高通量测序在医学中的应用百迈客.ppt

高通量测序在医学研究中的应用,传统研究思路的局限,猜想式的研究,需要大量先期知识只能研究已知位点结果评估容易受预判影响,高通量测序技术带来新的思路,基因变异,基因,基因变异,全基因组重测序,检测全基因组范围内所有突变类型,基因突变,外显子组测序,Whole-exomesequencingofgallbladdercarcinomaidentifiesrecurrentmutationsintheErbBpathway,材料与方法：57对胆囊癌患者的癌组织和相应的癌旁正常组织，外显子组测序。Illumina测序平台,案例分析,胆囊癌相关基因变异及其致病机理,TP53、ERBB3基因在胆囊癌病人中出现CT碱基的高频颠换，颠换率分别为47.1%、11.8%,胆囊癌ErbB信号通路,Loss-of-FunctionMutationsinAPOC3,Triglycerides,andCoronaryDisease,材料与方法：57对胆囊癌患者的癌组织和相应的癌旁正常组织，外显子组测序。Illumina测序平台,案例分析,胆囊癌相关基因变异及其致病机理,甲基化测序,DNA甲基化过程会将甲基(-CH3)添加到DNA分子的胞嘧啶环的5碳上。甲基化能在不改变DNA序列的前提下，使甲基化的基因沉默化。,DecodingtheregulatorylandscapeofMedulloblastomausingDNAmethylationsequencing,材料与方法：34个人成神经管细胞瘤组织及8个正常组织对照。Illumina测序平台,案例分析,成神经管细胞瘤是一种高度恶性原发性脑肿瘤,整体甲基化水平,CpGs甲基化水平,Non-CpGs甲基化水平,甲基化抑制基因表达,差异甲基化基因,甲基化水平的改变影响很多成神经管细胞瘤相关基因（如RUNX2）及一些新发现的基因（如LIN28b），这些甲基化水平的改变与相应基因表达水平相关，可能是肿瘤发生发展的重要原因。,染色质免疫共沉淀测序,筛选调控蛋白靶位点,分析内容,靶基因注释,分析内容,High-resolutionchromatinimmunoprecipitation(ChIP)sequencingrevealsnovelbindingtargetsandprognosticroleforSOX11inmantlecelllymphoma,材料与方法：套细胞淋巴瘤细胞株Granta-519等、套细胞淋巴瘤病人组织、正常细胞系。染色质免疫共沉淀测序。Illumina测序平台,案例分析,套细胞淋巴瘤SOX11蛋白作用,非编码RNA测序,Braveheart,aLongNoncodingRNARequiredforCardiovascularLineageCommitment,研究目的：探究LongNoncodingRNA对于心血管功能的调控作用。材料与方法：对小鼠多分化阶段的胚胎干细胞与成年小鼠大脑、肝脏和骨骼肌肉组织进行长链非编码RNA测序。Illumina测序平台。,案例分析,研究结果：,鉴定出了47个在ESCs中高表达但在其他三种组织中中等表达的lncRNA，一种lncRNA在心脏组织中表现出高表达的现象，将其命名Braveheart。经分析bvht（AK143260）是一种包含三个外显子的590nt长的转录本。,Bvht在心血管基因共表达网络的激活中不可缺少。,与对照组比较，沉默bvht之后0、3、6、9天后组织中表达量改变3X以上基因转录本热图,差异表达基因KEGG信号通路注释,转录组测序,具体医学研究中解决方案的选择,IlluminaHiseq2500