分子动力学模拟

分子动力学模拟Tag内容描述：<p>1、第24卷第5期 2007年5月28日 Vol. 24, No.5 2007 复合推进剂颗粒填充模型的分子动力学模拟方法 史佩李高春王玉峰李某2 (1.海军航空工程学院训练部，山东，烟台，264001;2.海军航空工辍学院飞行器工程系，山东，烟台，264001) 摘要:将复合推进剂看作是颗位与基体组成的复合材料，应用分子动力学模拟方法生成推进剂颗粒在基体中随机分布的填充 模型。研究表明，分子动力学模拟方法，指定与颗粒直径成比例的增长率可有效地生成颗粒大小不等的填充模型，为分析推 进剂细观力学性能和燃烧性能奠定基础。 关键词:复合推进剂;分子动力学;颗粒填充。</p><p>2、Cu 熔化及凝固过程的分子动力学模拟 摘要 采用Embedded-Atom Method (EAM)作用势，利用分子 动力学方法模拟Cu 的熔化及凝固过程，研究了不同冷 却速率对液态Cu 凝固过程的影响，分析了升降温过程 中体系的偶分布函数、能量、MSD(均方位移 ) 随温度 变化的特征。结果表明：在凝固过程中，冷却速率快时 ，形成非晶体；冷却速率慢时，形成晶体。冷却速率越 慢，结晶温度越高，结晶越充分，得到的结构越稳定。 关键词 分子动力学模拟；EAM 势函数；熔化；凝固 1引言 大量的实验结果表明，金属在熔化和凝固过程中的宏观性质变化是 由体系的微观。</p><p>3、第四章 分子动力学模拟方法 1957年：基于刚球势的分子動力学法（Alder and Wainwright） 1964年：利用Lennard-Jone势函数法对液态氩性质的模拟（Rahman） 1971年：模拟具有分子团簇行为的水的性质（Rahman and Stillinger） 1977年：约束动力学方法（Rychaert, Ciccotti van Gunsteren） 1980年：恒压条件下的动力学方法（Andersen法、Parrinello-Rahman法） 1983年：非平衡态动力学方法（Gillan and Dixon） 1984年: 恒温条件下的动力学方法(Berendsen et al.) 1984年：恒温条件下的动力学方法（Nos-Hoover法） 1985年：第一原理分子動力。</p><p>4、如何节省分子动力学模拟所消耗的CPU时间 关于分子动力学模拟中邻区列表算法的优化理论侯吉旋在过去的半个世纪里，分子动力学方法已经成功地应用到许多科学领域并取得了众多成果。但由于计算机的计算能力有限，大尺度的分子动力学模拟一直是一个难题。对于一个含有N个粒子的可加系统，每一步运算都需要计算N(N-1)/2个粒子相互作用。然而对于短程相互作用体系，如Lennard-Jones系统，每个粒子只与距离小于截断半径Rcut范围内的粒子相互作用，因此在实际运算过程中只需要计算大约(4pRcut3r/3)N/2个粒子相互作用即可，r为系统的密度。可见大部。</p><p>5、,中国石油大学,分子动力学模拟,.,一、系综理论,本章主要内容,二、分子动力学方法,分子动力学模拟,三、模拟细节,四、参量的计算,五、液态水的MD模拟,六、误差分析,七、分子动力学模拟方法的应用,.,分子动力学模拟（moleculardynamicssimulation，简称MD）方法首先是由Alder和Wainwright提出的，现已逐渐成为预测系统特性、验证理论和改进模型的计算工具。MD方法。</p><p>6、第 4 9 卷 第 6期 1 9 9 8年 1 2月 7 化 工 学 报 0 f C h e m i e a i l l t r v m a d E | 面_ 1 e 峨 ( C h in 4 9 6 DE 脱 mb 盯l 9 9 8 F , i f H型气体水 合物结构稳定性 的分子动力学模拟 拄 盔渔， 李以 圭 陆 九 芳 塑 垦 V ( 清 华大学化学工程系 ，北京1 0 0 0 8 4 ) ( 石油大学 化工学部 ，北京 1 0 0 K 3 ) 摘要采用分子动力学摸 拟方法 首次对 H型气体 水合物 的 晶体 结构及 稳定 性进 行 了 研究，得到 H型气体水合物中各分子( 原子) 作用点之间的径向分布函数在此基础上 ， 通过计算 水合物晶格上水分 子的平动均方置换 。</p><p>7、B、使用L-J势模拟裂纹的扩展,L-J 无量纲化计算中的单位,B、使用L-J势模拟裂纹的扩展,裂纹,lower,upper,leftupper,leftlower,x,y,Lammps计算输入文件,# 2d LJ crack simulation(问题的基本初始化) dimension 2 #2维分子动力学模拟 boundary s s p #x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。 atom_style atomic #原子类型（金属） Neighbor 0.3 bin #建近邻表参数（rc+0.3）bin表示为近邻表类型。 neigh_modify delay 5 #间隔多少载荷步重新形成近邻表,Lammps计算输入文件,# create geometry创建初始几何构形 Lattice hex 0.93 #指定。</p><p>8、分子动力学模拟实例,聚合物中分子扩散系数的计算模拟,分子动力学做扩散系数有两种方法： 1. 计算体系的均方位移（Mean square displacement ），然后根据Einstein关系求得扩散系数； 2. 计算体系的速度自关联函数（Velocity auto-correlation function VACF)然后再通过Green-kubo关系计算体系的扩散系数,1、Getting started,Begin by starting Materials Studio and creating a new project. Open the New Project dialog and enter polymer_gas as the project name, click the OK button. The new project is created with polymer_gas 。</p><p>9、第二讲分子动力学模拟 A 基础知识 晶体材料组成材料的原子排列成三维周期性重复的花样 金属和许多非金属固体都是晶体材料 空间点阵 单胞 每个点有相同的空间环境 A 基础知识 晶面 OA OB OC为点阵参数 任何一晶面 可用其它与三个主轴的截距OA OB OC 来表征 通常取这些截距与对应单胞尺寸的倒数 表示为 OA OA OB OB OC OC 然后简化成具有相同比例的最小整数 左图中 ABC。</p><p>10、分子动力学模拟 金属晶体建模与计算模拟 1 建模练习 2 编程练习 3 结果分析 0 分子动力学介绍 作者 ECJTUMingMu 1 0 分子动力学介绍 分子动力学的原理 步骤原理 多体问题的严格求解 需要建立并求解体系的薛定谔方程 根据波恩 奥本海默近似 原子核的运动可以用经典动力学方法处理薛定谔方程牛顿运动方程 简化计算 步骤建立一个由N个粒子 分子 组成的模型体系解N个粒子 分子 组成的模。</p><p>11、中国石油大学,分子动力学模拟,一、系综理论,本章主要内容,二、分子动力学方法,分子动力学模拟,三、模拟细节,四、参量的计算,五、液态水的MD模拟,六、误差分析,七、分子动力学模拟方法的应用,分子动力学模拟（molecular dynamics simulation，简称MD）方法首先是由Alder和Wainwright提出的，现已逐渐成为预测系统特性、验证理论和改进模型的计算工具。 MD方法的基。</p><p>12、蛋白质间分子动力学模拟及数据分析,蛋白质的结构和对接,在进行模拟之前，我们首先要获得的是蛋白的结合配体后的复合物结构，蛋白和配体复合物如果已经被测出来那是最好不过的了，但是如果没有，就需要我们用软件将蛋白质与其配体进行对接。蛋白质间的对接常用的软件有Zdock，GRAMM，Hex 等， 以上的三种软件都有本地版和在线版，简单的直接用在线版，提交两个蛋白的结构之后，网站进行计算后将结果发给我们。还有。</p><p>13、蛋白质间分子动力学模拟及数据分析,1,蛋白质的结构和对接,在进行模拟之前，我们首先要获得的是蛋白的结合配体后的复合物结构，蛋白和配体复合物如果已经被测出来那是最好不过的了，但是如果没有，就需要我们用软件将蛋白质与其配体进行对接。蛋白质间的对接常用的软件有Zdock，GRAMM，Hex 等， 以上的三种软件都有本地版和在线版，简单的直接用在线版，提交两个蛋白的结构之后，网站进行计算后将结果发给我们。</p>