CN119410794A 一种与湖羊睾丸大小性状有关的snp分子标记及其筛选方法和应用 （兰州大学）

一种与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标本发明公开了一种与湖羊睾丸大小性状相关的SNP分子标记及其筛选方法和应用，属于遗传育种和分子生物学领域。该标记位于湖羊3号保了SNP分子标记的准确性和可靠性；该标记可快速精准地筛选出与睾丸大小性状相关的湖羊2分子标记位于核苷酸序列如SEQIDNO.13.根据权利要求1所述与湖羊睾丸大小性状有关4.一种权利要求1~3任意一项所述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记的筛选方5.根据权利要求4所述与湖羊睾丸大小性状有关的SN6.根据权利要求5所述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子7.权利要求1~3任意一项所述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记在湖羊分子标8.权利要求1~3任意一项所述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记在湖羊睾丸大9.权利要求1~3任意一项所述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记在制备检测试睾丸大小性状有关的SNP分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物，在待测湖羊公3[0001]本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种与湖羊睾丸大小性状有关的SNP4[0012]所述基于全基因组关联性分析筛选显著关联位点，利用单变量线性混合模型对[0014]上述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记在湖羊分子标记辅助育种中的应[0015]上述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记在湖羊睾丸大小性状辅助选择育种[0017]一种检测湖羊基因型的试剂盒，所述试剂盒采用与湖羊睾丸大小性状有关的SNP[0018]一种检测湖羊基因型的方法，根据上述与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物，在待测湖羊公羔出生后采集血液并提取基因组以通过筛选具有特定基因型的个体来精准选育高繁系湖羊，可以加快湖羊品种改良步伐，[0020]本发明获取与湖羊睾丸大小性状有关的SNP分子标记的方法，通过样本采集与性5员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都应当属于本发明保护的范本研究于2018年~2022年间，分9个批次从8个规模化的湖羊养殖场中共选取30286公式一公式二使用SPSSStatistics25.0软件对所有表型数据进行汇总统计，按照3倍标准差利用Qubit2.0和Agilent210在IlluminaNovaSeq6000平台上对质量合格的文库进行测序，得到150bp的末7质量控制的高质量cleanreads比对到绵羊参考基因组（ARS_UIRambv2.0,GCF入缺失等；用CombineGVCFs模块将多个样本的GVCF文件合并成一个大的GVCF文件；用通过PLINK软件中的__indep_pairwise5050.2对质控获得的常染色体SNP进PCA的前3个主成分作为协变量加入到全基因组关联分析模型中以尽量减少群体分层的影使用的绵羊参考基因组版本为ARS_UIRambv2.0,GCF016772045.1，由GWAS结果中筛选出1个与TTW、TI和TEW均显著关联的SNP分子标记，其位于湖羊3号染色体的8[0040]SNP分子标记前后150bp碱基序列如SEQ所示：NC_056056.1|:121444184_121444484OvisariesstrainOAR_USU_Benz2616breedRambouilletchromosome3,ARS_UI_Ramb_v3.0,wholegenomeshotgunsequenceCTGAGTGTTCCTATTGATGCATAATTCATAACAAGATATTTTCAGGACTATAACCAAATGTTGCATAACTCACAGCTTACCATCTATATTAACCAGATGAAAGAGGTCTTCTTTAGCGATTTAAAAGCATCTGTACAGATAATGTGAAAA[A/G]TACAAACAAAACATTTCAGGATGTATTTTTAAGATACTTAAACATTTAACAACCTCAGTTACTCTTTAATTAGTTATATTTAAACATATAATGCAACAGGCAATTATTGATAGATTTCTC