CN119479773A 基于引物解聚合算法的超高灵敏度多重采样的评估与优化方法 （苏州棕榈泉生物科技有限公司）

基于引物解聚合算法的超高灵敏度多重采本发明公开了一种评估候选引物组内的各条引物之间的互补区域引发二聚体产生的可能所述HBJ区域引发二聚体的可能性用数学模型聚体的可能性就越高，对应的引物就越需要优化：本发明的评估与优化方法能够最大限度地减少引物二聚体2引物组内的各条引物之间的互补区域引发二聚体产生的可引物序列内的互补亚区域为HBJ区域，所述HBJ区域引发二聚体的可能性用数学模型(1)的PDST代表某一个HBJ区域在多条引物中引发二聚体形成的可能性；R代表某一个HBJ区D1和D2分别为HBJ区域最靠近5,端的碱基距离候选引D4分别为HBJ区域最靠近3,端的碱基距离候选引物cpi和cpj的3,端最后一个碱基的碱基数，S1：针对X个目标区域，生成全局候选引物池，每一2个～第n个HBJ区域的PDST和1中n个PDST值从大到小排序，取前50再根据其R值的大小，按从大到小排n32不被认可，在LHS1的基础上重复进行PDST值和R值排序和随机替换引物的2被认可的基础上重复S5～S8的PDST值和R值排序和随机替换引物的过程，进所述候选引物的上下游引物扩增区域符合预设的插入片段长所述引物或引物的特异性区域在0.5mol/L盐浓度、72℃环境下，吉布斯自由能处于_所述引物或引物的特异性区域的GC含量在2575％之间；所述引物或者引物的特异性区域在对应参考基因组或者参考序列中进行序列相似度原则为：每处位置的引物池中优先选择GC含量为48处于_13.0～_17.0kcal/mol范围内8.一种扩增多个目标基因组区域的引物设计和评估系统，使配置为存储计算机可读指令的电子存储器，该可读指令可以包括所述可读指令在由一个或多个物理计算机处理器执行时，会导45[0005]围绕二代高通量测序平台和荧光PCR平台的特点，科学家们利用目标区域富集的特异性和可重复性等指标，使得多重PCR难以像杂交捕获探针技术那样很容易的覆盖到数[0006]当前多重PCR技术中去除引物二聚体的方法主要有利用消化酶去除引物二聚体或6[0015]PDST代表某一个HBJ区域在多条引物中引发二聚体形成的可能性；R代表某一个D1和D2分别为HBJ区域最靠近59端的碱基距离候D3和D4分别为HBJ区域最靠近39端的碱基距离候选引物cpi和cpj的39端最后一个碱基的碱7[0022]S3：计算该轮候选引物组中各引物之间的HBJ区域，得到n个HBJ区域，记作LHS1有HDJ序列的D1/D3数据集作为散列函数的值，将含有HDJ互补序列的D2/D4数据集作为散列2个～第n个HBJ区域的1中n个PDST值从大到小排序，取前50再根据其R值的大小，按从大到,Σ′LHS1的基础上重复PDST值和R[0033]S9：在LHS2被认可的基础上重复S5～S8的PDST值和R值排序和随机替换引物的过于-8.0～-23.0kcal/mol范围内；所述引物或引物的特异性区域的GC含量在2575％之8,ΣRn)等；[0050]针对目前设计多重PCR引物组时所存在的易引发二聚体的问题，本发明开创性地敏度多重采样的评估与优化方法能够最大限度地减少引物二聚体[0051]图1显示了实施例2中不同代数g时L(Sg)的计算值，代表了本发明的方法对167重[0053]图3显示了以856条引物的引物组，使用类似抽检D点状态的引物组做湿实验的验者相似序列。[0058]本实施例为一种基于引物解聚合算法的超高灵敏度多重9用于评估候选引物组内的各条引物之间的互补区域引发二聚体产生的可能性并加以优化。[0062]PDST代表某一个HBJ区域在多条引物中引发二聚体形成的可能性；R代表某一个[0069]S3：计算该轮候选引物组中各引物之间的HBJ区域，得到n个HBJ区域，记作LHS1有HDJ序列的D1/D3数据集作为散列函数的值，将含有HDJ互补序列的D2/D4数据集作为散列为散列函数的值，将含有HDJ互补序列的D2/D4数据集作为散列函数的关键，计算出该具体1中n个PDST值从大到小排序，取前50再根据其R值的大小，按从大到[0079]S6：对应引物被随机替换，即从对应的引物池中的对应余下引物中随机选择第2LHS1的基础上重复PDST值和R[0087]S9：在LHS2被认可的基础上重复S5～S8的PDST值和R值排序和随机替换引物的过或引物的特异性区域在0.5mol/L盐浓度、72℃环境下，吉布斯自由能处于-8.0～-选择GC含量为4852％、吉布斯自由能在上述环境中处于_13.0～_17.0k[0092]基于上述的用于候选引物组内的各条引物之间的互补区域引发二聚体产生的可能性的评估与优化方法，进一步开发一种扩增多个目标基因组区域的引物设计和评估系,ΣRn)等；[0102]本实施例利用实施例1的方法来设计和优化167重针对多个基因的多个目标区域3.620.640.813.540.640.692.340.592.40.642.60.362.690.382.910.33置在20℃。有特定变异信息的质粒DNA模板混合成为含有不同比例的样品。在含有0.1％吐温20的1×[0121]6、使用