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文档简介

生物信息学应用基本知识,(一)序列比对,主要数据库(Database),NCBI美国国立生物技术信息中心,EMBL,欧洲分子生物学实验室,DDBJ,共同构成了国际核酸序列数据库,这三个组织每天交换数据,日本核酸数据库,序列格式,常用的几种序列格式:NBRF/PIRFASTAGDE1.NBRF/PIRPr序列以”P1”开头Nu序列以”N1”开头2.FASTA格式以”为开始标记3.GDE格式以”%”为开始标记其中最常用最常见的是FASTA格式,序列下载,1.NCBI简介,PubMed书目文献数据AllDatabases多结果检索BLAST序列比对工具OMIM孟德尔遗传在线BOOk在线图书检索TaxBrowser分类数据库Structure结构数据库,2.序列检索,选择检索类型检索信息(Acor/andkeywords),3.检索结果,选择核酸类型点击选中序列,保存序列信息,比对(一),多序列联配ClustalW,Results,PC版clustalW,构建系统树,1.利用ClustalW(EMBL)分析结果得出。2.利用ClustalW结果文件（后缀为aln）,利用treeview、drawview、Phylip等软件进行视图。3.利用meg3.1等软件进行比对分析。4.利用ClustalW结果文件（后缀为aln）转化为meg格式，在MEG3.1中进行各种tree的绘制。,进化树类型,进化树,建树算法,简约法（parsimony）,距离法（distance）,最大可能算法（Maxiumlikelihood）,最小进化法（MinimumEvolution）,除权配对法（UPGMA）,邻位相连法（Neighbor-Joining）,常用建树方法,Meg3.1应用,.Meg3.1安装.格式转换将多序列联配结果（aln文件）
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