率是否适合观察观察物镜类型是否可以在上述成像条件下使用，并且是否适合标根据应用信息可在物镜进行延时成像重复性是否足够？在初步实验中拍摄的图置的可重复性对于单细胞追是否具有满足上述成像条件图像质量变化像时的冷凝水过将这些变化原因控制在不影响分析结果的范围内来确图像质量变化像时的冷凝水过将这些变化原因控制在不影响分析结果的范围内来确图像是否已压数据的分析可1对于在透射光相差或微分干涉相差进行观常使用非定向2彩色相机通常用于获取非荧光染色样本的往往具有更高其检测器芯片3大量灰尘会使拍摄图像时的自动对焦设置过程中导致错可以通过更换培养基来减少4当细胞密度高分析每个细胞5对于小孔的成一部分可能会过使用基于通道的几何形状6厚样本会使光7选择的放大倍数是否使分析察有时低放大倍数可能是详细观察集落高放大倍数可8量9您是否提前确认了要分析的集落容易发生定条件下拍摄的图像是否发生了饱和？如果成像过程中曝光时间发生最好保持曝光照明对细胞来说是否太强？照明是否是图因？观察波长适合捕捉要观化？为了优化通过初步实验以缩短的成像间隔拍摄图像，然后缩小图像要观察的细胞是否需要进行3D