MEGA使用说明书

1、巨型软件构建系统开发树摘要：以candida albicans下10种18s RNA为例，构建了描述如何使用MEGA软件的系统发育树。1背景简介1.1兆(分子进化遗传分析)MEGA的全名为molokular evolutionary genetics analysis。mega is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment，inferring phylogenetic trees，mining web-based databases，MegaMEGA还可以通过网络(NCBI)执行序列匹配和数据检索。最新版本：

2、mega 5.1 beta版(软件开发人员建议结果不用于文章发布)建议的下载版本：mega 5.05 for windows and MAC OS。mega 5 has been tested on the following Microsoft windows operating systems :Windows 95/98、nt、2000、XP、vista、version 7、Linux和MAC OS 1.MEGA 5.05可以免费下载。只需输入名称和有效邮箱，下载链接将发送到邮箱，单击以下载。1.2定义系统开发树系统发育树(英语：Phylogenetic tree)也称为进化树，是表示被

3、认为有共同祖先的物种间进化关系的树。是一种亲缘分分类方法(cladogram)。树中的每个节点代表每个分支最近的共同祖先，节点之间的段长度对应于进化距离，例如估计的进化时间1.3系统发育树分类根据乳根和无根区分：树可以分为乳根和无根。有根树的是有方向的树，根据系统发生的树推断，它包含了物种起源的独特节点，可以作为树内所有物种最近的共同祖先。决定根的最常见方法是使用一个或多个没有争议的同类作为外部群体，这个外部群体距离提供足够的信息，但不太接近于与树木种类混合。除去有根的树，就变成没有根的树。没有根的树无法解析根，假设没有其他信息(外部组)，或者最大的分支是根。没有根的树没有方向，其中段的两个进

4、化方向都是可能的。基于单个同源基因差异创建的系统发生数应该称为基因树。因为这棵树仅仅代表了个体基因的进化历史。不是那种物种的进化历史。种树一般最好是从多种基因数据的分析中获得。例如，在一项关于植物进化的研究中，100个不同的基因被用来制造物种的树。进化不是在对象级别发生的，而是在生物对象级别发生的，因为表面上不需要更多的数据，但实际上仍然需要。基因树和种树的区别很重要，只要用等位基因数种数，很多人和大猩猩就会在一起，而不是和别人分享。1.4部署方法要配置“演化树”(phyligenetic tree):构成进化树的算法主要分为两类：离散元法和距离依赖法。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形式是由序

5、列的每个状态决定的，而距离依赖法是指进化树的拓扑形状是由两个序列的进化距离决定的。表示进化距离的进化树枝的长度。独立元素方法包括“最大简单方法”(Maximum Parsimony methods)和“最大可能性方法”(maximum likeihrood methods)。距离相关方法包括“除权法”(UPGMAM)和“相邻连接法”(Neighbor-joining)。2蛋白质序列分析使用方法打开2.1网站http:/www . NCBI . NLM . NIH . gov/protenin/，在protein后面的框中输入细菌名称，按Search键，然后单击以输入搜索结果2.2选择搜索结果s

6、end to下拉箭头选项、Analysis Tool和BLAST，然后单击Submit进行搜索2.3转到blast页面，然后单击页面底部的BLAST按钮执行BLAST，如下图所示。从2.4结果中选择10个蛋白质序列，将其复制并粘贴到TXT文档中，然后将TXT文档后缀重命名为FASTA2.5被保存，并以带有Fasta后缀的序列打开，如下图所示在2.6菜单栏上，单击“Alignment”选项，然后选择“Align by ClustalW”选项。2.7弹出下图对话框，选择OK键处理数据经过一段时间的数据处理后，数据处理完成，如下图所示。从2.8菜单栏的Data选项中选择Save Session选项进行保存。在Export Alignment中，选择MEGA Format和FASTA format进行保存。从2.9菜单栏上的Analysis选项中，选择Phylogeny的construct/test maximum likeihed tree选项以执行数据处理。按表格填充数据，然后单击Compute键数据根据下表处理：最大进化树是：单击2.10菜单栏下一行中的Distance选项，然后从下拉菜单中选择第