CN116200490B 一种实体瘤微小病灶残留检测panel的筛选方法 （慧算基因科技(上海)有限公司）

司一种实体瘤微小病灶残留检测panel的筛选本发明公开了一种实体瘤微小病灶残留检测panel的筛选方法，包括通过142基因的检测panel(MRDPanel)对实体瘤患者检测ctDNA突变信息；以及通过低深度WGS测序评估实体瘤患者的基因组不稳定性；结合ctDNA突变信息及基因ctDNA突变信息及基因组不稳定性的检测流程，2据库中实体瘤患者NGS检测结果进行有效区域筛选具体包括：按照癌种类型将数据进行分单位进行评估，如果当前外显子中包含体细胞突变且在当前癌种中人群突变频率>＝5％,去掉不符合条件的外显子区域,获得筛选后的Panel区域；基因组不稳定性的评估算法包G和比对度M，计算每个区段内的GC含量和比对度M，使用loess回归拟合：d~αG+βM估算3去重后,共计142基因，包括通过142基因的检测panel对实体瘤患者检测ctDNA突变信2.如权利要求1的一种实体瘤微小病灶残留检测+βm经过校正后的拷贝数Cnorm合并入最终结果，判定基因组存在不稳定性的标准为p>0且4[0001]本发明涉及肿瘤基因检测领域，具体为一种实体瘤微小病灶残留检测panel的筛选方法,特别是涉及基于突变信息(SNV,Indel,Fusion,CNV)及基因组不稳定性信息来评估[0003]早期,手术切除是肿瘤最佳的治疗方式,但相当一部分患者在根治性切除后仍会复发风险的循环肿瘤DNA检测系统及应用，公开了在循环肿瘤DNA(ctDNA)层面检测肿瘤来追踪提高了在早期检测微小残留病变(MRD；治疗后和/或缓解期间患者体内保留的少量细胞)和/或治疗响应的能力，这两者可帮助指导治疗决策和防止遗漏患者中不同的肿瘤内/5得到精准的结果；上述方案中肿瘤的分子特征除了突变之外,还包括染色体层面的结构变假阴性结果，也就是说采用了大Panel(425基因)+NGS+生物信息分析的方式进行微小残留病灶的检测,仅能检测SNV,indel,Fusion,及基因层面的CNV,而无法检测基因组层面的染[0006]针对现有技术存在的不足，本发明提供了一种实体瘤微小病灶残留检测panel的[0008]一种实体瘤微小病灶残留检测panel的筛选方法，包括通过142基因的检测panel[0010]作为本发明进一步的方案，所述确认覆盖基因信息包括：用药敏感及耐药基因、[0011]作为本发明进一步的方案，所述调取自有数据库中实体瘤患者NGS检测结果进行含体细胞突变且在当前癌种中人群突变频率>=5%,保留该外显子；在其他癌种及外显子中6包括PCR轮数pn和起始DNA量m，cnorm=crpn+Bm经过校正后的拷贝数Cnorm合并入最[0017]本发明具有以下有益效果：本发明提出了可同时检测ctDNA突变信息及基因组不稳定性的双指标MRD检测方法,通过同时评估两个指标,可显著提升MRD检出率,降低假阴[0019]图1、图2是本发明提供的一种实体瘤微小病灶残留检测panel的筛选方法的检测结果和2022_06_07(样本ID:PC3677):染色体不稳09(样本ID:S2200050210):染色体不稳定性基因的检测panel对实体瘤患者MRD检测；通过评估实体瘤患者是否存在基因组不稳定性,7[0030]以及调取自有数据库中实体瘤患者NGS检测结果进行有效区域筛选具体包括：按[0031]本发明提出了可同时检测ctDNA突变信息及基因组不稳定性的双指标MRD检测方8[0035]校正后对每个区段i计算平均比值r该平均比值和区段i的拷贝数Ci在不稳定性的标准为p>0且至少有>10M的片段拷时检测ctDNA突变信息及基因组不稳定性的双指标MRD检测方法,通过同时评估两个指标,[0039]解决了采用大Panel(425基因)+NGS+生物信息分析的方式进行微小残留病灶的检测,仅能检测SNV,Indel,Fusion,及基因层面的CNV,而无法检测基因组层面的染色体变化新癌症负担数据,确认中国发病率Top10的癌种,同时结合自有知识库信息,增补9个癌种,[0043]步骤3；调取自有数据库中约11万例实体瘤患者NGS检测结果进行有效区域筛8.48.49本数(N):自有数据库中相关癌种的样本数；覆盖样本(N)比例:MRDPanel中每个样本检出的体细胞突变信息位置进行比较,如果MRDPanel包含至少一个已知的体[0054]计算每个区段内的GC含量和比对度M，使用loess回归拟合：d~aG+BM估算[0060]校正因素包括PCR轮数(pn)和起始DNA量(m)cnorm=crpn+Bm经过校正后的[0063]样本量:两管10ml外周血,全部用于血浆分离及cfDNA提取,提取总量>=20ng可用于后续NGS文库构建，商业化文库构建试剂盒进行WGS文库构建,原有实验条件20度15min突变分析(SNV,Indel,Fusion,CNV)；基因组不稳定性分析流程进行WGS数据的分析,评[0066]本发明提出了可同时检测ctDNA突变信息及基因组不稳定性的双指标MRD检测方通过结合ctDNA突变信息及基因组不稳定性结果,得到ctDNA含量的估计,并给出对应的风术前检测MRD:2022_01_09;术后检测MRD:2022_0采样时间样本类型MRD结果肿瘤负荷变异信息汇总2022_01_09血液4.56%□极低负荷□低负荷R高负荷2022_04_11血液未检测到R极低负荷□低负荷□高负荷[0078]用于乳腺癌的微小残留病灶的检测方法:通过MRDpanel对乳腺癌患者检测过结合ctDNA突变信息及基因组不稳定性结果,得到ctDNA含量的估计,并给出对应的风险术前MRD检测:2021_11_05;术后MRD检测:2022_0果荷[0090]一种检测直肠癌微小残留病灶的方法，通过MRDpanel对直肠癌实体瘤患者检测过结合ctDNA突变信息及基因组不稳定性结果,得到ctDNA含量的估计,给出对应的风险分S2200045588M;S2200047780M;S2采样时间样本类型MRD结果ctDNA含量肿瘤负荷变异信息汇总2022_03_14血液未检测到R极低负荷□低负荷□高负荷2022_04_14血液未检测到R极低负荷□低负荷□高负