实验一生物信息学资源的利用—核苷酸序列的查找

实验一 生物信息学资源的利用Genebank核苷酸序列的查找一、实验目的：了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源，并以NCBI提供的Genebank为例，学习核苷酸序列的分类学检索方法和使用技巧。二、实验器材：计算机，NCBI、EMBL等生物信息学网络资源。三、实验原理：根据Genebank 提供的数据资源，应用分类学方法进行核苷酸序列的查找。 四、实验内容：查找下列不同物种的不同基因组的核苷酸序列。表1：不同物种的不同基因组的核苷酸序列表中文名学名基因名称备注松材线虫Bursaphelenchus xylophilus18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S黑腹果蝇Drosophila melanogasterCOII COI NADH黄花石斛Dendrobium densiflorum18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S古尼虫草Cordycepsgunnii18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S蝉花Cordyceps sobolifera18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S蛹虫草Cordyceps militaris18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S冬虫夏草Cordyceps sinensis18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S啤酒酵母Saccharomyces cerevisiaeCOII枯草杆菌Bacillus subtilis16S大肠杆菌Escherichia coli16S 23S大豆疫霉菌Phytophthora sojaeCOII COI NADH ITS1-5.8S-ITS2辣椒疫霉Phytophthora capsiciITS1-5.8S-ITS2致病疫霉Phytophthora infestansITS1-5.8S-ITS2五、实验步骤：1、 打开NCBI网站的主页，然后点击Genebank，进入到Genebank 的界面，然后点击网页上端Search后面的基本检索输入框选择所要查询的数据库，然后在后面一个方框中输入所查询的核苷酸序列的相关的关键词，点击检索按钮。2、 进入对应的核苷酸序列子库界面，点击目标核苷酸序列子库。3、 根据子库中提供的各条序列的注释及各自的GenBank收录号，寻找自己查找的目标序列，点击目标序列的GenBank收录号，进入目标核苷酸序列界面。4、 点击所需要的目标核苷酸序列的GenBank收录号就可以得到我们想要的核苷酸序列，然后将它们拷贝下来。六、实验要求：每个人必须至少查找3个种，5条核苷酸序列。必须写明查找到的核苷酸序列以及各条核苷酸序列的GenBank收录号-LOCUS，基因注释-DEFINITION，文章的作者AUTHORS，文章题目-TITLE，文章所发表的期刊-JOURNAL。七、实验结果：查找的核苷酸序列基本情况表序号物种名称基因名称Genbank号序列长度1大豆疫霉菌ITS1-18S-ITS2AF228089586bp例1：LOCUS DQ832717 42977 bp DNA circular PLN 25-APR-2007DEFINITION Phytophthora sojae mitochondrion, complete genome.AUTHORS Martin,F.N., Bensasson,D., Tyler,B.M. and Boore,J.L.TITLE Mitochondrial genome sequences and comparative genomics of Phytophthora ramorum and P. sojaeJOURNAL Curr. Genet. 51 (5), 285-296 (2007)ORIGIN 1 agtattaata ataaaagcat taagtggatg ccttggcatt aatttaattt ttaggacgta 61 aaaaatgcga aaagctatat taaattatac tttattttga aatatagatt tcctaaagaa 121 aactttttct ttgtgaaaat tttaaaagca gtgaattgaa atatctaagt aactgttaaa 181 aaaatcaaac gagattccgt tagtaatgac gaatgaacat ggaaattagg tttataaaaa 241 taaaataaat tatttgaaaa attttgaaaa atttacttaa aaaggtgaaa gtcctgtaga 301 ataattttta ttttctttat agtaaaaaga ggtatgtgta atcttttttg aatattgggg 361 aaccaccctc aaaacctatt aagaatta