化学结构绘图

1、化学结构绘图第1页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二1.利用2D优化画环形的氨基酸例111.由模板窗口(Template Windows) 选择氨基酸(Amino Acids) 。2.在氨基酸系列中，选择酪氨酸(Tyrosine)，点击工作区复制结构。3.由化学基团表(Table of Radicals) 中选择丙氨酸(Alanine) 和色氨酸(Tryptophan) ，点击指定的原子，连接上相应的功能团。注意：在固定基团前，可通过按TAB键翻转原子团。第2页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二4.如下图所示从NH2拖动鼠标至OH功能团。5.点击清理键 ，并

2、 或把羟基双键旋转为垂直，得到所需结构。 第3页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二2.利用3D 优化例12 创建双2，2，2环己烷结构1.从选择菜单 Options/Preferences ,在Structure标签下，去掉 Add Hydrogens前面的对号, 点击 OK。2.由化学基团表 中选取环己烷结构(Cyclohexane) ，点击工作区，得到环己烷结构。4.点击正常画图工具(Draw Normal) ，通过拖动画出如下的碳氢桥：5. 点击3D优化键(3D-optimize) ，得到优化后的3D模型。注意：如果工作区中有多个结构，先利用选择工具选取将进行3D优化的

3、结构(可以利用选择/移动、选择/移动/调整、3D旋转工具、套索工具）第4页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二6. 如果Options/Preferences/Structure/ Switch to 3D Rotation mode 被选中, 3D优化后将自动转为3D 旋转状态。如果Switch to 3D Rotation mode 没有被选中,点击3D旋转键 后,将游标放置在结构式的任何原子或者化学键上,拖动鼠标旋转结构直到得到所需结构。注意: 1.从Options / Preferences, 在Structure标签下，可以选择背景键断开或者连接,如果在Bonds I

4、ntersections中的 Enable被选中, 则背景键断开,否则,背景键连接。 2.改变交叉键的位置：选择要改变的键，Tools /Bring Bond to Front或Send Bond to Back . 也可以通过激活Change Position 键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。第5页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二例13.创建三将军结构1. 按照上例先画出2.由原子基团表中选择苯环,将光标放在a、 b和c键上分别点击，连接上苯环。得到如下结构 ： 3.如果工作区中有多个结构，先选择进行3D优化的结构，点击3D优化

5、键进行优化，并进行3D旋转。4.使用改变位置键 改变双键的位置，即可得到所需结构。第6页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二例14 画如下结构1.由基团表中选择环丁烷，在工作区点击两次，生成上下两个正方形。2.选择正常画图模式，通过从一个原子到另一个原子拖动鼠标，连接环丁烷分子的角。3.选中上述结构，点击3D优化键，得到所要的3D模型。4.进行3D旋转，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，得到所需要的结构。（注意交叉键为不断开，要创建新的一页绘制该结构，因例12、13均为断开）第7页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二3.画化学反应式例151.

6、从原子团表中选择苯环,按键盘上的TAB键,将悬在光标上的苯环翻转,然后在空白区点击,得到苯环,然后在苯环上的相应的位置点击,得到以下结构: 2.再绘制一个苯环，点击右键去掉阴影，点击常规画图工具,然后在苯环的双键上点击,得到三键.第8页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二3.按照上面所讲的画出三将军结构如下:4.从结构工具栏中,选择 键 ,在前面两个结构之间点击,得到加号。5.点击反应箭头键 , 在反应物和生成物之间点击并拖动鼠标,得到箭头。注意:1. 点击 键右下脚的三角,可以得到一系列的不同形状的箭头。一些箭头被视为图形模式的物体,所以不能正确地输出至其他文件。2.如果要移

7、动加号或者箭头,可以点击选择/移动键 Select/Move , 然后将光标指在要移动的物体上,拖动鼠标。第9页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二五、高级画法：模型讲解如何利用模型进行画图。主要内容:三种模型来源;如何利用 功能画含有多个相同功能团的结构;如何自创模型; 第10页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二 1.ACD/ChemSketch 的3种结构模型来源1.化学基团表(Table of Radicals)2.模型窗口(Template Window)3.快速模型工具(Instant Template tool)将模型连接到结构上的三种方法： a.

8、连接键： 将鼠标的指针指向特定的化学键，使结构的化学键和模型在光标上的影子结合，再点击鼠标。 b. 连接原子：将光标指向结构中相应的原子，产生连接键后，点击鼠标。 c. 螺旋线连接：将鼠标指向要连接的原子，按下SHIFT键，点击鼠标。注意：可以通过点击TAB键使悬在光标上的模型影子翻转。第11页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二例161.由原子团表中选择环戊烷(cyclopentane) ，点击空白工作区,得到环结构.2.按下SHIFT键，点击指定的原子，以螺旋方式连接第二个环戊烷。3.由化学基团表中选择苯(Benzene) ，首先点击指定的键连接苯环，并改变双键的位置，再点

9、击指定的原子，连接苯环。 第12页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二4.在左侧原子工具表中选定氧键 (注意：此时常用画图工具自动激活)，点击指定的原子，用氧取代。 5.选择连续画图工具，双击指定的原子，连接OH集团。6.点击指定的单键，使之变为双键。第13页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二2.快速模型工具(Instant Template tool)快速模型工具可以更快地画出图象，也可以认为它是“粘贴“命令。 例17第14页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二1.从化学基团表中选择苯环，在工作区的上中部点击鼠标，画出苯结构。2.从化学基团表

10、中选择乙炔(Ethynyl) ，点击箭头所指的原子，将其连接在苯环上。 3.选择快速模型工具，点击CH，创建一个快速模型。4.点击箭头所指原子，接上模型。5.再次选择快速模型工具，将整个图象创建成模型。 第15页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二6.像图示的那样，点击指定原子，连接成如图所示的模型。完成后，点击鼠标右键将模型影子隐藏。7.选择常用画图工具，拖动指定的原子，完成环。 第16页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二3.如何自创模型要将一个ChemSketch文件保存为模型文件，可将其保存在模型文件夹中。操作步骤：1.将当前文件保存为SK2形式，或在C

11、hemSketch中打开SK2文件。2.由模型菜单中选择保存用户模型命令，即Templates/save user template，在保存用户模型对话框中键入模型的名字，如“ALKALOIDS”，并注意文件保存的路径，如“C：ACD50Templatesalkaloids.sk2”，再点击OK。注意：a.文件可键入任意名字，可以键入详细一些的名字，最好能从名字知道是什么模型。b.可以从任何文件创建模型文件，即使它是关闭的也可以。打开模型管理器对话框(Templates/ Template organizer)，点击新创建（New）键，找到您需要的文件，为其指定名字即可。c.一旦文件被保存为用

12、户模型，它的名字被自动加到模型管理器中和模型窗口的模型清单中，使用时可以直接从模型窗口调出来。要将其删除可以从模型管理器中点Remove。第17页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二六.画图模式画化学反映能量图;画各种类型的轨道;画真空蒸馏装置;第18页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二常用工具介绍：直线工具（Line）弧线工具（Arc）曲线工具（Curve）多线工具 （Polyline） 箭头键（Draw Arrow） 矩形工具（Rectangle）圆角矩形工具（Rounded Rectangle）椭圆工具(Ellipse) 多角(Polygon)模式 文字

13、工具(Text) 括号工具（Bracket）注释框 （Callout） 第19页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二选择/移动/调整( Select/Move/Resize) 编辑交点（Edit Nodes） 选择/移动/旋转工具(Select/Move/Rotate) 编辑文字(Edit Text ) 转换到背面(Send to Back) 转换到前面（Bring to front）群按钮(Group) 左右翻转键(Flip Left to Right) 上下翻转(Flip Top to Bottom)键 旋转90 (Rotate 90) 水平中心对齐 (Center Hor

14、izontally) 垂直中心对齐 (Center Vertically) 左对齐（Align Left）右对齐（Align Right）底部对齐（Align Bottom）顶部对齐（Align Top）第20页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二1.画化学反映能量图三步：画出一条曲线修改曲线画X轴Y轴第21页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二a.画出一条曲线1.在绘图模式下 ，选择多线工具 ，从曲线起点向右拖拽鼠标画出控制线。2.拖拽到合适长度释放鼠标。3.向上移动鼠标画出曲线的第一部分（不要点击鼠标）。4.直接拖拽鼠标向右水平延长控制线。通过改变控制线的长

15、度可以改变曲线的形状。5.拖拽到合适长度释放鼠标。6.向下移动鼠标画出下一部分。第22页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二7.重复以上步骤画出第二个峰。8.点击鼠标右键结束画曲线。注意: 当应用多线工具键时(polyline tool), 点击将产生一个点或者一个尖锐角度,但是拖动鼠标将产生曲线.第23页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二b.修改曲线第一次画的曲线，曲线的形状一般不令人满意,可对其进行修改：1.选定选择/移动键( Select/Move) ,然后点击要修改的曲线。2.点击 Edit Nodes键 ,将显示曲线上所有能够被修改的点3.点击第四个

16、点,则那个点显示被选中,并且显示相应的控制线.4.移动控制线（长度和方向）和点对曲线的形状进行修改。5.选择并修改曲线上其他的点,直到曲线形状令人满意为止。第24页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二c.画X轴和Y轴选定画多线工具 Polyline 。选择画箭头键Draw Arrow 。从箭头种类(Arrow Type) 的下拉菜单中选择双向箭头 。1.点击Y轴的终点。2.竖直向下移动鼠标,画出Y轴。3.点击得到原点。4.水平向右拖动鼠标得到X轴。5.在X轴终点点击鼠标。6.右击鼠标完成整个画X 和Y轴工作。7.利用 Text 和 旋转90 (Rotate 90) 工具键入文字

17、。第25页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二2.画各种类型的轨道画p轨道画d轨道画pi轨道第26页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二a.画p轨道选定多角(Polygon)模式 。1.由起点向右拖拽鼠标，以画出轨道的控制线。2.释放鼠标。3.向下移动鼠标，画出轨道的上半部分。4.点击得到轨道。点击鼠标右键结束画轨道。5. 切换到选择/移动/调整大小(Select/Move/Re-size) 工具。将光标放在选定的轨道上，按下CTRL键，向下拖动鼠标复制轨道的下半部分。第27页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二6.选择上下翻转(Flip Top

18、 to Bottom)键 ，将复制的轨道翻转,然后移动轨道将两个轨道如下图所示安放在一起。7. 选定轨道的下半部分,在调色盘中点击灰色键，将轨道颜色改为灰色。 注意:选定两个轨道，选择水平中心按钮(Center Horizontally) ，可快速确定轨道的中心。8.选定轨道的两个部分，点击群按钮(Group) ，将两个轨道变成一个整体,就可以像处理一个轨道一样处理它们.第28页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二b.画d 轨道选择多角工具(Polygon) 。1.由起点水平向右拖拽鼠标画出轨道的控制线。2.释放鼠标。3.向下移动鼠标画出轨道（不要点击鼠标）。4.直接向右水平拖

19、拽鼠标画出控制线，为了使轨道的两部分完全相同，您必须使左右控制线长度相同。可以使用编辑点 来调整。5.释放鼠标。第29页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二6.点击鼠标右键完成画轨道，并选定选择/移动/调整大小工具(Select/Move/Re-size) 。选定轨道，按下CTRL 键对轨道进行复制。7.选择旋转90度按钮(Rotate 90) ，将复制的轨道进行旋转。8.当复制的轨道被选中后, 在调色板(Color Palette)中选择灰色按钮(gray)，将轨道颜色改为灰色。9.选定轨道的两个部分，点击群按钮(Group) ，将以上轨道组合成一个物体。第30页，共39页，

20、2022年，5月20日，0点0分，星期二c.画pi轨道1.选择椭圆工具(Ellipse) 在工作区划出一个椭圆。2.由对象菜单(Objects)中选择转换为多线命令(Convert to Polyline)。3.选择编辑点工具(Edit Nodes) 。4.将最低点向上拖。第31页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二5.点击鼠标右健选定选择/移动/调整(Select/Move/Re-size) 工具 ，点击刚才的图形选中它，按下CTRL键将其复制。6.选择上下翻转键(Flip Top to Bottom) 将下面的图形翻转。7.在调色板(Color Palette)中选择灰色按

21、钮(Gray)，将轨道颜色改变。8. 选定轨道的两个部分，点击群按钮(Group) ，将以上轨道将成为一个物体。注意：在模板窗口中的Orbitals中有一些已经绘制好的模板，可以直接调用，也可以将自己绘制的轨道保存在模板中。第32页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二3、画真空蒸馏装置第33页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二1.在画图模式下，由模型窗口中的模型列表中选定实验室用品(Lab Kit)。点击选定圆底烧瓶，再点击工作区得到圆底烧瓶。2.打开模型窗口，选定带连接器的格氏蒸馏管，将其连接到烧瓶。3.由模型窗口中选定温度计(thermometer)，如图

22、连接。4.在模型窗口中选定冷凝管(distillation column)，点击工作区得到冷凝管。5. 选定 ，选中冷凝管,点击 。拖动冷凝管,将其逆时针旋转73度,游标将显示旋转的角度。第34页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二6.移动冷凝管使其接近装置。7.由模型窗口中选择真空接液器(adapter)并连接到装置。8.连接接收瓶(receiving flask)结束工作。第35页，共39页，2022年，5月20日，0点0分，星期二文字注释 1.选择 (Text) ,并在温度计的左边点击,然后在出现的文字方框中打出Thermometer Sign out from instru