宏基因组学第二代测序与靶向二代测序在感染性疾病诊断中的临床应用

宏基因组学第二代测序与靶向二代测序在感染性疾病诊断中的临床应用【摘要】宏基因组学第二代测序（ｍＮＧＳ）和靶向二代测序（ｔＮＧＳ）已成为感染性疾病病原学诊断的重要工具。ｍＮＧＳ适合急危重症、免疫抑制、常规检测阴性和疑似新发或罕见感染等复杂场景，可在一次检测中提供较广泛的病原体核酸线索；而ｔＮＧＳ则借助预设靶标进行富集，在检测组套覆盖范围内通常具有较高的分析灵敏性、较短的周转时间和较好的成本效益，适用于临床症候群导向的快速检测、感染部位明确、疑似病原谱相对清楚或需同步筛查常见耐药基因等情形。现从临床决策角度概述ｍＮＧＳ与ｔＮＧＳ的技术特点、适用场景及结果解读等实际问题，旨在指导临床合理选择检测策略，从而及时获取可靠的病原体信息，为精准治疗提供关键依据。【关键词】宏基因组学第二代测序；靶向二代测序；感染性疾病；病原体检测；耐药基因；临床决策感染性疾病仍是导致全球疾病负担和死亡的重要原因之一［１］。早期、快速、准确的病原学诊断可明确感染病因、优化抗感染治疗、减少经验性广谱用药并改善患者预后［２］。培养、涂片、抗原／抗体检测，以及单重或多重ＰＣＲ，仍是临床微生物的诊断基础，但在难培养病原体、抗感染药物使用后采集的样本、混合感染、免疫抑制宿主机会性感染和新发、突发感染中，其检出能力和时效性尚存在局限［３-５］。二代测序技术推动感染诊断模式由单一病原体假设驱动向数据驱动和综合研判拓展［６-７］。其中，宏基因组学第二代测序（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃｎｅｘｔｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ｍＮＧＳ）强调在病原体未知时进行相对无预设的广谱检测［８-９］；靶向二代测序（ｔａｒｇｅｔｅｄｎｅｘｔｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ｔＮＧＳ）则通过多重ＰＣＲ扩增或探针捕获对预设病原体、耐药基因或毒力基因进行富集［１０-１１］。合理选择这两种技术有助于及时、有效地获得相关病原体检测结果，为临床精准治疗提供重要依据［１２-１４］。一、技术特点与诊断性能ｍＮＧＳ流程包括样本采集与前处理、核酸提取、文库构建、测序、生物信息学分析和临床报告解读［８，１２］。其优势是不依赖医师对具体病原体的先验预判，可在一次检测中获得细菌、病毒、真菌、寄生虫及部分耐药基因线索，尤其适用于急危重症、免疫抑制、常规检测阴性和疑似新发或罕见感染患者［８，１５］。ｔＮＧＳ通过特异性引物或探针对预设靶标富集后测序，可分为多重ＰＣＲ扩增型和探针捕获型［１６］。ＰＣＲ扩增流程相对简便、周转时间短、成本较低，适合临床症候群导向的快速检测；探针捕获覆盖范围更广，更适合较大检测组套（ｐａｎｅｌ）、耐药基因和毒力基因分析，但对实验流程和数据解释要求更高［１６-１７］。ｔＮＧＳ的检测能力由组套设计决定，适用于感染部位明确、疑似病原谱相对清楚或需同步筛查常见耐药基因的场景［１３-１４，１７］。二代测序的诊断性能不能脱离感染部位、样本类型、参考标准和检测目的而笼统评价［５，１１，１８］。现有研究提示，ｍＮＧＳ和ｔＮＧＳ在中枢神经系统感染、尿路感染、下呼吸道感染、血流感染、骨关节感染，以及耐药基因检测中具有补充诊断价值，但研究间异质性显著，不能简单概括为同时具有高灵敏性和高特异性［１３，１８-２３］。在脑脊液、血液、关节液和深部组织等相对无菌样本中，二代测序检出结果更易与临床症候群建立因果关联；在尿液、痰液、支气管肺泡灌洗液（ｂｒｏｎｃｈｏａｌｖｅｏｌａｒｌａｖａｇｅｆｌｕｉｄ，ＢＡＬＦ）等非无菌或低菌量样本中，检出率提高的同时也增加了定植、污染和背景菌解释的难度［１９-２３］。临床应用选择路径二代测序检测前应首先回答４个问题：患者是否急危重症或免疫功能低下；感染部位及可获得样本是否明确；疑似病原谱是否可被成熟组套覆盖；检测结果是否可能改变治疗策略［５，２４-２５］。对病情稳定、病原谱明确且已有成熟快速检测路径的患者，应优先完成常规检测和培养［２５２６］。对急危重症、免疫抑制、常规检测阴性和疑似新发或罕见感染患者，可优先选择ｍＮＧＳ［１３-１５］。对临床症候群明确、目标病原体相对有限或需快速筛查已知耐药基因者，可优先选择ｔＮＧＳ［１３，１７］。ｍＮＧＳ与ｔＮＧＳ临床应用的主要选择要点见表１。以社区获得性肺炎为例，若临床高度怀疑肺炎链球菌、流行性感冒病毒或肺炎支原体等常见病原体，可先使用呼吸道ｔＮＧＳ组套检测［１４，１７］；若ｔＮＧＳ结果阴性，但患者病情仍进展、影像学不典型或存在免疫抑制背景，则应进一步采用ｍＮＧＳ扩大病原体搜索范围［２７］。无论选择何种二代测序策略，培养和表型药物敏感试验都不应因二代测序检测而延后，而是应在抗感染药物使用前尽早采样，并与分子检测并行开展［２８］。样本选择直接决定二代测序结果的临床解释价值［５］。原则上应优先采集最能代表感染灶且污染风险最低的样本，并尽量在抗感染药物使用前完成采样。中枢神经系统感染优先采集脑脊液；下呼吸道感染优先采集合格痰液或ＢＡＬＦ；血流感染应与血培养同步采血；骨关节感染宜优先采集深部组织或关节液样本，而非窦道分泌物；泌尿系统感染时，中段尿为首选样本［５，１３］。二代测序的临床价值不应仅以检出率评价，而是更应关注其是否缩短病原体诊断时间、促进抗感染药物降阶梯治疗、减少不必要的广谱抗感染药物，并以住院时间、ＩＣＵ停留时间、费用和预后作为临床效益评价终点［２９-３３］。若检测前未明确预期治疗行为，阳性结果则可能导致过度诊断和治疗［３４］；因此，检测申请本身应纳入诊断管理和抗感染药物管理流程［２４，３５］。综合检测前评估、技术选择、结果解释、验证和临床决策形成的感染性疾病临床选择路径见图１。三、结果解读与技术局限二代测序的报告解读应坚持“阳性结果不等同致病，阴性结果不排除感染”的原则［１３，１５，１７］。阳性结果应考虑样本与病原体的匹配性、微生物学证据和临床证据。样本与病原体是否匹配包括样本是否来自无菌部位、病原体是否符合感染部位和临床症候群。微生物学证据中，病原体检出序列数（ｒｅａｄｓ）是重要但不能孤立使用的半定量指标［１２］。ｍＮＧＳ结果宜结合每百万序列数（ｒｅａｄｓｐｅｒｍｉｌｌｉｏｎ，ＲＰＭ）、相对丰度、基因组覆盖度和覆盖均一性，并与同批阴性对照、实验室背景数据库及样本类型特异性阈值比较［３６-３７］；扩增型ｔＮＧＳ还受引物效率和多靶标竞争影响，序列数应与有效扩增子数、靶区覆盖率及经验证的组套阈值共同判读［３８］。即使病原体检出序列数较少，若其来自无菌部位、序列数分布于多个非重叠基因组区域且与临床症候群一致，仍可能具有诊断意义；相反，在非无菌样本中，即使病原体检出序列数较多，也可能仅反映定植、污染或死菌核酸残留［１５，３９］。同一患者仅在样本类型、前处理、测序方案和分析流程一致时，序列数或标准化指标的动态变化才具有一定纵向参考价值。因此，不同平台、样本类型、组套和病原体之间的序列数不宜简单横向比较，而且目前也不存在通用的阳性阈值［１３-１４，４０］。临床证据包括炎症指标、影像学检查、组织病理、培养、抗原／抗体、ＰＣＲ及治疗反应［４１］。高度可信结果可进入靶向治疗或降阶梯讨论；可能病原体可在治疗同时进行验证；意义不明或疑似污染结果不应单独触发抗感染升级［２８，４２］。阴性结果的意义同样受病原体类型、样本质量和检测限制约［５，１２］。病毒检测易受感染时相、病毒载量、核酸类型、保存条件和ＲＮＡ降解影响［１２，４３］；细菌检测受抗菌药物的使用、局灶性感染、采样质量、宿主核酸背景和测序深度影响［４４］；真菌和分枝杆菌因细胞壁较厚，更易受破壁和核酸提取效率限制［４５-４６］。ｔＮＧＳ阴性只能说明在相应组套覆盖范围和检测限内未检出目标靶标，不能排除组套外病原体或低载量感染［１３-１４，１７］；ｍＮＧＳ阴性也不能替代临床判断。若临床仍高度怀疑感染，应考虑重复采样、更换更具代表性的样本或联合组织病理、培养及特异性检测进一步验证［１５］。实验室应设置阴性和阳性对照、监测试剂和环境污染、记录样本量与保存运输条件，并建立样本类型特异性背景数据库［１２-１３］。结果报告则应说明样本类型、核酸类型、检测范围、主要检出微生物及半定量信息、耐药基因覆盖范围及结果解释限制［１２-１３］。二代测序结果解读可由感染科、临床微生物实验室、药学部和患者主管团队共同完成，以降低过度诊断和治疗的风险［４７］。二代测序结果的分层判断及相应临床处理要点见表２。四、耐药基因检测结果解读ｍＮＧＳ和ｔＮＧＳ均可提供耐药基因信息，但测序获得的是基因型证据，不能直接等同于表型药物敏感试验［４８］。在非无菌样本或混合感染中，耐药基因可能来自定植菌、污染菌或非优势菌，存在基因归属困难［１４-１５］。基因型与表型不一致可表现为两种情况：检出耐药基因但表型敏感，可能与基因未表达、表达量不足、功能失活、死菌核酸残留或基因来源于非致病菌有关；未检出耐药基因但表型耐药，可能与检测组套未覆盖、新型突变、数据库注释不足、外排泵上调、膜孔蛋白缺失、多基因协同，以及生物膜形成等有关［４８-４９］。耐药基因结果能否用于指导药物选择，取决于该基因能否可靠归属于致病菌，以及基因型表型关联证据的成熟度［４９］。部分耐药决定因子与相应耐药表型之间的关联证据相对充分，如金黄色葡萄球菌的甲氧西林耐药基因Ａ（ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅＡ，ｍｅｃＡ）和甲氧西林耐药基因Ｃ（ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅＣ，ｍｅｃＣ）、肠球菌的万古霉素耐药基因Ａ（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅＡ，ｖａｎＡ）和万古霉素耐药基因Ｂ（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅＢ，ｖａｎＢ）、常见碳青霉烯酶基因，以及结核分枝杆菌耐药相关关键突变［１４，４８］；外排泵上调、膜孔蛋白缺失、多基因耐药背景和低丰度耐药基因检出等，通常只能作为风险提示［４９］。对直接影响治疗选择的分子结果，应尽量通过培养分离株、表型药物敏感试验、特异性ＰＣＲ或表型酶试验验证［４８］。在临床应用上，高度可信且与病情一致的结果可支持靶向治疗、降阶梯治疗或感染控制措施［２７，３５］；证据不足的结果应优先复核样本和污染可能，避免因检出耐药基因而机械地升级至更广谱的抗感染治疗［２８，３０，５０］。此外，ｍＮＧＳ及部分ｔＮＧＳ组套可检出毒素、黏附、侵袭等毒力基因，为病原体分型和风险研判提供补充线索［５１-５２］。其检出仅属基因型证据，不能直接代表基因表达、毒素产生或疾病严重程度；在混合感染或非无菌样本中，应确认其与主要病原体的归属，并结合覆盖完整性和临床表型解释。对可能影响隔离或公共卫生处置的结果，如艰难拟梭菌毒素Ａ编码基因（ｔｏｘｉｎＡｅｎｃｏｄｉｎｇｇｅｎｅ，ｔｃｄＡ）和毒素Ｂ编码基因（ｔｏｘｉｎＢｅｎｃｏｄｉｎｇｇｅｎｅ，ｔｃｄＢ），以及白喉棒状杆菌白喉毒素结构基因（ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｔｏｘｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｇｅｎｅ，ｔｏｘ），需采用特异性ＰＣＲ、分离株测序或毒素／功能试验验证［５３-５４］。五、小结与展望ｍＮＧＳ与ｔＮＧＳ并非相互替代，而是面向不同临床问题的互补工具。ｍＮＧＳ更适合急危重症、免疫抑制、常规检测阴性和新发或罕见感染等复杂场景；ｔＮＧＳ更适合临床症候群明确、目标病原体相对有限，以及需要快速确认已知耐药基因的场景。常规检测、培养和表型药物敏感试验仍是感染诊断、耐药验证和治疗决策闭环的重要基础，二代测序应作为诊断体系的重要工具，而非孤立的替代技术。未来研究和临床转化应从提高检出率进一步转向提高可解释性和真实临床获益。一方面，需要进一步完善样本前处理、污染控制、报告阈值和阳性判读流程，建立样本类型特异性背景数据库和耐药基因证据分级体系；另一方面，应通过前瞻性、多中心研究评估二代测序对抗感染药物降阶梯治疗、住院费用、ＩＣＵ停留时间和患者预后的真实影响。随着快速测序、长读长测序、动态ｔＮＧＳ组套设计和人工智能辅助判读的发展，ｍＮＧＳ与ｔＮＧＳ的核心价值将从发现更多病原体转向提供可解释、可验证、可转化的临床决策诊断证据。参考文献[1]IHMEPathogenCoreGroup.Globalburdenassociatedwith85pathogensin2019:asystematicanalysisfortheGlobalBurdenofDiseaseStudy2019[J].LancetInfectDis,2024，24(8)：868-895.DOI:10.1016/S1473-3099(24)00158-0.[2]TrevasD,CaliendoAM,HansonK,etal.Diagnostictestscanstemthethreatofantimicrobialresistance:infectiousdiseaseprofessionalscanhelp[J].ClinInfectDis,2021，72(11)：e893-e900.DOI:10.1093/cid/ciaa1527[3]AlsharksiAN,SirekbasanS,Gürkök-TanT,etal.Fromtraditiontoinnovation:diversemoleculartechniquesinthefightagainstinfectiousdiseases[J].Diagnostics(Basel),2024，14(24):2876.DOI:10.3390/diagnostics14242876.[4]LiuH,ZhangY,YangJ,etal.ApplicationofmNGSintheetiologicalanalysisoflowerrespiratorytractinfectionsandthepredictionofdrugresistance[J].MicrobiolSpectr,2022，10(1)：e0250221.DOI:10.1128/spectrum.02502-21.[5]MillerJM,BinnickerMJ,CampbellS,etal.Guidetoutilizationofthemicrobiologylaboratoryfordiagnosisofinfectiousdiseases:2024updatebytheInfectiousDiseasesSocietyofAmerica(IDSA)andtheAmericanSocietyforMicrobiology(ASM)[J].ClinInfectDis,2024：ciae104.DOI:10.1093/cid/ciae104.[6]DulantoChiangA,DekkerJP.Fromthepipelinetothebedside:advancesandchallengesinclinicalmetagenomics[J].JInfectDis,2020，221(Suppl3)：S331-S340.DOI:10.1093/infdis/jiz151.[7]MaljkovicBerryI,MelendrezMC,Bishop-LillyKA,etal.Nextgenerationsequencingandbioinformaticsmethodologiesforinfectiousdiseaseresearchandpublichealth:approaches,applications,andconsiderationsfordevelopmentoflaboratorycapacity[J].JInfectDis,2020，221(Suppl3)：S292-S307.DOI:10.1093/infdis/jiz286.[8]LiN,CaiQ,MiaoQ,etal.High-throughputmetagenomicsforidentificationofpathogensintheclinicalsettings[J].SmallMethods,2021,5(1)：2000792.DOI:10.1002/smtd.202000792.[9]FangT,YuanF,ChenY,etal.Emergingroleofmetagenomicnext-generationsequencingininfectiousdiseasediagnostics:clinicalintegrationandfuturedirections[J].mLife,2026，5(2)：148-163.DOI:10.1002/mlf2.70078.[10]HuangC,HuangY,WangZ,etal.MultiplexPCR-basednextgenerationsequencingasanovel,targetedandaccuratemolecularapproachforperiprostheticjointinfectiondiagnosis[J].FrontMicrobiol,2023，14：1181348.DOI:10.3389/fmicb.2023.1181348.[11]ChenQ,YiJ,LiuY,etal.Clinicaldiagnosticvalueoftargetednext-generationsequencingforinfectiousdiseases(review)[J].MolMedRep,2024，30(3)：153.DOI:10.3892/mmr.2024.13277.[12]中国医学装备协会基因检测分会，医疗辅助技术(医学检验)国家临床医学研究中心，中华医学会检验医学分会临床微生物学组.宏基因组高通量测序技术临床实验室规范化应用指南(2026版)[J]．中华医学杂志，2026，106(14)：1304-1317.DOI:10.3760/112137-20251223-03401.[13]中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会.靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识[J]．中华医学杂志，2024，104(48)：4375-4383.DOI:10.3760/112137-20240927-02208.[14]中国医学装备协会检验医学分会.靶向二代测序在感染性疾病诊疗中的规范化应用专家共识2025[J]．中华检验医学杂志，2025，48(4)：469-477.DOI:10.3760/114452-20240817-00462.[15]中华医学会检验医学分会临床微生物学组，中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组，中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会.宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识[J]．中华检验医学杂志，2021，44(2)：107-120.DOI:10.3760/114452-20201026-00794.[16]YinY,ZhuP,GuoY,etal.Enhancinglowerrespiratorytractinfectiondiagnosis:implementationandclinicalassessmentofmultiplexPCR-basedandhybridcapture-basedtargetednext-generationsequencing[J].EBioMedicine,2024，107：105307.DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105307.[17]国家感染性疾病临床医学研究中心，深圳市医学会感染病专业委员会，深圳市医疗感染性疾病临床质量控制中心.靶向高通量测序技术应用于感染性疾病专家共识[J]．中华临床感染病杂志，2024，17(6)：401-412.DOI:10.3760/cma.j.issn.1674-2397.2024.06.001.[18]LiuJ,ZhangQ,DongYQ,etal.Diagnosticaccuracyofmetagenomicnext-generationsequencingindiagnosinginfectiousdiseases:ameta-analysis[J].SciRep,2022，12(1)：21032.DOI:10.1038/s41598-022-25314-y.[19]ChenW,LiuG,CuiL,etal.Evaluationofmetagenomicandpathogen-targetednext-generationsequencingfordiagnosisofmeningitisandencephalitisinadults:amulticenterprospectiveobservationalcohortstudyinChina[J].JInfect,2024，88(5)：106143.DOI:10.1016/j.jinf.2024.106143.[20]HeS,LiuH,HuX,etal.Exploringtheclinicalanddiagnosticvalueofmetagenomicnext-generationsequencingforurinarytractinfection:asystematicreviewandmeta-analysis[J].BMCInfectDis,2024,24(1)：1000.DOI:10.1186/s12879-024-09914-9.[21]ChenS,KangY,LiD,etal.Diagnosticperformanceofmetagenomicnext-generationsequencingforthedetectionofpathogensinbronchoalveolarlavagefluidinpatientswithpulmonaryinfections:systematicreviewandmeta-analysis[J].IntJInfectDis,2022，122：867-873.DOI:10.1016/j.ijid.2022.07.054.[22]WeiM,MaoS,LiS,etal.Comparingthediagnosticvalueoftargetedwithmetagenomicnext-generationsequencinginimmunocompromisedpatientswithlowerrespiratorytractinfection[J].AnnClinMicrobiolAntimicrob,2024，23(1)：88.DOI:10.1186/s12941-024-00749-5.[23]YiL,TanL,LongQ,etal.Comparativediagnosticperformanceofmetagenomicandtwotargetedsequencingmethodsinlowerrespiratoryinfection[J].SciRep,2025，15(1)：27365.DOI:10.1038/s41598-025-11834-w.[24]FabreV,DavisA,DiekemaDJ,etal.Principlesofdiagnosticstewardship:apracticalguidefromtheSocietyforHealthcareEpidemiologyofAmericaDiagnosticStewardshipTaskForce[J].InfectControlHospEpidemiol,2023,44(2)：178-185.DOI:10.1017/ice.2023.5.[25]RongR,LongY,LiY,etal.Metagenomicandtargetednext-generationsequencingininfectiousdiseasediagnostics:currentapplications,challenges,andfutureperspectives[J].Diagnostics(Basel),2026，16(7)：991.DOI:10.3390/diagnostics16070991.[26]MetlayJP,WatererGW,LongAC,etal.Diagnosisandtreatmentofadultswithcommunity-acquiredpneumonia.AnofficialclinicalpracticeguidelineoftheAmericanThoracicSocietyandInfectiousDiseasesSocietyofAmerica[J].AmJRespirCritCareMed,2019,200(7)：e45-e67.DOI:10.1164/rccm.201908-1581ST.[27]中华医学会呼吸病学分会.下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识[J]．中华结核和呼吸杂志，2023，46(4)：322-335.DOI:10.3760/112147-20220701-00553.[28]MillerS,ChiuC,RodinoKG,etal.Point-counterpoint:shouldwebeperformingmetagenomicnext-generationsequencingforinfectiousdiseasediagnosisintheclinicallaboratory？[J].JClinMicrobiol,2020，58(3)：e01739-19.DOI:10.1128/JCM.01739-19.[29]BayP,CappyP,RodriguezC,etal.Real-lifeimpactofclinicalmetagenomicsintheintensivecareunit:amulticenterretrospectivestudyingreaterParisareahospitals[J].CritCare,2026,30(1)：18.DOI:10.1186/s13054-025-05764-2.[30]WuX,SunT,HeH,etal.Effectofmetagenomicnext-generationsequencingonclinicaloutcomesofpatientswithseverecommunity-acquiredpneumoniaintheICU:amulticenter,randomizedcontrolledtrial[J].Chest,2025，167(2)：362-373.DOI:10.1016/j.chest.2024.07.144.[31]LvM,ZhuC,ZhuC,etal.Clinicalvaluesofmetagenomicnext-generationsequencinginpatientswithseverepneumonia:asystematicreviewandmeta-analysis[J].FrontCellInfectMicrobiol,2023，13：1106859.DOI:10.3389/fcimb.2023.1106859.[32]DellitTH,OwensRC,McGowanJE,etal.InfectiousDiseasesSocietyofAmericaandtheSocietyforHealthcareEpidemiologyofAmericaguidelinesfordevelopinganinstitutionalprogramtoenhanceantimicrobialstewardship[J].ClinInfectDis,2007，44(2)：159-177.DOI:10.1086/510393.[33]YinG,YinY,GuoY,etal.Clinicalimpactofplasmametagenomicnext-generationsequencingoninfectiondiagnosisandantimicrobialtherapyinimmunocompromisedpatients[J].JInfectDis,2025,231(2)：344-354.DOI:10.1093/infdis/jiae343.[34]JohnsonT,JamrozikE,RamachandranP,etal.Clinicalmetagenomics:ethicalissues[J].JMedMicrobiol,2025，74(2)：001967.DOI:10.1099/jmm.0.001967.[35]BarlamTF,CosgroveSE,AbboLM,etal.Implementinganantibioticstewardshipprogram:guidelinesbytheInfectiousDiseasesSocietyofAmericaandtheSocietyforHealthcareEpidemiologyofAmerica[J].ClinInfectDis,2016，62(10)：e51-e77.DOI:10.1093/cid/ciw118.[36]ChiuCY,MillerSA.Clinicalmetagenomics[J].NatRevGenet,2019,20(6)：341-355.DOI:10.1038/s41576-019-0113-7.[37]GuW,MillerS,ChiuCY.Clinicalmetagenomicnext-generationsequencingforpathogendetection[J].AnnuRevPathol,2019，14：319-338.DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012751.[38]ConradTA,LoCC,KoehlerJW,etal.DiagnostictargETEdseQuencingadjudicaTion(DETEQT):algorithmsforadjudicatingtargetedinfectiousdiseasenext-generationsequencingpanels[J].JMolDiagn,2019，21(1)：99-110.DOI:10.1016/j.jmoldx.2018.08.008.[39]中国药师协会，中华医学会细菌感染与耐药防治分会，国家卫生健康委临床抗微生物药物敏感性折点研究和标准制定专家委员会.病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范专家共识[J]．中华预防医学杂志，2024，58(4)：454-465.DOI:10.3760/112150-20230720-00019.[40]吴文娟，田文杰，苟雪静.病原体宏基因组测序临床报告阈值的再讨论[J]．诊断学理论与实践，2025，24(6)：576-582.DOI:10.16150/j.1671-2870.2025.06.002.[41]WangJ,YeJ,YangL,etal.Inconsistencyanalysisbetweenmetagenomicnext-generationsequencingresultsofcerebrospinalfluidandclinicaldiagnosiswithsuspectedcentralnervoussysteminfection[J].BMCInfectDis,2022，22(1)：764.DOI:10.1186/s12879-022-07729-0.[42]BenamuE,GajurelK,AndersonJN,etal.Plasmamicrobialcell-freeDNAnext-generationsequencinginthediagnosisandmanagementoffebrileneutropenia[J].ClinInfectDis,2022，74(9)：1659-1668.DOI:10.1093/cid/ciab324.[43]BuddleS,ForrestL,AkinsuyiN,etal.Evaluatingmetagenomicsandtargetedapproachesfordiagnosisandsurveillanceofviruses[J].GenomeMed,2024，16(1)：111.DOI:10.1186/s13073-024-01380-x.[44]LaiLM,DaiQB,CaoML,etal.Clinicalutilityofmetagenomicnext-generationsequencinginpathogendetectionforlowerrespiratorytractinfections[J].SciRep,2025，15(1)：19039.DOI:10.1038/s41598-025-03564-w.[45]GastonDC,MillerHB,FisselJA,etal.Evaluationofmetagenomicandtargetednext-generationsequencingworkflowsfordetectionofrespiratorypathogensfrombronchoalveolarlavagefluidspecimens[J].JClinMicrobiol,2022，60(7)：e00526-22.DOI:10.1128/jcm.00526-22.[46]BousoJM,PlanetPJ.CompletenontuberculousmycobacteriawholegenomesusinganoptimizedDNAextractionprotocolforlong-readsequencing[J].BMCGenomics,2019，20(1)：793.DOI:10.1186/s12864-019-6134-y.[47]Valencia-SheltonF,AndersonN,PalavecinoEL,etal.Approachestodevelopingandimplementingamoleculardiagnosticsstewardshipp