蛋白质组学研究方法.ppt

蛋白质组学研究方法,1,.,1.蛋白质组学简介,概要,3.质谱分析鉴定,2.蛋白质的分离,2,xx,组学时代（Ageofomics）,1.蛋白质组学简介,3,xx,从基因组学到蛋白质组学,1.蛋白质组学简介,4,xx,什么是蛋白质组（学）？,蛋白质组(proteome=protein+genome)：一种细胞、组织或生物体所表达的全套蛋白质，具整体性和动态性。蛋白质组学(proteomics)：研究细胞组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。,1.蛋白质组学简介,Tip：蛋白质组学是研究领域和方向，也是研究工具和策略,5,xx,蛋白质组学研究思路,表达蛋白质组功能蛋白质组蛋白质与蛋白质的相互作用结构蛋白质组蛋白质组与基因组、转录组、糖组、代谢组间的相互关系,1.蛋白质组学简介,6,xx,蛋白质调控及功能实现的复杂性,mRNA,Protein,Ribosome,DNA,Polypeptide,tRNA,1.蛋白质组学简介,7,xx,蛋白质组学研究特点,1.蛋白质组学简介,8,xx,蛋白质组学研究内容,1.蛋白质组学简介,9,xx,蛋白质组学研究常用技术,1.蛋白质组学简介,10,xx,蛋白质的分离策略,2.蛋白质的分离,11,xx,总蛋白质的提取（植物）,三氯乙酸（TCA）-丙酮法苯酚法裂解液法尿素/硫脲法KCl-醋酸铵甲醇法改良丙酮沉降法硫酸铵沉降法直接提取法等,2.蛋白质的分离,12,xx,等电聚焦（Isoelectricfocusing,IEF）,原理：根据蛋白质的等电点进行蛋白分离,2.蛋白质的分离,13,xx,固相pH梯度(ImmobilizedpHgradiet,IPG)胶,在IPG胶中，丙烯酰胺缓冲液通过乙烯键共价聚合至固体凝胶聚丙烯酰胺骨架中而形成pH梯度。通过这种方式生成的IPG不会发生电渗透作用，因而可进行稳定的IEF分离达到真正的平衡状态。,丙烯酰胺缓冲液:CH2=CH-CO-NH-R,R：羧基或叔胺基,固相凝胶,2.蛋白质的分离,14,xx,不同pH和长度的IPG胶（以BIO-RAD的ReadyStripIPG胶条为例）,相对聚焦功率表示在使用不同长度或pH范围的IPG胶条时，在第一维中预期获得的增强的分辨率。为7cmpH310IPG胶条任意分配基线聚焦功率1.0以便计算其他胶条的相对聚焦功率,2.蛋白质的分离,15,xx,宽pH、窄pH范围胶条,宽pH梯度胶条应用：整个蛋白图谱窄pH梯度胶条应用：提高分辨率增加样品上样量检测分析更多蛋白,2.蛋白质的分离,16,xx,SDS-PAGE(SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳),根据蛋白质的分子量进行蛋白分离。同普通SDS-PAGE类似，只是一般在垂直电泳系统中无需浓缩胶。,2.蛋白质的分离,17,xx,2-DE实验操作,2.蛋白质的分离,18,xx,蛋白质检测,适用于质谱的染色方法考马斯亮兰染色：灵敏度为10-30ng，所需试剂少，操作简便，无毒性，染色后背景及对比度好，与下游质谱兼容，线性程度好。银染：灵敏度为200pg，但其线性很差。普通银染过程中因醛类的特异反应，而与下游质谱不兼容。荧光染色：SYPRO染料，与银染相比灵敏度相当，操作简便；但价格昂贵。,2.蛋白质的分离,19,xx,电泳图谱分析,典型流程凝胶图像的扫描图像加工斑点检测和定量凝胶配比数据分析数据呈递和解释2-DE数据库的建立,常用软件PDQuestImageMaster2DElite(MelanieTM),2.蛋白质的分离,20,xx,感兴趣蛋白点的切取,灭菌的0.2ml枪头前端剪去2cm左右，用此枪头垂直戳向凝胶上的蛋白点，旋转枪头直至将胶点取下。注意避免污染。,2.蛋白质的分离,21,xx,双向凝胶电泳（2-DE）优缺点,优点：分离能力高，技术比较成熟可同时提供等电点和分子量信息,缺点：不易获得低丰富度或者特殊（过酸、过碱、难溶膜蛋白等）的蛋白操作繁琐，难以实现自动化,2.蛋白质的分离,22,xx,荧光差异双向电泳(2D-DIGE),在传统2-DE基础上引入三种荧光标记(Cy2、Cy3和Cy5)分别对内标（各样品的等量混合）和样品进行标记，实现不同蛋白样品的同时分离、单独成像、提高了重复性及结果的可靠性。,2.蛋白质的分离,23,xx,2D-DIGE中内标的重要性,以样品中的蛋白点与其内标的比值作为其定量数据使不同凝胶之间的点的分析和定量更加精确使不同凝胶之间的匹配更加可信使实验间的误差与样品之间的差异区分开来,分析说明：1)在没有内标的情况下，我们通过AB两块胶的分析，会得出结论：图中红色圆环所标记的蛋白质点在处理组(样品3和样品4)表达量增高；2)通过内标的校正，我们可以证明，这实际上是由凝胶之间的误差造成的，并不是样品之间的真实差异。,2.蛋白质的分离,24,xx,多维液相色谱,亲和色谱（AC）离子交换色谱（IEC）反相高效液相色谱（RP-HPLC）,顺序使用基于不同物理化学分离原理的多种色谱技术能够为复杂蛋白质或多肽混合物的分析提供足够分辨率，并能够直接同质谱仪连用，实现样品制备分离到质谱鉴定的自动化。或者色谱技术与2-DE结合使用。,起始材料,蛋白质的溶解,酶解消化,肽段混合物,亲和色谱富集（AC）,第一维：IEC第二维：RP-HPLC,ESI-MSESI-MS/MS,收集组分,2.蛋白质的分离,25,xx,iTRAQ标记定量技术,iTRAQ（isobarictagsforrelativeandabsolutequantitation,同位素标记相对与绝对定量技术）技术是由ABI公司于2004年开发，其标签试剂可与氨基（包括氨基酸N端及赖氨酸侧链氨基）反应实现连接。最多可标记八种不同样品，蛋白覆盖率高，定量准确，可信度高，数据丰富。,2.蛋白质的分离,26,xx,iTRAQ标记试剂,2.蛋白质的分离,27,xx,iTRAQ标记定量原理,2.蛋白质的分离,28,xx,iTRAQ操作流程,2.蛋白质的分离,29,xx,iTRAQ技术特点,通量高：可一次实现最多8次样品的分离分析重复性好且定量准确：所有样品的分离鉴定条件完全一致，保证了实验重复性，同时增强定量的准确性分辨率高：可与最高分辨率的LC-MSMS技术结合，实现对低丰度蛋白的定量定性数据丰富：可以获得检测到的所有蛋白的定性和定量信息自动化程度高：以高分辨率液质联用为基础，自动化操作，分析速度快,2.蛋白质的分离,30,xx,质谱（MS）鉴定,质谱仪：能够测量真空中离子的质荷比（m/z）的仪器根据m/z可以准确确定待测样品的分子质量，从而确定其分子组成,质谱仪的主要构成,3.质谱分析鉴定,31,xx,蛋白质组学中常用的质谱仪,ESI-三重四级杆MSLC-ESI-MS/MSMADLI-TOF(/TOF)MS：价格便宜，应用最广泛OrbitrapMS：新技术，更高的质量分辨率和质量精度,3.质谱分析鉴定,32,xx,质量指纹图谱,肽质量指纹图谱（PMF）：蛋白质被具有特异性切割位点的蛋白酶降解后产生的多肽的质量通过MS进行测定得到MS图谱。由于每个蛋白质所含氨基酸序列不同，因此其PMF也是独一无二的。MS/MS(串联质谱)蛋白鉴定：在PMF基础上选择部分片段进行破碎并获得碎片质量图谱与理论图谱进行比较实现蛋白匹配鉴定。,3.质谱分析鉴定,33,xx,基于质量指纹图谱鉴定蛋白质,通过将实验测得的质量图谱在蛋白质数据库中检索，寻找具有相似肽谱的蛋白质。,3.质谱分析鉴定,34,xx,数据库检索,3.质谱分析鉴定,检索工具软件：Mascot，Profound，PeptIdent，PepSra等数据库：NCBI、SWISS-PROT、Un