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文档简介

第六章,晶体结构的表达,第六章 晶体结构的表达,一、晶胞参数和分子式,晶胞参数是晶体的最基本的信息，这是首先得到的结构信息,晶胞中分子或化合物计量式的数量Z、相对分子质量、晶体密度也是晶体的最基本信息之一,存在下面的关系式：,dc = (MrZ)/(VNA),式中：,dc 为晶体密度,Mr 为相对分子质量,V 为晶胞体积,NA 为阿伏伽德罗常数,单晶结构分析为化学工作者提供了大量有意义的信息,二、分子几何,有了原子坐标就可计算出键长和键角，这些都是程序自动完成的。公式如下：,1. 键长与键角,结构分析中获得的最主要参数是晶胞中原子的坐标。晶体学中的原子坐标通常用分数坐标(fractional coordinates)来表示。即x、y、z 分别以a、b、c为单位,式中：,以上的公式是对称性最低的三斜晶系的，对称性更高的晶系，可进一步简化,晶体结构中最重要的偏差是键长的估计标准偏差（estimated standard deviations)，简称标准偏差,标准偏差的计算更为复杂，好在这些计算程序都能自动完成。对于非键原子间的距离和有关夹角的计算也可通过在ins文件中添加“BIND A1 A2”指令，令程序完成,这样的判断常常产生一些问题，这就需要人工判断，把不该成的键断开（FREE A1 A2），把该成的键连起来（BIND A3 A4），计算分子或原子间的弱作用也是用此法,2.键长与原子半径,键合(bonding) 或是分子间作用(intermolecular interactions )，均与原子间的距离有关,原子间是否键合，是程序根据原子半径和设定的宽容度（50pm）自动判断的,如果作用发生在独立单元中原子和非独立单元中原子之间，则要首先查出对称操作码，然后
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