OLEX2使用方法.pdf

OLEX2 Tips 2009.08.05 1. 关于 OLEX2 的安装、引用和更新2 2. 快捷键操作.2 3. 历史记录.3 4. 背景文字的显示.3 5. 原子标签显示.4 6. Q 峰显示.4 7. 删除 Q 峰4 8. 显示晶胞.5 9. pack 模式显示6 10. 截图.7 11. 显示 wilson plot7 12. 查看空间群信息.7 13. 坐标数据显示.8 14. 倒反操作.9 15. 显示点线面距离和夹角（sel）10 16. 选择平面及二面角.11 17. 原子傅立叶转换分析（检查原子种类）.11 18. GUI 问题 12 1. 关于关于关于关于 OLEX2 的安装的安装的安装的安装、引用和更新引用和更新引用和更新引用和更新 1.1 OLEX2 的安装 可以在 网站免费下载安装程序，运行此程序后可自动通过网络下载 OLEX2 并安装（ /olex2-distro/1.0/installer.exe ） 。也可以直接下载 （/olex2-distro/1.0/olex2.zip）后将这两个文件放在一个目录下，并运行 installer.exe。 1.2 如何引用 OLEX2 O. V. Dolomanov, L. J. Bourhis, R. J. Gildea, J. A. K. Howard and H. Puschmann. “OLEX2: a complete structure solution, refinement and analysis program“. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339-341. 1.3 OLEX2 的更新 OLEX2 可以自动通过互联网更新。点击 HelpUpdate options（图 1） ，可以在弹出菜单中 选择自动寻找更新频率和关闭自动更新功能。 图 1 2. 快捷键操作快捷键操作快捷键操作快捷键操作 F2 切换背景颜色 F3 显示/隐藏原子标签 F4 显示梯度变化的背景颜色 F5 激活 work 标签 F6 激活 view 标签 F7 激活 tools 标签 F8 激活 info 标签 ESC 取消选择或退出当前 MODE 操作 Ctrl-A 选择所有 Ctrl-G 进入 grow 模式 Ctrl-H 显示/隐藏 H 原子 Ctrl-Q 切换“不显示 Q 峰/显示独立的 Q 峰/显示连 接的 Q 峰”显示模式（见 4.Q 峰的显示） Ctrl-R 精修 Ctrl-T 切换“显示/隐藏分子和背景文字”模式 Ctrl-Z 撤销操作 3. 历史记录历史记录历史记录历史记录 在 workHistory 中可回到对当前数据的每次求解和精修历史状态。不必手动保存 ins or res 文件。 图 2 4. 背景文字背景文字背景文字背景文字的显示的显示的显示的显示 点击 tools 菜单下 Settings，可以看到 Lines of text 选项（图 3） 。在此可以选择背景文字显示 行数。选择 1 即为不显示背景文字。 图 3 5. 原子标签显示原子标签显示原子标签显示原子标签显示 按 F3 可以在原子标签显示与隐藏之间切换。 输入 labels qi 可以显示 Q 峰强度。 输入 label o1 将生成一个可移动标签 o1。 6. Q 峰峰峰峰显示显示显示显示 在图 4 左图的状态下，按 CtrlQ 可以隐藏 Q 峰（图 4 中图） ；再按 CtrlQ 可以显示 Q 峰（图 4 右图） ，但是没有显示 Q 峰连接；第三次按 CtrlQ 可以显示 Q 峰连接，回到与左图相同的状 况。 图 4 7. 删除删除删除删除 Q 峰峰峰峰 在命令输入行处（见图 标识处）输入 kill $q 可以删除所有 Q 峰。这与 Ctrl+Q 不同，Ctrl+Q 只是显示/隐藏 Q 峰，kill $q 是删除 Q 峰。 图 5 8. 显示晶胞显示晶胞显示晶胞显示晶胞 在命令输入行处输入 cell 可以显示晶胞。 输入 basis 可以显示方向。红a 绿b 蓝c 图 6 9. pack 模式显示模式显示模式显示模式显示 输入 mode pack 可以显示堆积模式（图 7） 。每个红色四面体代表一个分子，单击它可以显 示此处分子（图 8） 。按 ESC 键退出 pack 模式。 图 7 图 8 10. 截图截图截图截图 在命令输入行输入 pict name.jpg 3 pq 可截图为 name.jpg 文件并保存在当前数据目录下。 Pict 的格式为，pict name.jpg resolution pq。Name.jpg 为输出文件名， resolution 为 1 到 10， 10 为最大分辨率。 pq 为设定输出图像质量。 11. 显示显示显示显示 wilson plot 输入 wp，将弹出显示 wilson plot 的窗口。图中箭头所指为当前数据的E21。 图 9 12. 查看查看查看查看空间群空间群空间群空间群信息信息信息信息 sg 可以显示当前空间群选择信息。可通过 text 命令用记事本来查看输入文字（即背景文字） （图 10） 。也可以通过 Page up 和 page down 来对背景文字进行翻页。 图 10 sginfo spacegroup 可以查看选定的空间群信息。如 sginfo p212121。 （图 11） 图 11 13. 坐标数据显示坐标数据显示坐标数据显示坐标数据显示 单个原子选定后，输入 echo ccrd(sel) 可显示所选原子坐标（图 12） 。 图 12 选定两个原子后，输入 echo ccrd(sel)可选择两个原子中心坐标（图 13） 。 图 13 14. 倒反倒反倒反倒反操作操作操作操作 输入 inv 可以对中心对称空间群结构进行倒反操作。 inv f 可强制对非心空间群结构进行倒反操作（图 14） 。 inv f 前 inv f 后 图 14 15. 显示点线面距离和夹角显示点线面距离和夹角显示点线面距离和夹角显示点线面距离和夹角（sel） 选定两个原子，输入 sel，即可显示两个原子之间距离（图 15 左）或将鼠标放在其中一个 原子上（图 15 右）。 图 15 选定三个原子，输入 sel，即可显示三个原子形成的角度（图 16 左）或将鼠标放在其中一 个原子上（图 16 右）。 图 16 选择四个原子，输入 sel 可显示出所构成的所有角和原子间距离数据（图 17 左）或将鼠标 放在其中一个原子上（图 17 右）。 图 17 16. 选择平面选择平面选择平面选择平面及二面角及二面角及二面角及二面角 选择三个原子，输入 mpln sel，即可构成一个平面（图 18） 图 18 当构建两个平面后，同时选择这两个平面（变绿） ，输入 sel，即可得到两个平面间夹角（图 19） 图 19 17. 原子傅立叶转换分析原子傅立叶转换分析原子傅立叶转换分析原子傅立叶转换分析（检查原子种类检查原子种类检查原子种类检查原子种类） 输入 fata 可对原子进行傅立叶分析。如将一个 O 改为 S（S0aa）后，运行 fata() (对所有原 子检查)，发现得到较大负值数据，说明此处原子序数应该比 S 小。反之，正值说明此处原 子序数应该比 S 大。此项功能仍在测试阶段。 图 20 18. GUI 问题问题问题问题 如果