生物医学信息检索与利用.ppt

MEDLINE光盘数据库检索与利用,主要内容,1.Medline数据库介绍2.WinSPIRS简介3.数据库的组成结构4.WinSPIRS检索界面5.检索方法与技巧6.检索练习,MEDLINE数据库,美国国立医学图书馆（NationalLibraryofMedicine,NLM）编辑出版MedicalLiteratureAnalysisandRetrievalSystemOnline,MEDLINE数据库,1.数据库的类型：书目型数据库2.收录5240多种世界范围的生物医学期刊，范围涉及70多个国家和地区，40多种语言的文献，以期刊文献为主3.学科范畴：基础医学、临床医学、实验医学、公共卫生学、药理学和药学、牙科学、护理学等。,数据库的组成结构,数据库的组成结构是指该数据库的每条记录是由哪些部分组成。MEDLINE光盘数据库是由许多记录组成的，一条记录就是一篇文献，每条记录又是由若干字段组成的。,TI:GOLEM-multimediasimulatorformedicaleducation.AU:Kofranek,-J;Vu,-L-D;Snaselova,-H;Kerekes,-R;Velan,-TAD:DepartmentofPathologicalPhysiology,1stMedicalFaculty,CharlesUniversity,Prague,CzechRepublic.kofranekcesnet.czSO:Medinfo.2001;10(Pt2):1042-6JN:Medinfo-IS:1569-6332PY:2001LA:EnglishCP:NetherlandsAB:WecreatedmultimediamedicaltrainingsimulatorGOLEMforlearningdiagnosticsandtherapyofthecriticalclinicaldisorders.Thetheoreticalbasisofthesimulatoristhemathematicalformulationoftherelationshipofhomeostasisoftheinternalenvironment(acid/baseandelectrolyteequilibrium,oftransportofbloodgases,ofosmoticandvolumehomeostasis),respiration,circulationandkidneysincludingregulatoryinfluenceofrelevanthormonesandtheinfluenceofsometherapeuticprocedures.Mathematicaldescriptionconsistsof39non-lineardifferentialequationsandcontaining89inputand179outputvariables.ForthedevelopmentofthesimulationmodelsdeveloperstoolsfromMathWorks(MatlabandSimulink)hasbeenused.Theintegrationofthemultimediacomponents,hypertextandsimulationmodelsinterfacewasachievedbyusingControlWeb,developedbyMoravianInstruments,originallydesignedforlongdistancecontrolsusingPCandInternet.Wehaveusedoursimulatorasanefficienteducationaltooltohelpmedicalstudentslearncirculatory,respiratory,acid-base,electrolyte,osmoticandvolumedisordersandtrainthediagnosticandtherapeuticdecisionsbyexecutingsimulatedinterventionsonvirtualpatients.MJME:*Computer-Simulation;*Computer-Assisted-Instruction-methods;*Education,-Medical-methods;*Homeostasis-;*Multimedia-MIME:Acid-Base-Imbalance-diagnosis;Acid-Base-Imbalance-therapy;Hypermedia-;User-Computer-Interface;Water-Electrolyte-Imbalance-diagnosis;Water-Electrolyte-Imbalance-therapyTG:Humans;Research-Support,-Non-U.S.-GovtPT:Journal-ArticleSH:diagnosis;therapy;methodsJC:Medical-InformaticsSB:Index-MedicusUD:20041117DA:20011017DR:20041117CD:20020214RO:National-Library-of-MedicineAN:11604890PI:Citationprocessedfrom:PrintJournalavailablein:PrintXREC:ABSTRACT(AB),Medline记录实例,MEDLINE光盘数据库的结构,记录,字段,标识符字段名称属性TITitle(篇名)AUAuthor(著者)ADAddressofAuthor(地址)SOSource(文献来源)PYPublicationYear(出版年)*LALanguage(语种)*CPCountryofPublication(出版国)*ABAbstract(文摘)XRECRecordFeatures(记录特征)*MESHMedicalSubjectHeadings(医学主题词表)MIMEMinorMeSHHeadings(次要医学主题词表)MJMEMajorMeSHHeadings(主要医学主题词表)SHSubheadings(副主题词)*PSPersonalNameasSubject(人名主题词)CNContractorGrantNumbers(合同号或基金号),标识符字段名称属性RNCASRegistryNumber(化学物质登记号)NMNameofSubstance(物质名称)ISInternationalStandardSerialNumber(国际标准刊号)*TGChecktages(特征词)*ANAccessionNumber(存取号)*UDUpdatecode(更新代码)*SISecondarySourceIdentifier(第二次文献来源标识)SBSubset(子集)*CMComments(评论)GSGeneSymbol(基因号)PTPublicationType(出版类型)*带*为限制性字段，其他为基本字段或默认字段,WinSPIRS简介,WinSPIRS是美国银盘公司基于Windows平台开发的适用于该公司所有光盘数据库的专业信息检索软件。WinSPIRS的含义是SilverplatterInformationRetrievalSystemforWindows。WinSPIRS是一个用户界面友好的易操作软件。它的检索功能强大，检索文献时，提供多种检索入口和检索方案，给用户以很大的自由度和灵活性，查全率与查准率较高。,WinSPIRS的检索界面,主要有5个界面：1.数据库选择屏；2.数据库版权页；3.检索屏；4.索引屏；5.叙词屏。,数据库选择屏,是供我们选择检索文献时间范围的一个界面。有两个对话框，第一个框列出了时间范围(choosefromthesedatabase,选择这些数据库)；第二个框用来添加数据库时间范围(usethesedatabase,使用这些数据库)用“add”按钮实现选择，即从第一个框选出的范围添加到第二个框来选择。“remove”按钮可以更改数据库的时间范围，选好后点击“OK”按钮，就能实现。,数据库版权页,该页也有两个框，第一个框介绍数据库信息：数据库出版信息、涉及的学科内容、银盘公司的网址等。第二个框介绍银盘公司的法律责任，点击“OK”按钮进入数据库，点击“Next”、“Previous”可浏览其他数据库信息。,检索屏,主要的检索途径和过程都在这个界面下完成。第一行是菜单栏；第二行是按钮栏；第三行是检索词输入栏；第四行是检索史显示区，其中列有No.记录号、record记录数、Search检索词。下面有两个框，第一个框是命中结果状态区，第二个框是命中结果显示区。,命中结果显示区,检索史区,检索区,命中结果状态区,索引屏,列出了数据库中所有可以检索的词、词组或字母数字组合，它允许用词根检索，查找某个单词或词组，并浏览包含这些词的所有记录。当通过索引找到所需要的词，可以直接选择并进行检索。,叙词屏,叙词和主题词一样是规范化的检索语言，用它来检索文献可以检索结果既全面又准确。在叙词屏中输入的检索词只有是主题词才能查到文献。若不是主题词会设参见条目，必须用参见词条去检索文献。,检索技巧与方法,检索方法：1.Search屏基本检索：自由词2.Thesaurus屏主题检索：主题词3.限制性检索：Search屏状态下用限定词完成的检索。限定词：in、=,1.自由词检索,MEDLINE光盘检索过程中，如果没有特别指定叙词字段或用词表功能检索，一般的检索词都是自由词。数据库中的自由词是指出现在记录中任何字段的文献的原文词，来源于所有记录基本字段的单词、词组、数字、字符组合（禁用词除外）。,1.自由词检索,自由词检索可以在三种状态下实现：1.检索屏Search:提示符后2.命中结果显示区内3.索引屏状态下,任意的单词或词组（禁用词除外），如：AIDS连缀词组，如：Il-6词根（截词）检索，如：cardio*可以检索到cardiology，cardiologist，cardiological等词（*为截词符，代表任意个字母）带通配符“?”的单词，例如：Wom?n可检索woman或women的文献，“?”表示0或1个字母。以前的检索序号，如：#6带引号的运算符的检索，“invitro”逻辑检索式：用逻辑运算符连接检索词形成的检索式就是逻辑检索式。,(1)检索屏Search:提示符后，可输入：,WinSpirs中有以下几个逻辑运算符可进行逻辑复合检索：,逻辑“与”运算AND：检索式写成AandB，表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。AIDSandtherapy逻辑“或”运算OR：检索式写成AorB，表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。AIDSorAcquiredImmunodeficiencySyndrome逻辑“非”运算NOT：检索式写成AnotB，表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。HepatitisnotAnimal,检索举例1,肝癌的药物疗法方面的文献。1.课题分析：肝癌（livercancer）药物疗法（drugtherapy）2.列检索表达式：livercanceranddrugtherapy3.浏览检索结果：,(2)命中结果显示区内,指令Show是用来显示检索命中结果的，如果在浏览已检到的检索结果时，发现文中有更好的，更确切的词，那么你可以通过鼠标加亮该词或词组，按AddtoSearch按钮送到检索提示符Search:后进行检索。这种从显示的记录中选词再检索也称为横向检索。在横向检索中，既可以选择一个单词也可以选择一串单词（词组或短语）作为检索式。选择的短语长度不超过140个字符。,(3)索引屏状态下,索引屏所展现的是MEDLINE数据库的基本索引，又称主要倒排档。它列出了MEDLINE数据库中全部记录的所有可以检索的词、词组或字符组合。可检的索引条目包括了用户可以用以检索的任意单词、数字、字符组合、词组和短语。在索引屏状态下，用户既可以按字顺查看数据库中所有被索引的词及用连字符连接起来的术语，并允许从中选择一个或多个词进行自动检索，也可以在Index:提示符后输入一个特定的词或词根，索引会自动停留在相关的条目上。,2.叙词检索,主要在叙词屏(Thesaurus)状态下检索。叙词也可称为主题词，它是对自然语言进行规范化处理后的结果。叙词检索是MEDLINECD-ROM数据库的重要检索途径。,主题词(headings)：,直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达。如：肿瘤cancerCarcinomaTumorNeoplasm,Neoplasm,副主题词(subheadings)：,副主题词：用于对主题词的某一特定方面加以限定，强调主题概念的某些专指方面。如：治疗（therapy）、外科学（surgery）、代谢（metabolism）、诊断（diagnosis）主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。如：白血病的药物治疗leukemia/drugtherapy但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。,2.叙词检索,使用控制词表的优点之一，是可以将相似的资源集中在一起，而与各个著者在著述中所使用的词语无关。利用MeSH则可克服同义词上的问题，因此，MeSH检索要比简单的自由文本检索更为精确。叙词检索可以在两种状态下实现：（1）叙词屏Thesaurus状态下（2）检索屏Search:提示符后,(1)叙词屏Thesaurus状态下,叙词屏展示的是MEDLINE数据库特有的一个主题词表(MedicalSubjectHeadings,MeSH)。主题词表主要由三部分组成：轮排索引(PermutedIndex)所选词注释信息(TermInformation)副主题词表选择屏(SubheadingsSelection),主题词-副主题词组配,思考：肺肿瘤的诊断肺肿瘤/诊断explodeLung-Neoplasms/diagnosis,(2)Search状态下：,用符号“/”连接主题词与副主题词作为叙词检索表达式表达式为：主题词/副主题词例如：Lung-Neoplasms/diagnosis,检索举例2,维生素C治疗贫血方面的外文文献。1.课题分析：维生素C（vitaminC）贫血（anemia）2.选择MEDLINE数据库3.选择Thesaurus屏检索4.选择相应的主题词与副主题词：therapeuticusedrugtherapy5.浏览检索结果6.保存结果7.获取原文,3.限制性检索,限制符：“in”“=”在检索屏状态下，在检索词输入区内，对任意自由词可用“in”或“=”等限制符加上字段标识符指定在某个字段内检索。MEDLINE数据库的所有字段都可进行限制检索，其中限制性字段只有用这种方式检索才能发挥它的作用。,3.限制字段检索,输入格式：检索词in字段标识符字段标识符检索词所有字段都可进行限制检索，其中限制性字段只有用这种方式检索才是有效检索。“=”只能用在限制性字段“in”可以用在所有字段常用的限制性字段：PY,LA,CP,PT,XREC,SH,SB,标识符字段名称属性TITitle(篇名)AUAuthor(著者)ADAddressofAuthor(地址)SOSource(文献来源)PYPublicationYear(出版年)*LALanguage(语种)*CPCountryofPublication(出版国)*ABAbstract(文摘)XRECRecordFeatures(记录特征)*MESHMedicalSubjectHeadings(医学主题词表)MIMEMinorMeSHHeadings(次要医学主题词表)MJMEMajorMeSHHeadings(主要医学主题词表)SHSubheadings(副主题词)*PSPersonalNameasSubject(人名主题词)CNContractorGrantNumbers(合同号或基金号),3.限制字段检索范围运算符,=、=、（一般用于检索年代的限定）=(等于):PY=2006（出版年为2006年）(大于):PY2006（出版年为2006年以后）=(大于等于):PY=2006(指定范围):PY=2000-2006（出版年为2000年-2006年）,限制检索举例：,(1)篇名内检索：livercancerinti(2)文摘内检索：livercancerinab(3)出版年份(限制性字段)检索：2000inpy(4)语种(限制性字段)的限制检索：la=german或germaninla(5)作者的限制检索：han-q-dinau（hanqdinau）(6)著者通讯地址检索：pekinguniversityinad,限制检索举例：,(7)医学主题词的限制：leukemiainmesh;(8)出版类型(限制性字段)的限制检索：review*inpt;pt=review*(9)期刊名称的限制：natureinso,检索举例3,2007年，北京大学全体师生用英文发表的文章被MEDLINE数据库收录数量。1.分析课题：2007年；北京大学；英文文献2.检索表达式：PY=2007pekinguniversityinadenglishinla,检索举例4,检索我校韩启德教授2005年发表的文献#1hanqdinau#2pekinguniversityinad#32005inpy(py=2005)#4#1and#2and#3,检索技巧与方法小结,检索方法的选择Thesaurus屏和Search屏检索表达式(1)分析课题的主题内容列出中英文词或词组(2)表达式中可以使用运算符,检索结果输出,检索结果的输出方式有：显示(show)打印(print)套录(download)这三种命令都是在检索屏状态下完成的。可以用“mark”、“options”选项来标记记录和选择字段种类。,显示格式,默认的格式包括：TI、AU、SO、AB。利用Options选择自己需要的格式,浏览方式,标记,检索结果的排序：,在菜单Record选项中，选“SortRecord”命令可以实现排序。