NCBI数据库的使用与功能介绍.ppt

NCBI 数据库,邱婷,NCBI分子生物学数据库 /,美国国立医学图书馆(NLM)于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information，简称NCBI),National Center of Biotechnology Information,NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地结合在一起。,National Center of Biotechnology Information,以IL6基因为例：,如何查找基因序列、mRNA、Promoter 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列,Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传学图、EST、SNP等等许多有用的信息。,利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter,利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter,如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列,蛋白序列：,mRNA序列：,已知一基因序列：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC,1、这是哪个基因？ 2、编码的蛋白质 序列是怎么样的? 3、有没有保守的功能结构域？ 4、它的功能是怎样的？ 5、有没有三级结构？,BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种比较方法可选择： Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。 Tblastn：一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据库比较。 Tblastx：一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种读框比较，但由于计算太复杂在网页中不能应用。,Gene info：17号染色体,功能注释：Gene Ontology,该基因定位于人体第17条染色体，基因表示符为：NM-001168.2 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子等,获取蛋白质的序列信息,该蛋白质中包含142个氨基酸，序列标识符为：NP-001159.2