CN119452421A 用于确定反应体系的组成的方法 （科思创德国股份有限公司）

2024.12.27PCT/EP2023/0668822023.06.21WO2024/002839EN2024.01.04使用旨在最大化与原始目标体系/参考体系的相似度的优化程序自动且合理地(计算机辅助)修2A)提供关于参考反应体系(10)的信息，所述信息包括参考反应体系(10)的组B)提供关于测试反应体系(70)的信息，所述信息包括测试反应体系(70C)提供至少一项第一规则(20)，其用于从参考反应体系(10)的组分和/或由参考反应D)将所述至少一项第一规则(20)应用(30)于参考反应体系，E)提供经修改的参考反应体系(40)的至少部分和如步骤H)中所述的经修改的测试反F)由所述至少一个描述符(35)确定(50)经修改的参考反应体系(40)的至少部分的(一G)提供至少一项第二规则(20)，其用于从测试反应体系(70)的组分和/或由测试反应H)将所述至少一项第二规则(20)应用(80)于测试反应体系(70)，从而I)由如步骤E)中所述的至少一个描述符(35)确定(100)经修改的测试反应体系(90)的J)使用描述符(35)所占据的描述符空间中的距离的测量来确定(120)来自步骤F)和I)K)根据步骤J)中确定的距离和/或相异度的结果，决定(140)是否调整测试反应体系L)如果在步骤K)中已经决定调整，则通过改变测试反应体系(70)中的组分和/或其相2.根据权利要求1所述的方法，其中如步骤A)中所述的3.根据权利要求1或2所述的方法，其中C)中所述的至少一项第一规则(20)和/或G)中发生时的阈值标准或前述规则(20)中至少两4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤C)的至少一5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中应用(303第一规则(20)和/或应用如步骤H)中所述的至少一项第二规则(20)包括运行动力学蒙特卡6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中经修改的组分的集合和关于经修改的参考反应体系(40)的离散组分及其在经修改的参考反应体系由至少一个描述符(35)确定(50)经修改的参考反应体系(40)的至少部分的(一个或多个)7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中经组分的集合和关于经修改的测试反应体系(90)的离散组分及其在经修改的测试反应体系由至少一个描述符(35)确定(100)经修改的测试反应体系(90)的至少部分的(一个或多个)8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中如步骤E)中所述的至少一个描述符9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中如步骤J)中所述的距离和/或相异度10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中如步骤K)中所述的决定包括以下决4相对于一个或多个先前执行的步骤J)的距离和/或相异11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中如步骤L)中所述通过改变测试反应体系(70)的组分和/或其在测试反应体系(70)中的相对量来调整(150)测试反应体系(70)5结构(药物)性能关系(QSPR)分析和分子动力学用[0004]Maranas等人通过使用拓扑指数来解决具有最佳宏观性质水平的聚合物的设计。率和介电常数的相关性。这些相关性被整合到优化框架中。(Camarda,KyleV.和CostasD.Maranas."Optimizationinpolymerdesignusingconnectivityindices."[0005]Faeder等人描述了使用BioNetGen进行基于规则的建模，以研究复杂生化体系的estimationofrule一basedmodelsusingstatisticalmodelchecking."2016IEEEInternationalConferenceonBioinformaticsandBiomedicine(BIBM).IEEE,2016)。6在的可再生含氧化合物(oxygenates)和碳氢化合物，其可以与汽油共混以满足ASTM规范。代解决方案(Marvin,W.Alex,SrinivasRangarajan和ProdromosDaoutidis."Automatedgenerationandoptimalselectionofbiofuel_gasolineblendsandtheir高度不确定性或仅对小型数据集可用。Mavrantzas等人报告了一种基于多尺度模型的方计技术与用于提供重复单元的第一性原理排列及用于预测所选的候选聚合物结构的物理性质的原子模拟。该方法已得到开发和测试，用于设计具有所期望的性质的聚合物(Satyanarayana,KavithaChelakara等人，"Computeraidedpolymerdesignusingmulti_scalemodelling."BrazilianJournalofChemicalEngineering27(2010):369_些性质用于定义对于大多数明确界定的单一化合物或建模为无限链长的单分散体系的聚7[0014]C)提供至少一项第一规则，其用于从参考反应体系的组分和/或由参考反应体系[0016]E)提供经修改的参考反应体系的至少部分和如步骤H)中所述的经修改的测试反[0017]F)由至少一个描述符确定经修改的参考反应体系的至少部分的(一个或多个)描[0018]G)提供至少一项第二规则，其用于从测试反应体系的组分和/或由测试反应体系[0020]I)由如步骤E)中所述的至少一个描述符确定经修改的测试反应体系的至少部分[0021]J)使用描述符所占据的描述符空间中的距离的测量来确定来自步骤F)和I)的至[0023]L)如果在步骤K)中已经决定调整，则通过改变测试反应体系中的组分和/或其相为止计算机辅助设计的目标仅限于纯的和非反应性的单分[0027]用于化学反应的相似度搜索的基于计算机的方法是本领域众所周知的。例如，US2009/024575A1公开了一种用于化学反应的相似度搜索的基于计算机的方法以研究大8参考体系和测试体系的化学反应(包括其速率常数)，与任何具体的反应的反应物或产物实施方案，如步骤A)中所述的参考反应体系的组分和/或如步骤B)中所述的测试反应体系反应体系的组分和/或由参考反应体系的组分形成的物类中形成和/或断裂化学键。此外，其它官能团反应，当共价键的形成或断裂发生时的阈值标准或前述规则中至少两项的组参考反应体系和测试反应体系根据相似的化学[0032]在优选的实施方案中，从动力学实验中推导出和/或测量的相对速率常数可以用作设置步骤C)的至少一项第一规则和/或步骤G)的至少一项第二规则反应规则的输入数体系包括离散组分的组合和关于经修改的参考反应体系的离散组分及其在经修改的参考9[0040]还可能的是，至少一个描述符是热力学描述符少一个描述符确定经修改的参考反应体系的至少部分[0044]如果经修改的参考反应体系包括离散组分的集合和关于经修改的第一反应体系选的是使用每个离散组分的原子分辨率信息来进行步骤F)中的由至少一个描述符确定经[0045]根据本发明方法的步骤G)，提供至少一项第二规则用于从测试反应体系的组分和/或由测试反应体系的组分形成的物类中形经修改的测试反应体系。优选的是至少一项第二规则同样包括运行动力学蒙特卡罗模拟、的经修改的测试反应体系——如经修改的参考反应体系的情况——包括离散组分的集合和关于经修改的测试反应体系的离散组分及其在经修改的测试反应体系中的相对量的信则优选的是使用每个离散组分的原子分辨率信息来进行步骤I)中的由至少一个描述符确[0052]通过根据步骤F)和I)确定的经修改的参考反应体系和经修改的测试反应体系两(步骤J))来自步骤F)和I)的至少一个描述符的值之间的距离和[0053]在一个优选的实施方案中，如步骤J)中所述的距离和/或相异度包括欧几里德离、Mahalanobis距离、Minkowski距离、Rogers_Tanimoto相异度、Russell_Rao相异度、骤L)中通过改变测试反应体系中的组分和/或其相对量来调整测试反应体系，从而得出更[0056]优选地，如步骤L)中所述的测试反应体系的调整通过执行选自以下的算法来进明方法的步骤E)中提供的至少一个描述符再次确定经修改的(更新的)测试反应体系的至[0058]然后使用这样的经修改的(更新的)测试反应体系的一个或多个描述符值再次确定这一/这些值与对步骤F)中经修改的参考反应体系所获得的(一个或多个)值之间的距离定的距离/相异度应该会减小。可以使用更新的测试反应体系执行这样的步骤H)至L)的迭值与所述(一个或多个)描述符值之间的距离和/或[0061]本发明的另一方面涉及一种数据处理设备，其包括用于执行权利要求1至12中任[0070]参考反应体系10(第一反应体系)定义为由以下化合物组成，即配方：环氧乙烷[0071]设置动力学蒙特卡罗模拟(如例如Suderman,Ryan等人，"GeneralizingGillespie’sdirectmethodtoenablenetwork_freesimulations."Bulletin释可以在Todeschini,Roberto和VivianaConsonni.“Handbookofmolecular模拟，并再次在所有反应性基团已经反应后[0075]然后通过使用经修改的参考反应体系40的描述符向量60与试验体系(经修改的测试反应体系90)的描述符向量110之间的平均绝对百分比误差来计算两个经修改的反应体[0076]然后将该距离130移交给贝叶斯优化器(如在Python库中实施的那样)，包括测试反应体系70的实际组成。根据距离130的值，贝叶斯优化器此时决定调整测试反应体系70定调整测试反应体系70，则通过对于下一个优化步骤调[0077]过程70140迭代约100次迭代/循环，直到不再观察到距离130的变化或该变化低于所定义的阈值。通过参考体系/经优化体系(即经修改的参考反应体系和测试反应体系人，"GeneralizingGillespie’sdirectmethodtoenablenetwork_freesimulations."Bulletinofmathematicalbiology81.8(2019):2822_2848.中的动力学值60(步骤50)，如表1所示：所选的描述符35为：O可以在Todeschini,Roberto和VivianaConsonni.“Handbookofmolecular模拟，并再次在所有反应性基团已经反应后[0087]然后