miRNA目标位点预测工具介绍.ppt

1、miRNA目标位点预测工具介绍,徐 辉,用于预测miRNA目标位点的工具 TargetScan miRanda PicTar Microcosm microT-ANN miRDB Mirgen,一、TargetScan介绍,2种运行模式： 本地运行 1、程序用Perl语言编写 2、程序和相关数据下载地址： /cgi-bin/targetscan/data_download.cgi?db=vert_50 网页接口 /,TargetScan本地运行版本介绍,1、需要2个输入文件 1) 包含了miRNA

2、seed sequences的tab-delimited文件 该文件包含了3列数据： Name of the miRNA family The 7 nucleotide long seed region sequence Species ID of this miRNA family,例子： let-7/98GAGGUAG10090 let-7/98GAGGUAG10116 let-7/98GAGGUAG9031 let-7/98GAGGUAG9606 let-7/98GAGGUAG9615,2) 包含了所需基因3 UTRs多重比对结果的tab-delimited文件 该文件包含了3列数据：

3、Gene symbol or transcript ID Species/taxonomy ID Sequence,例子： CDC2L610090CCCACUCCCU-CU-. CDC2L69615CCG-CCACGG-. LPHN110090GGGGC-CUCAUGGACCCGA. ZNF1979606A-AGACACCACGAGAAACAG,2、运行命令行 targetscan_50.pl miR_Family_info_sample.txt UTR_Sequences_sample.txt TargetScan_50_output.txt,3、输出文件 包含以下13列数据：GeneID、

4、miRNA_family_ID、species_ID、MSA_start、MSA_end、UTR_start、UTR_end、Group_ID、Site_type、miRNA in this species、Group_type、Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type 实例如下：,TargetScan网页接口界面,TargetScan网页接口运行结果,在UCSC上显示TargetScan运行结果,二、miRanda Target Detection介绍,2种运行模式： 本地运行 1、运行在linux环境下

5、2、程序和相关数据下载地址： /microrna/getDownloads.do 网页接口 /microrna/getGeneForm.do,miRanda Target Detection本地运行版本介绍,1、需要2个输入文件 包含了miRNA序列的fasta文件 包含了目标基因3UTR序列的fasta文件,2、运行miRanda miranda file1 file2 options 常用参数： -sc score -en energy -go X -ge Y -out fileout -quiet -

6、trim T,miRanda Target Detection本地运行结果实例,miRanda Target Detection网页接口界面,miRNA search,Target mRNA search,miRanda Target Detection查询结果界面,miRanda Target Detection结果详情界面,三、PicTar介绍 http:/pictar.mdc-berlin.de/,PicTar 用户界面一,PicTar 搜索结果界面一,PicTar 搜索结果界面二,PicTar 用户界面二,PicTar 搜索结果界面三,PicTar结果在UCSC上的数据展示,从UCSC

7、批量下载PicTar结果,四、Microcosm,http:/www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/,Microcosm Search界面,Microcosm Enter界面,Microcosm Download界面,五、microT-ANN,http:/diana.cslab.ece.ntua.gr/microT_v4/index.php,microT-ANN 结果界面,TarBase: miRNA目标基因的可靠数据库，数据有实验支持。 http:/diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/,六、miRDB,/miRDB/,miRDB 结果