医学信息的获取

医学信息的获取技巧 生物医学四大摘要库； 四级原文获取保障； 学术评价工具及其新动向,问题梳理,一、关于PubMed等摘要数据库的选择使用 二、关于原文获取问题 三、关于引文索引数据库（学术评价工具） 核心期刊体系及来源 各种引文索引的核心版、扩展版 、分区 四、如何评价单篇论文的影响力(article-level assessment/metrics) 被引频次：SCI、Scopus、Google ESI工具：影响力高于全球平均水平的论文；全球TOPX的论文；高被引论文；热引论文等。 F1000论文。 论文评价新动向：ALM -article level assessment(metrics),第一部分 生物医学相关 摘要库的选择,生物医学最重要的四大摘要库,PubMed主要是美国医学索引(MEDLINE) Biosis Previews主要是美国生物学文摘(BA) Embase主要是荷兰医学文摘(EM) Scifinder主要是美国化学文摘(CA),目前只有PubMed为免费。从查全和检索效率上看，可根据课题需求，结合使用其它3个摘要库,PubMed,x国NLMNCBINIH三家联合开发。 5700种医学或相关期刊（70-80%为英文），其中含约100种中国期刊（mainland,HK,TW,MO）。 基础医学与临床医学兼顾，检索功能设计略偏临床。,PubMed中filters的使用,PubMed filters技术使检索功能多样化，个性化。 sidebar filters，built-in filters, standard filters, custom filters,检索结果页面显示用户自行勾选或制定的filters,方便筛选出常用的限定条件,先注册NCBI帐号,再Manage filters,自设filters 需注册my ncbi帐号。 可选择standard filters（勾选即可） 也可自建custom filters(需自设有意义的检索式),勾选standard filters,自设检索式，制定filters,设定好的filters:standard & custom,保持登录状态时，右边显示设定好的filters,在PubMed平台下载我校订购全文库 及各种免费资源,以Abstract状态浏览检索结果，或打开Linkout链接，或页面右上角的全文链接,以Abstract状态浏览结果，打开全文logo,打开linkout链接，或右上角全文logo,BIOSIS Preview数据库（简称BP）,美国生物科学信息服务社 (BIOSIS)生产 该数据库对应的出版物是生物学文摘(Biological Abstracts，1969至今), 生物学文摘-综述、报告、会议（Biological Abstracts/RRM ，1980 至今）等 5000多种期刊和1500多个会议的会议录和报告 学科：涵盖了包括传统生物学（植物学、生态学、动物学等）、交叉科学（生物化学、生物医学、生物技术等）和诸如仪器和方法等相关研究的广泛领域。可以使用户对生命科学和生物医学文献进行深入的调研。内容偏重于基础和理论方法的研究。,目前有两个平台可以使用该库： 1、 ISI 的 Web of Science 平台（中大图书馆） 2、 OVID 平 台,我校被BP收录文献的学科分布,Genetics Heredity,Pharmacology,Biochemistry Molecular Biology,oncology,Immunology,Medical Laboratory Technology, Toxicology,Cell Biology,等等。上述学科（不限于）可考虑加选BP数据库,EMbase（Excerpt Medica Database）,荷兰Elsevier Science出版公司 收录70多个国家出版的4550种期刊 学科：药学（占40%左右）、临床医学、基础医学、预防医学、法医学和生物医学工程等。 目前有两个平台可使用该库： Elsevier Science（中山大学图书馆） OVID平台（复旦大学医学馆）,SciFinderCAS,该平台涵盖以下几个库 1 CAplus 目前有化学及相关学科的文献记录3千5百多万条，包括18世纪至今的源自1万多种期刊论文、63个专利授权机构的专利文献、会议录、技术报告、图书、学位论文、评论、会议摘要、e-only期刊、网络预印本。 数据每日更新，对于9个主要专利机构发行的专利说明书，保证在2天之内收入数据库。 可以用研究主题、著者姓名、机构名称、文献标识号进行检索。 2 CAS REGISTRY 化合物信息数据库 3CHEMLIST 管控化学品信息的数据库，是查询全球重要市场被管控化学品信息（化学名称、别名、库存状态等）的工具。 4CCASREACT 化学反应数据库。 5CHEMCATS 化学品商业信息数据库 6MEDLINE PubMed数据库的主体部分,价格昂贵，使用限制多；目前广州地区：中大图书馆订购。请注意合理合法使用。,第二部分 关于原文获取,我校用户原文获取的四级保障：,第一级保障,学校经费投入购买； 用户无需付费； 面向校园网用户、 VPN用户； 可即时在线下载全文； 可先通过PubMed/EBSCO/Proquest、谷粉搜搜、读秀/超星发现等平台搜索“发现”文献摘要，然后链入全文库。,第一级保障 （13个电子期刊全文库、2个电子图书全文库、百万册纸质书刊）,第一级保障/3个中文全科期刊库,第一级保障/6个外文医学期刊库,EBSCO和Proquest是基于二次文献（即摘要索引）的检索平台，同时整合（链接）了部分全文。优势在于，期刊量大，某些学科的涵盖范围较大。如EBSCO中口腔与牙科、护理学等学科的期刊比PubMed还多；Proquest拥有除PubMed以外的独有期刊2219种。 因此这两个库除了可作为原文获取来源，同时可与PubMed互相补充，作为医学相关专业论文摘要的发现平台来使用。,第一级保障/4个外文人文期刊库,计划订购或已进入订购流程！,第一级保障/2个中文图书库,读秀在中文图书的查阅上具有优势！,第一级保障/纸质馆藏书刊,2000年代前的纸质文献，未电子化的，可通过纸质复印获取原文。,第二级保障,OA资源 网上参考咨询平台 公共图书馆资源 面向互联网用户； 用户无需付费； 可即时获取或通过文献传递快速获取； 有时需免费注册。,第二级保障（互联网用户）,1、网上开放获取资源 OA期刊、OA仓储（机构库、学科库、个人库等）。 2、公共图书馆体系建立的网上参考咨询平台 3、由国家图书馆体系、公共图书馆体系购买数据库，在一定范围内、有限制地使用。（如省内用户或注册用户等限制）,第二级保障/OA期刊,OA期刊是新的学术出版和学术交流模式 特征： 作者付费出版，读者免费开放获取； 绝大多数学术期刊仍然采纳同样标准的同行评审制度； 被SCI、PubMed等各种检索和评价工具收录，相当多OA期刊的影响因子并不低。 越来越多的数据商致力于OA， 如Elsevier, Springer,John-wiley，甚至于Nature Publisher Group,如何获取OA articles?,1、多数传统权威数据库索引均收录OA论文，如PubMed/PMC 2、OA 期刊论文的专门检索平台或仓储：如DOAJ等等 3、OA期刊的官网 4、GOOGLE/谷粉搜搜 5、许多高校的发现系统（统一检索平台） 考虑到便捷性+学科属性+命中率原则，建议读者以下列方式获取： PubMed或其它摘要库（检索课题文献时可直接获取，但会有少部分链接不及时或更新滞后） 谷歌/谷粉搜搜（通常有链接） 目标OA期刊的官网（可靠，但稍麻烦，需登录官网）,在PubMed或其它平台上链接OA资源,在Google Scholar/ 谷粉搜搜上获取免费资源,期刊官网找OA article： Nature 517,576-582(29 Jan 2015),在PubMed中未显示为Free article 在Google中也未显示PDF链接，不容易直接发现并下载全文，但在Nature官网可发现该文为OPEN 状态,据粗略统计，我馆随机接受读者原文请求，除在本馆馆藏(第一级保障)获取之外 通过全国联盟/珠三角数字图书馆联盟/读秀学术平台和广东省科技图书馆索取原文的满足率约在90%左右。,数源来源：三个系统、几十家图书馆的中外文数据资源 是否注册：广东省内IP用户：不需注册，直接登录使用； 广东省外IP用户：注册后登录使用。 是否付费：所有用户免费，且不需付积分。 全文推送：无篇数限制，且推送到邮箱。 三大平台均可使用：全国图书馆参考咨询联盟 、珠三角数字图书馆联盟、读秀,书、刊、学位论文、会议论文、标准、专利等文献类型均可传递获取,平台1：全国图书馆参考咨询联盟 （互联网用户）,平台2：珠三角数字图书馆联盟 （互联网用户）,平台3：学校订购的读秀搜索 （校园网用户）,全国图书馆参考咨询联盟 （xxx大学，2014.1.112.4提交请求，中文满足率在95%左右，外文满足率在92%左右）,使用方法1：平台检索,在检索框中输入欲查找文章的标题，进行检索,能检索到结果，进入 “全国图书馆参考咨询联盟”链接,回传原文,使用方法2：表单咨询（检索不到结果的）,例：2015年3月25日检索PubMed，处于Epub ahead of print状态的一篇文章（online first Mar 1）,学校图书馆未购买电子全文，转向第二级保障全国联盟,在全国联盟统一检索平台上输入title,检索,检索无果，转向“表单咨询”,表单咨询：手工填入信息，提交请求,5小时内回传了原文,移动端的原文获取：手机用户可使用 中山图书馆微信公众号，已开通网上参考咨询服务（原文传递）也可通过我校4月份开通的移动图书馆来进行文献传递,我校移动图书馆的文献传递,4月23日下午4：30提交请求，6：40推送到邮箱,是否注册：只对广东省用户服务，且需实名注册。 是否付费：不需付费，但需要积分：首次注册赠送100积分。 每天只提供3篇全文，中文每篇扣3个积分，外文每篇扣5个积分，难度较高的图书章节或专利标准可能扣8个积分。 全文推送：一般不推送到注册邮箱，需要上平台获取。,在“统一检索”、“咨询列表” “原文请求检索”三个入口均可申请,检索不到的文章，可转向 “原文请求”（表单式）,全文的推送结果需要到平台中下载，一般不推送到邮箱.,第三级保障,求助：论坛求助，文献互助， 如丁香园，小木虫等等 求助：向作者求助 应助速度不稳定，时快时慢。 购买：建议优选国家科技图书文献中心NSTL（注册登录网上支付）。其它平台慎选，如淘宝,第四级保障,委托图书馆员服务：通过以上各级保障体系提供原文。 另外，我校已建立文献传递协议合作关系4家单位： 中国医学科学院 中国科学技术信息研究所 国家图书馆 中国高校人文社会科学文献中心（CASHL） 收费额度取决于协议单位，本馆未收中间费用。 TEL：37103339， 37103336,对读者的原文获取建议,自 助 服 务,委托 服 务,对读者的原文获取建议,自助服务： 多用第一级保障（订购数据库） （使用PubMed或其它摘要库“发现”链接到全文，或用GOOGLE“发现”链接到全文） 网上OA资源 （通过GOOGLE、PubMed等“发现”链接到全文或登录OA期刊官网） 全国图书馆参考咨询联盟 尝试：省科技图原文传递服务+文献求助+NSTL购买 委托服务：自助服务解决不了的问题。(四级保障),第三部分 关于引文索引 常用的国内外期刊评价体系,三、关于引文索引数据库,引文索引产生的初衷：查找文献引用、科学研究的脉络、热点和证据链。 科研评价工具是副产品，是以“引用代表学术影响力”这一假设为前提的。,医学/自然科学领域 常用的期刊评价体系（工具）,SCI（印刷版/光盘版/核心版，网络版/扩展版） EI（印刷版/光盘版/核心版，扩展版） CPCI-S/原名ISTP（印刷版/光盘版/核心版，扩展版） CJCR科信所，科技核心（核心版+扩展版） 北大核心 CSCD（中国的SCI）（核心版+扩展版）,科学引文索引，SCI,主办机构：美国科学技术情报所，ISI 收刊量：8000种左右（扩展版，网络版，SCI-E） 3700种左右（核心版，印刷版）,汤森-路透公司的“知识产权和科学” 官网，开放检索,SCI核心版的检索入口,SCI扩展版的检索入口,关于JCR的期刊分区,JCR（Journal Citation Report），每年6月28日左右出版，10月修订一次。报道前一年SCI和SSCI的期刊影响因子。 期刊分区：先将期刊分类，再把每类期刊按影响因子排序分区（由高至低）。 两个体系：JCR自带分区和中科院分区。 分类依据不同 分区形态不同：JCR自带分区是平均分区，中科院分区是塔形分区,关于JCR的期刊分区,JCR自带的分区,中科院的分区,JCR自带分区,原理：176个小类（详见历年JCR），各类期刊按影响因子排序，等分为4个区Q1-4。 举例： PLOS BIOL 隶属两个类： BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY和BIOLOGY PLOS ONE隶属于MULTIDISCIPLINARY SCIENCES,PLOS BIOLOGY 2013年影响因子为11.771 在JCR自带分区中隶属2个类，均位于Q1 （排序：13/291；1/85）,PLOS ONE 2013年影响因子为3.534 在JCR自带分区中隶属1个类，位于Q1 （排序：8/55）,中科院分区,自2004年开始发布；从2012年起，JCR期刊分区数据更改为网络版，最新版本为2013年版。需订购使用。 每年10月份发布。 原理：将所有期刊分为地学、天文、工程技术、管理科学、化学、环境科学、农林科学、社会科学、生物、数学、物理、医学、综合性期刊等13大类（下设174个小类）。各大类按照前3年的平均影响因子排序。上述四个分区中最确定的是第1区（5%），其他各区占比可能不太一致。 举例：2010年版医学类期刊2581种，其中第1区129种，占比为4.998%;其中PLOS MED为第1区。 2010年版生物类期刊950种，其中第1区48种，占比为5.053%；其中PLOS BIOL：5/48，PLOS PATHOG：46/48；PLOS GENET：47/48；PLOS ONE为第2区。,中科院2010版JCR分区医学第1区：共129/2581,列表前10期刊中除Physiologcial Reviews外，我馆订购的6个外文库全部涵盖。,本文发表在physiological Reviews杂志， 可通过全国图书馆参考咨询联盟快速、免费获取,PLOS ONE 在生物学第2区，排名90/112,中文核心期刊要目总览/“北大核心”,北京大学，有1992，1996，2000，2004，2008，2011版本 2011年版：全部学科共1982种核心刊，占我国正式出版期刊的20%。其中医学248种，据该工具介绍，也相当于该学科总出版量的20%（推算：我国现在正式出版的医学期刊量约1240种，active journals）。 医学核心刊占全科学科核心刊总数的12.5% （248/1982）,中国科技期刊引证报告/“科技核心”，Chinese S&T Journal Citation Reports,CJCR,中国科学技术信息研究所主办，科学技术文献出版社 2014年：扩刊版6345种刊，其中医学1050种左右。核心版1919种刊，其中医学核心刊约667种。医学核心刊占全部核心刊的34.8%（667/1919）。（另外，按前面推算的1240种中文医学刊计算，约占本学科全部刊的54%） 除少数管理学期刊外，基本无人文社科类期刊。,科技会议录索引，CPCI-S/原名ISTP （印刷版/光盘版/核心版，扩展版/网络版）,美国科学情报研究所ISI编辑，英文全称：Conference Proceedings Citation Index - Science 该索引收录生命科学、物理与化学科学、农业、生物和环境科学、工程技术和应用科学等学科的会议文献，包括一般性会议、座谈会、研究会、讨论会、发表会等。其中工程技术与应用科学类文献约占35%，其他涉及学科基本与SCI相同。 通常所说的“三大索引”之一。,关于EI-Engineering Village平台,美国工程索引，Engineering Index 70多个国家的近6000种刊（扩展版，网络版，EI compendex+pageone），其中3600刊（核心版，光盘版，印刷版, EI compendex） “三大索引”之一,关于CSCD（中国的SCI）,中国科学引文数据库（Chinese Science Citation Database，简称CSCD）创建于1989年，由中科院文献情报中心创办。 收录我国自然科学领域数学、物理、化学、天文学、地学、生物学、农林科学、医药卫生、工程技术、环境科学和管理科学等领域出版的中英文科技核心期刊和优秀期刊。 2015-2016年度收录来源期刊1200种，其中中国出版的英文期刊194种，中文期刊1006种。中国科学引文数据库来源期刊分为核心库和扩展库两部分，其中核心库872种（C为标记）；扩展库328种（E为标记）。查询： 据2012年卷的期刊引证报告（即2011年收录期刊，共1124种）：医药卫生期刊247种，生物科学期刊91种（有交叉，如中国医药生物技术分属上述两类）。医学期刊量与北大核心相当。 该库已整合到Web of Knowledge平台，可以与SCI一起实现检索。,学术评价时比较公认的版本,SCI：扩展版/网络版（全学科共8000左右种刊，按中科院分类，医学相关刊有2500多种） EI：核心版/光盘版（工程类共3500左右刊） ISTP（CPCI-S）：网络版 科技核心的核心版（全部自然科学共1900多种刊，医学667种刊） CSCD（中国的SCI）：核心+扩展（医药247种刊，生物科学91种刊） 北大核心（各学科/自然+人文社，共1900多种刊，医学刊248种）,第四部分 单篇论文的评价,关于单篇论文的学术评价 （article-level assessment/metrics）,1、引用频次 2、全球排名（与ESI的percentile等基准线比对） 3、F1000（医学和生物学领域专家对论文的专业评价），PubMed可以筛选出来。 4、关注ALT的发展,1、文章的引用频次,目前各类中外文数据库基本都有本库收录范围内的引用统计。 外文方面： SCI(引用次数少)，8000种左右刊。偏北美。 Scopus（适中），2万多种刊。Elsevier公司开发，与SCI竞争。在获取欧洲及亚太地区文献方面更有优势。 Google（多、杂、重复）,2、文章的全球排名,本文影响力高于（或低于）全球平均水平 本文影响力进入全球的前X% 本文是高被引论文(highly cited paper)：发表于十年内各领域中被引用次数Top 1%的文章。 本文是热引论文(hot paper)：发表于两年内最近两个月被引用次数为各领域Top 0.1%的文章,基本科学指标ESI: Essential science indicators,是基于以往10年SCI和SSCI数据 的科研评价工具。 对全球的科学家（scientists）、机构(institutes)、学科领域(fields)、论文(articles)等进行评价。 ESI的产生使article-level assessment 成为可能。,我校临床医学（clinical medicine）进入全球前1%(按总被引频次排位) 2014年7月15日：1466/3224(前45.5%)； 2015年4月24日：1377/3581（前38.5%）,ESI的average citation rates,分析： 1、不同学科的期刊影响因子没有可比性 2、期刊影响因子（journal-level assessment）不能等同于单篇论文的被引频次和影响力(article-level assessment),举例： Journal of The American Mathematical Society,IF2012=3.567,数学高水平期刊 Pediatric Infectious Disease Journal, IF2012=3.569，免疫学相对较低位的期刊,ESI的topX的percentile：22个类，10年2个月， 6档基线：top0.01%,0.1%,1%,10%,20%,50%,续:ESI的topX基准线：22个类，10年， 6档基线： top0.01%,0.1%,1%,10%,20%,50%,论文的全球排名,以上基线，为各领域（22个）单篇论文与全球平均影响力水平，全球top0.01%, 0.10%, 1.00%（the highly-cited paper）, 10.00%, 20.00% and 50.00%影响力等相比较提供了依据。 方法：先获取SCI中的引用频次，再对照上述表格，获取全球排名。 举例：Immunology领域某篇论文发表于2009年，至今被引频次为50次，请问其全球影响力排名是？如果这篇文章是2013年发表的，排名又是多少？,3、文章是否进入F1000，评语及评分,Faculty of 1000,创建于2002年，是由英国BioMed Central出版的一种新型在线评价和辅助研究工具，由来自全球的生物医学领域的几千个专家主要就PubMed推荐出高水平的论文，并给予评语和评分。 是专家的同行评价，与核心期刊、SCI等是否收录无关。 近10年，推荐量约占PubMed 总量的1.2%;据多次实验和文献研究：基础比例高于临床。 0.1%-3.1% 与PubMed整合，可通过filters进行定制，但在PubMed平台只能看到是否被F1000收录，看不到评语及评分信息（需订购F1000数据库）。,意义： 1、“好”中之好的顶尖论文 2、另外一种“好”论文的发现机制（约12%的F1000论文，为非SCI或核心期刊论文）。有助于弥补上述文献计量学评价的不足。,目前最高分的一篇文章， 55分（获20个专家推荐），发表在Nature，2005年（鼠耳芥），new finding,评分机制： Good: (1分) Very Good: (2分) Excellent: (3分) 不同专家的分数进行累加,为总分,广医目前被F1000推荐9篇论文,这9篇论文在PubMed中也能获取,F1000(9),F1000数据库：广医F1000论文评