浪潮天梭系统集群培训资料.ppt

浪潮天梭TS10K集群培训,12/17/2019,Inspurgroup,一、什么是集群？,“联结起来的计算机的集合，整个系统使用起来像一个单一的一体的计算资源”-GregPfister,InSearchofclusters,二、为什么用集群？,通俗的说，就是单一计算节点的资源已经无法满足我们的计算需求，比如内存的容量，cpu的计算能力。也许一个算例我们要计算数周甚至数月，这时候我们就需要用到集群来处理这些计算问题。,三、集群有哪些部分组成？,计算节点：承载集群的计算任务管理节点：用户登录、管理调度整个集群、任务提交等，提供对整个系统的监控管理存储节点：存储大量的计算数据，高可用，高安全,硬件架构,网络架构,网络规划,管理ip：11.11.11.100管理节点11.11.11.131计算节点11.11.11.3235io节点计算ip：10.10.10段，尾数同上IPMI网络：11.11.100.100管理节点11.11.100.101104io节点11.11.101.100第一个刀箱，对应101120，cu01cu2011.11.102.100第二个刀箱，对应101121，cu21cu31,12/17/2019,Inspurgroup,需要的条件：,1、客户端与集群连通2、客户端如果为linux可以直接ssh登录到管理节点；如果为windows系统，需要安装相应软件3、一个合法账号！4、相应操作知识积累,并行环境搭建,Linux集群并行环境主要配置以下4个服务1、rsh服务通讯服务2、ssh服务通讯服务3、nfs服务目录共享4、nis服务用户同步,并行环境搭建-rsh服务配置,rsh服务配置开启root用户对所有节点的rsh权限1、编辑/etc/hosts节点名称解析，加入所有（包括本机）节点的ip地址和对应的计算机名；此文件在一台机器上编辑完毕可以拷贝到别的节点上使用；注意127.0.0.1这一行不要动，否则会影响到服务器的正常使用。例如：11.11.11.100mu0111.11.11.1cu0111.11.11.10cu10,并行环境搭建-rsh服务配置,2、编辑/root/.rhosts和/etc/hosts.equiv，加入所有节点的计算机名例如：mu01cu01cu103、开启rsh服务：setupsystemservices*rsh*rlogin*rexec,并行环境搭建-rsh服务配置,4、编辑/etc/securetty，加入rsh，rexec，rlogin（在文件后面添加就可以）5、重起服务servicexinetdrestartrsh的配置需要在所有节点上进行。,并行环境搭建-ssh服务配置,1、在mu01上以root登录，然后运行ssh-keygentdsa，目的是简单的在/root下创建目录.ssh，当提示输入passphase时打入两次回车。这将生成/root/.ssh/id_dsa和/root/.ssh/id_dsa.pub2、在cu01上以root登录，运行ssh-keygentdsa，然后在mu01上运行scp/root/.ssh/id_dsa.pubgpu01：/root/.ssh/authorized_keys，在cu01的/root/.ssh/目录下运行catid_dsa.pubauthorized_keys，再运行scpauthorized_keysgpu02：/root/.ssh/,并行环境搭建-ssh服务配置,3、在cu02的/root/.ssh/目录下运行catid_dsa.pubauthorized_keys，再运行scpauthorized_keyscu03：/root/.ssh/4、重复以上步骤在后面结点上，在最后的计算节点上将生成一个完整的authorized_keys文件，然后把authorized_keys文件用scp命令拷贝到其余所有节点的/root/.ssh/目录下，ssh配置完成。,并行环境搭建-nfs服务配置,server端配置1、建立文件/etc/exports（若已存在该文件，则先删除再重新建立）2、vi/etc/exports/，在文件内添加上语句：/home*(rw,no_root_squash,sync)/opt*(rw,no_root_squash,sync)（目录为需要共享的目录，目录和星号之间有空格。）3、激活nfschkconfignfsonservicenfsrestart此时可以到client上用showmounteIP（或者server的主机名）来扫描server端共享的目录。若exports文件重新编辑了，可以运行exportfsrv来更新一下，这样client端就可以挂载修改后的目录了。,并行环境搭建-nfs服务配置,client端配置1、扫描可以使用的server目录：showmountemu012、使用mount将远程主机分享的目录挂载进来：mounttnfsvers=3mu01:/opt/opt此时可以通过df命令看挂载是否正常；为了实现开机自动挂载还可将mounttnfsvers=3mu01:/opt/opt写入到/etc/rc.local中以使节点启动后自动挂载目录。,并行环境搭建-nis服务配置,server端配置1、配置NIS域名nisdomainnameTS10K把NISDOMAIN=TS10K添加到network里实现开机自动配置域名2、开启两个服务：serviceyppasswddstartserviceypservstart(需要先配置NIS域名才能启动成功)可以使用rpcinfou本机名ypserv察看ypserv是否启动，若成功启动会看到：program100004version1readyandwaitingprogram100004version2readyandwaiting,并行环境搭建-nis服务配置,若没看到，则把ypserv重新启动一下即可。回车后会显示类似内容：mu01hasbeensetupasaNISserver,nowyoucanrunypinitsmu01onallslaveserver.在server端重新建立新用户后，需要到/var/yp目录下make一下，这样client端才能使用新用户登录3、数据初始化cd/usr/lib64/yp./ypinitmctl+d来结束这个命令再打入回车,并行环境搭建-nis服务配置,client端配置1、设定NISclientsetupauthenticationconfiguration*useNIS填写：Domain：TS10K（NIS的域名）Server：mu01（server端的名称或者ip）2、开启服务setupsystemservices*ypbindserviceypbindrestart使用命令：ypcatpasswd可以发现在server端建立的帐户名称被列举了出来；若使用这些帐户的话需要在本地/home目录下建立其相对应的用户目录。,编译环境,集群中现存的编译器gcciccifortmpiccmpiicc等调用集群内部高速的IB计算网络，通常使用mpirun-genvI_MPI_DEVICErdssmnpmachinefile+执行文件rdssm即是mpirun编译器调用IB协议的参数。如果是ssm，则是使用以太网络。,编译软件,安装intelC编译器，fortran编译器，mkl数学库一体包。安装intelmpi编译器。安装目录：/opt/intel计算节点挂载管理节点的nfs共享安装路径调用编译软件等。,编译软件-Intel并行环境变量设置,在/.bashrc里加入如下三行source/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.shintel64#intel编译器source/opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh#intel数学库source/opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh#intelmpi执行source/.bashrc使编译器环境变量生效。可将它写进/etc/bashrc里，新加用户将其作为默认编译器,MPI程序的并行编译,编译方法：mpicc-ohellohello.cmpiiccohellohello.c执行方法：./hello注：1，mpicc是调用gcc为底层的编译，mpiicc是调用icc为底层的编译。2，源代码需支持并行编译。,程序编译步骤简介下载源码包（不是版本越新越好）查看INSTALL文件或官方installation指导（查看依赖和参数）configure-prefix=path/to/your/soft（可选）makemakeinstall依赖库1.查看版本2.指定安装路径3.设置环境变量写到/.bash_profile(普通用户)exportPATH=$PATH:/path/to/your/binexportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/your/lib,软件编译,TSExa并行文件系统,底层为lustre并行系统，包含4台2U机架式5270M4，其中两台io01,io02做为mds双机互备节点，另外两台io节点作为oss节点，各自挂载一部分存储空间分别为ost0，ost1，且为双机互备。Mdt包含两块硬盘做raid1；ost包含7块硬盘做raid5，剩下一块全局热备盘，共计17块硬盘。每个ost约22T空间，共约44T空间。,TSExa并行文件系统,Io01与io02存在心跳，io03与io04之间存在心跳，当一节点宕机时，另一互备节点会接替其挂载资源并提供服务。管理节点mu01,及31台计算刀片为lustre的客户端，挂载目录为/lustre即为存储空间，可用dfh查看。挂载指令mount.lustreibio01o2ib,ibio02o2ib:/lustre/lustre,TSCE集群作业管理调度软件,TSCE集群作业管理调度软件常用作业指令qnodes,pbsnodes用于查看当前可用节点与核心数。,TSCE集群作业管理调度软件,qnodes与pbsnodes等效，通常可以qnodeslall查看节点是否就位,qsub作业提交，用法：qsubtest.pbsqstat查看作业状态。qstatan查看作业使用节点及核心情况,TSCE集群作业管理调度软件,qdel删除作业，用法：qdel作业号几种作业的状态（S）：Q作业排队R作业执行C作业清除E作业退出,TSCE集群作业管理调度软件,PBS相关指令,管理节点服务：pbs_server，作业管理服务maui，作业调度器计算节点服务：pbs_mom，作业调度子服务，与pbs_server相对应servicepbs_serverstatus查看服务状态。每次重启pbs_server服务时，需对应重启pbs_mom服务，最终保证qnodes下没有down的节点。,所装软件版本,intelparallel2015.1.133/opt/intelintel编译器Intelmpi5.0.2.044/opt/intel/impi/intel并行mpiTSCE3.3/opt/tsce浪潮作业调度软件，集成torqueansys14.0/opt/soft/ansys应用软件pdsh2.29/opt/pdsh-2.2.29并行批处理软件mpich3.0.4/opt/soft/mpich3.0.4编译器所有节点操作系统RHEL6.5,Vasp脚本,#PBS-Nvasptest#PBS-lnodes=3:ppn=12#PBS-lwalltime=12:00:00#PBS-qbatch#PBS-V#PBS-S/bin/bashcd$PBS_O_WORKDIREXEC=/opt/software/vasp5.3.5/vasp（具体目录视情况而定）,NP=cat$PBS_NODEFILE|wc-lNN=cat$PBS_NODEFILE|sort|uniq|tee/tmp/nodes.$|wc-lcat$PBS_NODEFILE/tmp/nodefile.$mpirun-genvI_MPI_DEVICErdssm-machinefile/tmp/nodefile.$-n$NP$EXECrm-f/tmp/nodefile.$,TSCE网页管理界面,远端输入登陆ip:8080/TSCE可调出TSCE的网页管理界面,TSCE网页管理界面,主界面,TSCE网页管理界面,TSCE网页最主要的功能集群监控,12/17/2019,Inspurgroup,集群批处理软件使用,pdsh是集群常用并行批处理软件rootmu01test#pdshwcu01-31uptimeallc串行处理,机器开机说明,1将所有PDU加电，等待1分钟,待设备完成加电自检。2开启存储阵列，需要先开扩展柜，再开主柜，直接打开电源即可。（若如掉电，存储尽量保持开机状态）3开启管理节点mu01，约两分钟进入系统。4开启TSExa系统元数据节点，即io01与io02，约两分钟进入系统，进系统后，执行crm_mon检查互备是否正常，如果不正常需要重启pacemaker和corosync服务。5开启oss节点，打开io03与io04，约两分钟进入系统，判断互备是否正常。6待io节点都开机后正常后，依次打开31个刀片计算节点。7mu01挂载并行文件系统。常规检查：rootmu01#mount.lustreibio01o2ib,ibio02o2ib:/lustre/lustrerootmu01#allcuptimerootmu01#allc“dfh|grep/opt”rootmu01#allc“dfh|grep/home”rootmu01#allc“ypcatpasswd”rootmu01#qnodes-lall,机器关机说明,1先关闭cu计算节点可以在mu01上用allcpoweroff命令把31个计算节点关闭2再关闭管理节点mu01，直接在mu01上运行poweroff。3如果必要，关闭并行文件系统，io01io04依次关闭（因为已经关闭管理节点，只能现场关闭）4最后关闭存储510H及扩展柜，只能现场关闭。注：1，如果不能现场关闭存储io节点，可以在管理节点上先行卸载lustre挂载，然后关闭io节点，再关闭自身，但存储阵列510H不能命令行关闭。2，如果关机出现不能正常关机卡在某一步，需手动强制关机，及长按关机键数秒。,节点IPMI管理界面,此界面是集成在主板的硬件管理界面。管理界面节点需管理节点firefox，输入ip。管理节点和io节点用户名及密码见铭牌刀片的管理用户名与密码：rootLC6s5d?FW?,存储挂载情况,查看用户存储空间df-h整个集群上存储挂载情况为计算节点rootcu01#dfh除本地文件系统外，还包括nfs的mu01节点/opt与io01的/home管理节点(mount)rootmu01opt#df-h,新建一个用户并提交作业流程解析,step1在集群中添加新用户，首先在管理节点mu01上添加新用户添加用户命令：rootmu01#/opt/ssh/adduser新建用户的设置初始密码，用户在拿到帐号后，第一时间，使用该账号登录到mu01，然后ssh到cu01输入yppasswd来更改密码。新建地用户已配置好基本的并行环境。Intel编译器环境变量写到/etc/bashrc里，这样，每个存在用户均调用该环境变量。,新建一个用户并提交作业流程解析,step2测试用户新用户添加后，尝试使用新用户test登录rootmu01#su-testtestm