DnaSP使用说明(翻译).pdf

DnaSP 使用说明（翻译） 2008-06-12 16:19 1. 打开 DnaSP，出现动态 DNA 图像，点击画面任何一处即会静止，再点击又呈现动态；点 file 标签，出现空白画面. - 2. 点 file-open data file, 选择要打开的文件（FASTA, MEGA, NBRF/PIR,NEXUS and PHYLIP 等格式）后，出现一个 小窗口，描述了所打开序列数据的总的核苷酸数目，序列数目等。点 close,如果想在稍后重新打开这个窗口，可以点 Display-Data info. - Generated by Foxit PDF Creator Foxit Software For evaluation only. 3. Display-view data,查看对比序列. Generated by Foxit PDF Creator Foxit Software For evaluation only. Generated by Foxit PDF Creator Foxit Software For evaluation only. 4. 计算核苷酸多态性：点 Analysis-DNA polymorphism, 出现一个选项卡供选择要分析序列的全长或某一区段(Region to Analyze)和运算法则(options)等;如果想知道在整个序列的哪一段多态性较高， 可以在sliding window点中compute 进行选择。如果只打开了一个序列，则会出现要求选择多个序列进行分析的提示框. Generated by Foxit PDF Creator Foxit Software For evaluation only. - 5. 中性检验 点击 Analysis-Tajimas test 该检验的目的是鉴定目标 DNA 序列在进化过程中是否遵循中性进化模型。大多数由自发突变造成的分子差异不会影响 到个体适宜度，推论指出基因进化根本上是通过遗传漂变来实现的。 Generated by Foxit PDF Creator Foxit Software For evaluation only. Generated by Foxit PDF Creator Foxit Software For evaluation only. Generated by Foxit PDF Creator Foxit Software For evaluation only. Tajimas D 统计将序列分离位点数和两两序列差异平均数的估计进行对比。在固定规模的试验群体中，如果这两个估 计值相等，则只存在遗传漂变；反之，则是存在另一种选择方式影响了群体基因序列。 Tajimas D 统计值为正值时说明序列进化方式为平衡选择，且有一些单倍型分化；负值时为负向选择。 （Tajima Test（Tajimas D）是由日本学者 Fumio Tajima 在 1989 年提出的。该检验的目的是鉴定目标 DNA 序列在 进化过程中是否遵循中性进化模型。进行 Tajima 检验时，要求提供至少由三条同源序列组成的 alignment。Tajima 检 验将计算并标准化目标序列 alignment 中每条序列的分离位点数目（number of segregating sites）以及每条序列的 核苷酸多样性的值。如果这两个值在统计上被认为差异显著，则拒绝零假设（the null hypothesis），认为目标序列 的进化不遵循中性模型，反之，则接受零假设，认为目标序列在进化上遵循中性模型。 实际计算时，Tajima 定义了 D，作为统计检验量，因此该检验又被称为 Tajimas D。 在实际工作中，可以用软件 MEGA 4 或