医学ppt课件分子流行病学与医院感染控制细菌同源性分析研究在感控中的应用

分子流行病学与医院感染控制分子流行病学与医院感染控制 四川大学华西医院实四川大学华西医院实 验医学科验医学科 临床微生物实验室临床微生物实验室 细菌同源性分析研究在感控中的应用细菌同源性分析研究在感控中的应用 “谁主张，谁举证 ” 手术伤口感染 ！& ？ 导管相关血流感染 ！& ？ 呼吸机相关肺炎 ！& ？ 证据！ 临床微生物实验室 院内感染控制部门 分子流行病学 基基 础础 方方 法法 目目 的的 微生物检验学 临床诊断 基基 础础 病原学诊断 细菌鉴定 分子流行病学方法 细菌分型 表 型 基因型 菌种、药敏 同源性 耐药性毒力 生物表型生物基因型 临床微生物实验室 & 医疗相关感染的病原学 多重耐药菌的出现：MRSA、ESBLs、VRE、XDR-Ab、 XDR-Pa 1、是否所有院内感染都要追查病原体？ 2、是否所有的病原体都要检测同源性？ Yes，应尽量寻找病原菌。 No，非常必要时才考虑 。 3、病原体同源性分析能提供什么信息？ 1. 病原体同源性； 2. 携带特殊基因 道感染UTI的临床诊断 SUTI Symptomatic 有症状的尿道感染 ASB Asymptomatic bacteriuria 无症状的尿道感染 urinary tract infection 发烧（fever）体温高于38 尿急（urgency） 尿频（frequency） 小便困难（dysuria） 耻骨上压痛（suprapubic tenderness） SUTI Symptomatic 有症状的尿道感染 1.UTI症状任1项 and 2.尿培养105/ml and 3.细菌2种 在收集道感染的实验室数据时，需注意：导尿管的尖端培养结 果不能作为诊断泌尿道感染的条件。尿培养必须使用适当的无菌技 术进行留取，如清洁留取的中段尿液。 2008美国CDC/NHSN医院感染诊断标准 ATCG 大肠埃希菌金黄色葡萄球菌 ATGCGTT ATGCGTT ATGCGTT GCGAGTA GCGAGTA GCGAGTA ATGCGTTAATATCCG ATGCGTTAATATCCG ATGCGTTAATATCCG 大肠埃希菌 限制性核酸内切酶 限制性核酸内切酶 细菌同源性分型基本原理（一） 酶切产物 酶切产物 大肠埃希菌 PCR PCR 细菌同源性分型基本原理（二） PCR产物 PCR产物 DNA指纹技术和核酸序列检测是发展较快的前沿技术，对微 生物种群分类、基因结构分析、流行病学研究、院内感染控 制均具有较高的实用价值。 DNA/RNA、PCR 、sequencing PFGE、rep- PCR PCRPCR技术技术 分子生物学技术 的核心与基础 细菌同源性研究细菌同源性研究 分子生物学方法分子生物学方法 l 脉冲场凝胶电泳（PFGE） l 多位点序列分析（ MLST ） l 多位点重复序列分析（rep-PCR ） Pulsed Field Gel Electrophoresis Stain Gel and Visualize Band Patterns A B C D E F G H I Multi-Locus Sequencing Typing MLST：选定目的基因组的数个看家基因位点；针对各基因位点设计相 应的PCR引物，扩增各目的看家基因片断；扩增产物测定DNA序列；进 而给每各基因位点指定相应的等位基因数值；各看家基因位点的等位基 因数值共同构成一个等位基因谱，从而命名相应的序列型。 PCR Sequencing GCCATGCTTAGAAT MLST DATABASES 62315272 Repetitive PCR l 细菌基因组中广泛分布的短重复序列（repetitive sequence），它们在 菌株、种、属水平上分布有差异及进化过程有相对保守性。 l rep-PCR：即细菌基因组重复序列PCR技术；是扩增细菌基因组中广 泛分布的短重复序列，通过电泳条带比较分析，揭示基因组间的差异。 DiversiLab System BioMerieux 细菌的分子同源性分型方法细菌的分子同源性分型方法 方法原理/靶位点优势缺点 PFGE全基因限制性多态性高分辨率需要特殊技术 速度慢 实验室间比对受限 多种命名体系 MLST测序确定管家基因等 位变异 可进行核基因的种系分析 可实现实验 室间对比 标准化的命名系统 分辨率有限 通量低 花费高 rep- PCR 染色体内的重复序列 多态性 快速 高通量 分辨率有限 尚需验证的分型体系 无标准命名体系 选择何种分型方法应首先由研究的目标决定 l 短期单中心爆发或病人研究 u高分辨率的分型方法，如PFGE u收集病例相关的菌株以及与先证者不相关的菌株 l 长期多中心研究 u首先进行PFGE分型