生物信息数据库

生物信息数据库Tag内容描述：<p>1、实验一 生物信息数据库及 生物信息分析软件应用 现代分子生物学大实验现代分子生物学大实验 实验目的 掌握生物信息学基本概念、原理及方 法 应用生物信息学的一些工具进行初步 的生物信息分析 运用Primer Primier 5进行引物设计 实验主要内容 分子生物学数据库：掌握数据库的种类、 功能，文献查找方法 相似序列的数据库搜索：掌握NCBI中几种 基本局部序列比对方法及几种单机软件的 使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn ）。 生物信息学单机软件介绍：Primer Primier 5 欧洲分子生物学实验室 EMBL( European Molecular Biology Lab。</p><p>2、生物信息学,曹毅 生命科学学院,第二章 生物信息数据库,数据库的类型,01:54,3,第一节 引言,生物分子数据 高速增长,分子生物学 及相关领域研究人员 迅速获得最新实验数据,建立生物分子数据库,序列数据库,结构数据库,基因组数据库,一次数据库,DNA序列,蛋白质序列,蛋白质 结构,人类基因组以及 其它生物基因组,生物信息学数据库,序列数据库,结构数据库,基因组数据库,二次数据库,文献数据库,专家,生物信息学数据库,01:54,6,生物分子数据库应满足5个方面的主要需求 （1）时间性 （2）注释 （3）支撑数据 （4）数据质量 （5）集成性,01:54,7,生物。</p><p>3、第三章 生物信息数据库,1、模式生物 2、数据库,human,Arabidopsis 拟南芥,Thermotoga maritima海栖热袍菌,Escherichia coli大肠杆菌,Buchnerasp. APS(欧洲山杨),Rickettsia(病原体) prowazekii,Ureaplasma urealyticum 解脲支原体,Bacillus subtilis 枯草杆菌,Drosophila melanogaster,Thermoplasma acidophilum嗜酸热原体,Plasmodium falciparum疟原虫,Helicobacter pylori (幽门杆菌),mouse,Caenorhabitis elegans,rat,Borrelia包柔氏螺旋体菌,Borrelia burgorferi 螺旋体菌,Aquifex aeolicus超嗜热菌,Neisseria脑膜炎双球菌,Mycobacter。</p><p>4、分子生物信息数据库与数据挖掘工具第三章3.1引言生物分子数据高速增长 分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据 建立生物分子数据库 1960年代，第一个分子生物学数据库Fred Sanger的胰岛素序列测定（1955）蛋白质数据库PSD（Protein Sequence Database）Margaret Dayhoff：1960年代，创立PSD，即PIR的前身1978，scoring matricesPAMPioneer in BioinformaticsDr. Margaret O. Dayhoff(1925-1983) Fred Sanger at the Sanger Institute1982年，第一个核酸序列数据库GenBank（Los Alamos）1982年，606条序列，长度680,338bp2004年。</p><p>5、数据库名称：SGD (Schizosaccharomyces pombe GeneDB)说明：有关裂殖酵母序列信息Description：This database contains all S. pombe (fission yeast) known and predicted protein coding genes, pseudogenes, transposons, tRNAs, rRNAs, snRNAs, snoRNAs and other known and predicted non-coding RNAs. Curation of new and existing literature is ongoing and changes are incorporated weekly.数据库链接：http:/old.genedb.org/genedb/pombe/数据下载链接：http:/www.sanger.ac.uk/Projects/S_pombe/download.shtml数据库名称：E。</p><p>6、第三章,生物信息数据库与查询,近年来大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标 收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理的服务。随着因特网的普及，这些数据库 大多可以通过网络来访问，或者通过网络下载。 一般而言，这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验 获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释；二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基 础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。。</p><p>7、第三章 生物信息数据库及其信息检索,生物科学与技术学院,本章主要内容,生物信息学数据库类型 序列数据库 结构数据库 功能数据库 其它专业数据库 生物信息学数据库的检索 检索方法概述 检索实践和案例,生物信息学数据库的地位和作用,生物信息学数据库类型,核酸研究（Nucleic Acids Research）杂志的每年第一期为生物信息学数据库专刊，收录最主要的生物学相关数据库，归类并展示在http:/www.oxfordjournals.org/nar/database/c/。,核酸序列数据库 RNA序列数据库 蛋白质序列数据库 结构数据库 基因组数据库(非脊椎动物) 代谢与信号通路数据。</p><p>8、生物信息学数据库,2015/9/9,数据库是指以一定方式储存在一起、能为多个用户共享、具有尽可能小的冗余度、与应用程序彼此独立的数据集合 生物信息数据库分类： 根据数据的来源和数据整理的不同：一级数据库和二级数据库 根据数据库存储的内容不同：核酸序列 数据库、基因组数据库、核酸/ 蛋白质结构数据库等,数据库概述,一级数据库的数据直接来源于实验原始数据，只经过简单的归类、整理和注释 二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上，针对不同的研究内容和需要对生物学知识和信息进行综合整理构建的数据库 其中核酸序列数。</p><p>9、1. Genbank Genbank 库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列， 以及与它们相关的文献著作和生物学 注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序 工作者提交的序列；由测序中心。</p><p>10、计算机应用 生物信息数据库与生物信息中心 授课大纲 生命信息学 生命科学与计算机技术的交叉 生物信息学的研究内容 1 生物信息中心 2 生物信息数据库及格式 生物信息数据的检索工具 Entrez文献的检索与管理软件 Ref。</p>