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文档简介
广州大学学生实验报告开课学院及实验室:生命科学学院 计机楼407 2013年 12 月 6 日 学 院生命科学学院年级、专业、班生物工程10姓名学号10142000实验课程名称生物信息学成绩实验项目名称实验六 蛋白质序结构与预测指 导 教 师一、实验目的1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;2、熟悉蛋白质基本性质分析;3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;4、了解蛋白质结构预测。二、实验内容1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果;2、总结进行上述分析所需注意的关键事项三、实验步骤1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果;1、人脂联素蛋白质序列的检索:(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez);(2)在Search后的选择栏中选择protein;(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;(4)点击go后显示序列接受号及序列名称;(5)点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 Homo sapiens)后显示序列信息;(6)将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列);2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析:打开BioEdit软件将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框点击左侧序列说明框中的序列说明点击sequence栏选择protein点击Amino Acid Composition查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成;或者选择protein后,点击Kyte& Doolittle Mean Hydrophobicity Profile查看该蛋白质分子疏水性水平;3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析:(1)进入NCBI/Blast网页;(2)选择Protein-protein BLAST (blastp);(3)将FASTA格式序列贴入输入栏;(4)点击BLAST;(5)查看与之同源的蛋白质; 4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析:(1)expasy-tools(/tools/)中的链接进入,或直接输入网址(http:/myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan)进入网页。(2)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏;(3)在Prosite Profile前打钩,然后点击Search;(4)查看分析结果(注意Prosite Profile中的motif information); 5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测:(1)可由expasy-tools(/tools/)中的链接进入,或直接输入网址(/)进入;(2)进入predictprotein页面后,先register(注册);(3)然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏,submission(提交)所要分析的蛋白序列;(4)分析结果。PHD predictions结果: PROF predictions结果 6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测:(1) 进入/swissmod/SWISS-MODEL.html (SwissModel First Approach Mode)网页;(2) 选择Automated mode (自动模式);(3) 进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称,将将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏,点击“submit modeling request”后,等待结果。(4)下载蛋白PDB文件观看其三维结构图像。(注:需下载软件入rasmol查看三维图象)。2、总结进行上述分析所需注意的关键事项1、 对人脂联素蛋白质序列进行两种分析即基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析和motif结构分析。2、 二级结构预测可大致分为二类:一是有关根据单一序列预测二级结构;
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