结核分枝杆菌蛋白rv0089的生物信息学分析

-精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 1 结核分枝杆菌蛋白 Rv0089 的生物信 息学分析 摘 要： 目的 应用生物信息学 软件对结核分枝杆菌蛋白 Rv0089 进行 了分析预测。方法 利用 ProtParam 对 Rv0089 的氨基酸序列进行分析， SOPMA 预测二级结构，PSORTb 预测 亚细胞定位，CD-search 预测功能结构 域。结果 Rv0089 为碱性蛋白，- 螺旋 和无规卷曲是其主要二级结构元件，含 有甲基转移酶结构域。结论 通过生物 信息学分析获得了该蛋白的信息特征， 为进一步研究其生物学功能奠定了基础。 中国论文网 /4/view-12899006.htm 关键词：Rv0089 生物信息学 结 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 2 构域 中图分类号：Q394.3 文献标识 码：A 文章编号：1003-9082（2017） 02-0265-01 结核病是当前严重危害人类健康 的主要传染病之一，病原体为结核分枝 杆菌，有证据表明世界上有将近 1/3 的 人口感染了结核分枝杆菌1。多数人不 出现明显的临床症状，称为潜伏感染， 约 5%-10%潜伏感染者可在数年内或数 十年内发展为活动性肺结核2，HIV 感 染及多药耐药性的出现使得控制这种疾 病变得非常困难3。本研究应用多种生 物信息学软件对结核分枝杆菌蛋白 Rv0089 进行了分析预测，希望为早期 结核病的诊断以及新的抗结核药物的研 制奠定基础。 一、材料与方法 利用 ProtParam（http：//protp aram/）对 Rv0089 的氨基酸序列进行分 析，SOPMA（https：/npsa- -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 3 prabi.ibcp.fr/cgi- bin/npsa_automat.pl？page=npsa _sopma.html）预测二级结构， PSORTb（http：/www. /psortb/index.html）预测其亚细 胞定位，CD- search（https：//S tructure/cdd/wrps b.cgi）预测功能结构域。 二、结果与分析 1.一级序列分析 Protparam 分析 表明 Rv0089 含有 197 个氨基酸残基， 含有 20 个强碱性氨基酸（R、K） ，14 个强酸性氨基酸（D、E） ，84 个疏水性 氨基酸（A、I、L 、F、W、V） ，37 个 极性氨基酸（N、C、Q、S、T、Y） 。 分子量为 21.6kDa，理论等电点 9.61 为 碱性蛋白，总平均亲水性为 0.123。 2.二级序列预测 SOPMA 分析表 明 -螺旋和无规卷曲是其主要二级结构 元件，无规卷曲主要分布于氨基酸残基 的 149-164 位置。 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 4 3.亚细胞定位预测 PSORTb 预测 表明 Rv0089 在胞外、细胞壁、细胞膜 和细胞质均有分布。 4.结构域预测 CD-search 分析表 明 Rv0089 含有甲基转移酶结构域，位 于 27-120 氨基酸残基处（图 1） 。 三、讨论 经 CD-search 分析 Rv0089 含有 甲基转移酶结构域，其应属于甲基转移 酶超家族。甲基化反应在生物体内是非 常普遍也是非常重要的，甲基转移酶催 化甲基化反应，常以 S-腺苷甲硫氨酸 （SAM ）作为甲基供体 4。研究表明 许多重要的生理环节都涉及到甲基转移 酶的调控作用，比如组蛋白甲基化修饰 会影响异染色质形成、X 染色体失活5， O6-甲基鸟嘌呤-DNA 甲基转移酶 （MGMT）具有 DNA 修复的功能等等 6。因此 Rv0089 可能也涉及到结核分 枝杆菌 H37Rv 的多个生理环节。 本文利用多种生物信息学软