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文档简介
1、面向计算生物学的Python教程,马红武 中科院天津工生所,概览,Python基础知识 Python实例:文件处理和信息提取 Python实例:网络信息提取 Biopython: 从数据库获得信息 Biopython:序列处理及相似性分析 NetworkX: 生物网络分析 NumPython +n),输入文件 tab delimited ACALDtacalde acaldc-100010000 ACKrc : ac + atp actp + adp-100010000 ACONTac : cit acon-C + h2o-100010000 ACONTbc : acon-C + h2o ic
2、it-100010000 ACt2race + he acc + hc-100010000 ADK1c : amp + atp (2) adp-100010000,s = csv.reader(open(myfolder+krea.txt), delimiter=t) ls= ls.extend(s) #内容付给一list,亦可用csv工具包,网页信息提取,import urllib f = urllib.urlopen(http:/www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?rn:r00001) data=f.read() data=f.readlines() #同本地文件处理,Html格式文件有专门的parser可以处
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