英文医学数据库检索下.ppt

1、英文医学数据库检索(下）,中南大学 刘雁书 ,2,教 学 内 容一、重要外文检索系统及其获取二、Pubmed文献检索系统三、EMBase四、Scifinder Scholar五、Biosis Previews六、中南大学馆订电子期刊导航七、如何查到满意文献,三、EMBASE,（一）概述 （二）检索功能,4,（一）EMBase概述,荷兰Elsevier Science 出版社建立的生物医学与药学方面的文摘型数据库，收录来自70个国家的4,550多种期刊，其中欧洲期刊占54%。,5,1. EMBase沿革,印刷型检索工具：Excerpta Medica（EM），按分册出版，最早1947年 数据库

2、全部内容：EMBase 部分内容：专题数据库（Drugs & Pharmacology 、Evidence Based Medicine ）,6,2. EMTREE,EMTREE：EMBASE支持主题词检索，拥有一套自有词表体系：EMTREE,7,EMTREE：EMBase词表,主题词：descriptor, preferred term 检索：5个叙词字段（DEM与DER 、DRM与DRR 、SU）,8,主题词特点,自然语序: acute lymphocytic leukemia 单数形式:stomach tumor 美式拼法 :fetus(不用 foetus) 多用全称：nuclear m

3、agnetic resonance 希腊字母用罗马字拼读: alpha(不用）,9,副主题词（link term）,疾病（14个） 药物（17个） 投药方式（47个）,10,EMTREE疾病连接词（P95）,Disease Link Terms ComplicationCongenital disorderDiagnosisDisease ManagementDrug resistance (began 1996)Drug therapyEtiology,14个疾病关联词 Epidemiology PreventionRadiotherapyRehabilitationSide effectS

4、urgeryTherapy,11,EMTREE药物连接词,Drug Link Terms 17个药物连接词 Adverse drug reaction Clinical trialDrug administrationDrug analysisDrug combinationDrug comparisonDrug concentrationDrug developmentDrug doseDrug interaction Drug therapy,Drug toxicityEndogenous compoundPharmaceuticsPharmacoeconomicsPharmacokine

5、ticsPharmacology 47个给药途径连接词 Oral drug administrationEpidural drug administrationInhalational drug administration ,12,（一）EMBASE概述,MEDLINE 1,800 种特有期刊,EMBASE 5,400 种期刊，其中包括1,800 种特有期刊,3. 同时检索EMBASE和 MEDLINE，并自动去重,13,4. 部分文献提供全文链接,ScienceDirect from Elsevier Science () IDEAL from Academic Press () LINK

6、 from Springer-Verlag (www.link.springer.de) Thieme () Cell Press () Catchword (),14,5. 有可供再检索的主题词、著者链接及相关文献链接,检索相关文献,作者、主题词链接,15,6. E-mail Alerts服务,16,（二）EMBASE检索功能,17,1. 快速检索(quick search) 2. 高级检索(advanced search) 3. 药物检索(drug search) 4. 疾病检索(disease search) 5. 文章检索(article search) 6. 词表检索 (EMTREE

7、 Tools) 7. 期刊检索(Journals) 8. 作者检索 (Authors),18,EMBASE Quick Search界面,19,Advanced Search：限制条件并进行组配检索,20,Drug Search：从药物入手进行检索,21,Disease Search：从疾病入手进行检索,22,Journals：浏览期刊检索,23,Article Search：指定获取某篇文献,24,EMBASE检索结果界面,25,“Preview Abstract”格式,26,“Preview Index Terms”格式,27,“View Full Text”格式,28,利用Scirus查

8、找网络信息,四、Scifinder Scholar,（一）简介 （二）检索功能,30,出版商： Chemical Abstract Service 化学文摘服务社 发展沿革： 印刷版：Chemical Abstract, CA 光盘数据库：CA on CD 网络数据库：SciFinder 联机数据库：STN、DIALOG,(一)Scifinder Scholar简介,31,SciFinder Scholar数据库背景,SciFinder Scholar 2007,1907年,1977年,1997年,2002年,32,SciFinder Scholar包含的六大数据库,最全,33,两个主要数据库

9、,- 3300多万物质和5900多万序列 通过名称、分子式、结构式检索物质或者用 BLAST检索序列 通过实验或者计算得到的物质性质数据 CAS RN 每日新增4000多个物质或序列,- 摘自9500多种期刊、50多个专利组织以及其他学术题录信息（2800多万条信息） 通过作者/公司/全文/期刊/专利号/文件类型和出版年检索 CAS RN 每日新增3000篇期刊和专利 2天内收录9大专利局公开的专利,CAS Registry,CAplus,最全的 物质数据库,时效性最高 文摘数据库,34,四个独特数据库,世界900家厂商1000类目录 1700多万种化学品商业来源物质 CAS RN,1400多

10、万条单步或多步反应（尤其专利中的反应） 结构和亚结构检索 CAS RN 每周新增6001300新反应,24万多备案或管控物质 CAS RN 每周新增约50种物质,70多个国家4780多种医学类期刊1600多万条文摘记录 美国国家医学图书馆出品 每周更新4次,Chemlist,CASReact,Medline,ChemCats,时效性高 实用性强,35,SciFinder Scholar：学科范围,生物化学、遗传学、免疫学、药理学、毒理学、发酵 有机化学 材料化学（高分子）聚合物、塑料、纺织、橡胶粘合剂等 应用化学和化学工程加工、工业化学、金属/合金、陶瓷、环境科学等 物理化学、无机化学和分析化

11、学,（二）Scifinder Scholar检索功能,37,Scifinder检索主界面,开始新任务,参数设定,检索历史,检索分类,38,Scifinder Scholar主检索界面,Explore:适于检索不确定信息,Locate:适于检索确定信息,Browser:浏览核心期刊的内容,39,(二)Scifinder Scholar检索功能,1. Explore检索功能介绍 Literature：获取文献 Research Topic Author name Company Name/organization Substances：获取化学物质相关信息 Chemical Structure M

12、olecular Formula Reactions 获取化学反应相关信息,40,Explore-不确定信息的检索,文献检索,物质检索,反应检索,41,提出问题 中国在纳米材料的应用方面的研究报道,SciFinder Scholar查询举例-主题检索,存在问题 中国有那些机构在研究? 常见的应用领域在哪里?在这方面发表的专利有那些? ,42,Explore主题检索,“Closely associated with one another”表示在同一个句子当中出现,43,SciFinder能自动识别同义词、近义词、缩写、单复数，并有截词，断词等功能,获取文摘,链接全文,44,SFS2007新功能

13、 系统分类,对于大量的文献结果,SFS提供强大的二次检索和分析功能,45,来源期刊： 发现相关的学术期刊,学科领域： 了解在不同学科的分布情况,出版年： 了解该领域的研究历史和发展,文献语种 ： 了解有关文献的语种分布情况,文献类型 ： 了解文献的种类,作者： 发现某一领域中发文章最多的研究者,机构 发现某一领域研究最多的研究机构,CAS No： 了解文献出现的物质及应用,索引词： 帮助分析该领域中文献的内容,辅助索引词： 帮助分析该领域中文献的内容,数据库 分析是来自CAPLUS还是MEDLINE,排序： 可以选择按照字母顺序也可以按照出现频率顺序,一共11种分析手段,46,一共7种限定手段

14、,主题： 对初次结果用其它的主题再作2次检索,机构： 直接获得自己关心的机构的参考,作者： 直接获得自己关心的作者的参考,出版年： 直接获得自己关心的年份的参考,文献类型： 直接获得关心的文献类型,文献语种： 直接获得关心的语种的参考,来自数据库： 可以限定文献的出处,47,用China再次限定主题,得到来自中国的纳米材料应用方面的研究报道1283篇,48,用组织机构名分析中国哪些研究机构在研究这个主题,中国从事这个主题研究 的机构很多,49,Categorize功能帮您提供系统分类方法,SciFinder Scholar 2007 新功能之一: 系统分类,系统分类帮助你 寻找新的科研方向,5

15、0,分析来自中国的报道中有多少是专利,根据需要查看,51,Explore-物质结构检索,52,结构检索的界面,铅笔,元素周期表,可变基团,重复基团工具,结构模版,橡皮,正电子,选择工具,原子锁定工具,碳链工具,常用基团,R基团定义工具,可变位置连接工具,多元环工具,旋转工具,负电子,环锁定工具,索套选择工具,53,(1)精确结构检索,54,得到物质的盐,同位素,配合物,聚合物或者其他的混合物形式,55,(2)亚结构检索,56,得到物质的修饰信息,33246种修饰信息,57,我们做科研 往往是希望得到我们不知道的信息 那么对于这33246种物质，我们如何去分析来获得我们需要的信息呢？,强大的物质

16、结构后处理功能,58,59,6大分析功能,真实原子附属性： 帮助分析某一特定原子上的修饰,可变基团分析： 帮助分析结构定义中的定义的某一类基团,R基团分析： 帮助分析结构定义中的R基团,精确结构： 帮助分析结构中存在的互变异构或者兼性离子,环骨架分析： 帮助分析结构中存在所有环骨架,构象分析： 帮助分析结构中存在构象问题,物质结构的分析方法,60,7大限定功能,结构再次限定： 帮助对结构再次限定,同位素限定： 帮助获得结构中含有同位素的物质,金属包含限定： 帮助获得结构中含有金属的物质,商业化限定： 帮助获得可购买的物质,性质限定： 通过物质的理化性质对物质进行限定,提供性质限定： 对可提供的

17、物性数据分析,提供参考分析： 帮助获得至少含有1篇参考的物质,对于上面的3万多种物质，如果我只想获得具有红外光谱数据的物质，那么，我应该选择什么呢？,物质结构的二次检索方法,61,或得具有红外光谱信息的物质,62,(3)相似结构检索,63,得到相似结构信息,64,相似结构,需要查询什么样的结构,聚合物，混合物,修饰结构,设计的结构,SciFinder Scholar结构检索小结,精确结构检索,亚结构检索,相似结构检索,65,Explore-反应检索,66,反应检索工具条,反应位置标记工具,反应箭头,反应官能团列表,反应原子标记工具,反应角色工具,67,(1)精确结构反应检索,68,69,分析及

18、二次检索功能,70,产率： 了解产物的产率,作者： 了解在不同学科的分布情况,语种： 了解有关文献的语种分布情况,期刊名称 ： 可以帮助发现相关期刊,文献类型 ： 了解文献的种类,催化剂： 了解反应中出现的催化剂,机构 发现某一领域研究最多的研究机构,溶剂： 了解反应中可能出现的溶剂,反应步数： 了解反应步数的情况,发表年限： 了解该领域的研究历史和发展,排序： 可以选择按照字母顺序也可以按照出现频率顺序,一共10种分析手段,71,一共4种限定手段,结构限定： 可以进一步限定反应物，产物，催化剂等,产率限定： 可以对反应的产率事先进行限定,反应步数限定： 可以对反应的步数事先进行限定,反应类型

19、限定： 可以限定反应的类型是什么,72,反应步数分析,溶剂分析,73,SciFinder 反应检索小结,多用Analyze/Refine，来获得催化剂，溶剂，产率等信息 如果反应只涉及基团之间的变化，用官能团反应可以获得更多的参考信息 当无法找到具体反应，或者检索结果并不满意，尝试用亚结构反应查询，可以获得更多的参考信息 更多关于物质和反应检索培训请查看 资料下载中心,74,SciFinder Scholar检索Tips,Explore by Research Topic Explore by Document Identifier Explore by Substance Identifie

20、r Explore by Molecular Formula,75,Explore by Research Topic -Tips,一般最佳在23个Concepts（关键词），最多不超过5个 最好使用介词而不用Boolean运算符，如AND 、OR、NOT；介词能被识别； 识别常用缩写、单复数、过去式等； 支持同义词，近义词检索； 不能用！或*（删减字符或通配符） 可用括号，括号内为前词的同义词；,76,Explore by Document Identifier-Tips,77,Explore by Substance Identifier-Tips,最多输入25条； Read File必须

21、是 .txt文件； 每个条目输入200字符； 可以有空格，不区分大小写； 如果检索结果不理想，也可在主题检索中再检； 支持俗名，商品名检索,78,Explore by Molecular Formula-Tips,区分大小写； 输入必须规范，否则会自动要求重输； 输入时不同元素之间可用空格隔开，系统也会自动分割； 输入盐类，可分为酸碱组分以 . 相连； 如：H3 O4 P . 3 Na；H3 O4 P . 2 Na；H3 O4 P . Na 分别代表不同的物质 聚合物则输入单体组成以括号加X，如(C4H6)X； 对于复杂的有机物质，可以通过分子式查询，并通过亚结构限定获得,79,分子式检索中分

22、子式排列依hill分子式排列顺序 若化合物不含C元素：各元素依其英文字母顺序来排列检索，如：H2SO4 以H2O4S排列来检索。 若化合物含C元素：先排C元素、再排H元素、其它元素则再依其英文字母顺序来排列检索，如：C9H8CL4N8O。 分子式检索不能区分同分异构体，同分异构体必须配合命名来检索，或者用结构检索,80,（二）Scifinder Scholar检索功能,2. Locate检索功能 2.1. 查找特定参考文献（Locate Literature） 2.1.1. 根据书目信息查找文献（Bibliographic Information） 通过输入所需的书目信息，SciFinder

23、可帮助您查找特定的期刊或专利参考文献。 查找期刊文献时，选择Journal Reference，输入相关的期刊参考文献信息。单击确定。,81,2.1.1. 根据文献标识符查找文献（Document Identifier） 键入专利号或CAS物质登记号进行查找。每行输入一个标识符，一次可搜索25个标识符。或者单击从文件中读取可以导入标识符列表。,82,2.2. 查找物质（Locate Substances） 使用“物质标识符”及化学名称或CAS登记号查找特定物质或物质组。 (1)查找和验证化学名称、CAS 登记号、分子式和其它物质信息 (2)获取计算和实验属性数据 (3)识别商业来源 (4)检索

24、法规遵循信息 (5)获取讨论物质的文章和专利,83,2.2. 查找物质（Locate Substances） 键入化学名称、商标名称或 CAS 登记号进行查找。每行输入一个标识符，一次可搜索25个标识符。或者单击从文件中读取可以导入标识符列表。单击确定。 要查看答案中的属性数据，请单击显微镜图标以显示物质详情。如果属性信息可用，则提供链接。属性值来源显示于右侧列和脚注区域中。,84,Locate检索,输入苯的名称benzene,85,86,87,Browse检索,88,Scifinder检索小结,Explore:适于检索不确定信息 Literature：获取文献信息 Substances：获取

25、化学物质相关信息 Reactions：获取化学反应相关信息 Locate:适于检索确定信息 Locate Literature：查找指定文献 Locate Substances: 查找指定化学物质 Browser:浏览期刊信息,89,Scifinder Scholar检索小结,向SciFinder Scholar提一个最为广泛的问题 通过Analyze/Refine功能不断修正检索思路 通过Analyze/Refine功能来缩小检索的范围 通过Analyze/Refine功能来获取新的知识点和灵感 尝试将不同的Analyze/Refine功能组合起来用，会有更多的收益 通过Get Relate

26、d来获得更多的信息,90,五、BioSIS Previews,书目数据库： BIOSIS 提供 内容： 110多个国家的5000多种期刊(会议、专利、科技报告和图书) 学科:生物(最权威),基础医学,91,获取,印刷：BA（ Biological Abstracts ）和BA/RRM 光盘和网络： BIOSIS Preview（ BP）(OVID，SPIRS，DIALOG，WOK) 我校：（OVID和WOK）,92,Biosis Previews（WOK检索界面）,93,六、中南大学医学图书馆馆订外文刊导航,此导航汇集了12个外文全文数据库所包含的期刊：ovid(343)、proquest h

27、ealth and medicine complete(phmc)(910)、elsevier(1535)、springer(1581)、kluwer(860)、nstl(210)、ebsco-asp(4408)、lexisnexis(20种医学刊)、wiley(33种医学刊)、worldscinet(88)、Karger（75）、MDCOSULT(刊88种、书51本)。每本期刊都做了链接，点击该期刊可以直接链接到该期刊的卷期列表。此导航全部囊括了至今我馆购买的生物医学类的外文刊。网址：中南大学医学图书馆() 访问路径：主页馆订外文刊导航,94,中南大学医学图书馆主页,95,中南大学馆订外文期

28、刊导航浏览界面,96,查找Nature Genetics杂志我馆订购情况,点击期刊名获取 本馆订购情况,收录数据库,97,Nature Genetics我馆全文订购情况,98,获取论文全文,99,七、如何查找满意文献,选择最准确的提问词 检索结果不理想时的调整方法 文献量过多时调整方法 文献量过少时调整方法,100,（一）选择最准确的提问词,课题举例:阴道超声诊断早、中期胎儿畸形 胎儿Fetus(受精9周后） 胚胎embryo(受精至8周末）,101,选择最准确的提问词,用全称,少用缩写 HCC代表什么? HCC 7378 hepatocellular carcinoma 33291 HCC

29、OR hepatocellular carcinoma 33834,102,希腊字母的输入,PPAR 过氧化物酶体增生物激活受体 peroxisome proliferator activated receptor ppar-r 105 ppar gamma 1520 alpha beta gamma delta,103,（二）检索策略调整方法,检出文献量过多提高查准率 检出文献量过少提高查全率,104,检索策略调整方法,提高查准率的方法 使用更专指的词（下位词） 增加用“AND”联结的检索词作进一步的限定 用文献外表特征限定检出文献量 利用“MESH DATABASE”检索服务,105,提高

30、查准率的方法,1. 使用更专指的词（下位词） 课题：内毒素对神经系统（神经元）的损伤 Search Most Recent queries Result #1 endotoxins 68029 #2 nervous system 1423937 #3 injur* 650528 #4 #1 AND #3 AND #2 490 #5 neurons 469562 #6 #1 AND #3 AND #5 175,106,2. 增加用“AND”联结的检索词作进一步的限定 课题：膀胱癌与P53基因突变（细胞凋亡） Search Most Recent queries Result #1 bladder

31、 neoplasms 47973 #2 genes p53 24560 #3 mutation 538622 #4 #1 AND #2 AND #3 350 #5 apoptosis 174618 #6 #4 AND #5 34,107,3. 用文献外表特征限定检出文献量 课题：了解细胞凋亡研究进展 apoptosis 174618 publication types=review: 26647 freefulltext: 59531 publication data from 2007-present: 50901 Apoptosisti 54838 publication data fro

32、m 2008-present 8623,108,4. 利用“MESH DATABASE”检索服务 asthma 111964 asthmamesh 88644 asthmamajr 72109 asthma/et 32878 asthma/etmajr 17879,109,课题：哮喘炎症信号调控机制 Signal regulating mechanism in asthma inflammation #1 asthma AND inflammation 5858 #2 asthma/et AND inflammation 2249 #3 asthma/etmajr AND inflammation 1219 #4 asthma/etmajr AND inflammationti 296 #5 asthma AND PPAR 9,110,相关文献较少时的调整方法,1. 减少限制条件 2. 增加相关词 3. 使用上位