医学信息的获取ppt课件.pptx

医学信息的获取技巧 生物医学四大摘要库 四级原文获取保障 学术评价工具及其新动向 1 问题梳理 一 关于PubMed等摘要数据库的选择使用二 关于原文获取问题三 关于引文索引数据库 学术评价工具 核心期刊体系及来源各种引文索引的核心版 扩展版 分区四 如何评价单篇论文的影响力 article levelassessment metrics 被引频次 SCI Scopus GoogleESI工具 影响力高于全球平均水平的论文 全球TOPX的论文 高被引论文 热引论文等 F1000论文 论文评价新动向 ALM articlelevelassessment metrics 2 第一部分生物医学相关摘要库的选择 3 生物医学最重要的四大摘要库 PubMed 主要是美国 医学索引 MEDLINE BiosisPreviews 主要是美国 生物学文摘 BA Embase 主要是荷兰 医学文摘 EM Scifinder 主要是美国 化学文摘 CA 目前只有PubMed为免费 从查全和检索效率上看 可根据课题需求 结合使用其它3个摘要库 4 PubMed x国NLM NCBI NIH三家联合开发 5700种医学或相关期刊 70 80 为英文 其中含约100种中国期刊 mainland HK TW MO 基础医学与临床医学兼顾 检索功能设计略偏临床 5 PubMed中filters的使用 PubMedfilters技术使检索功能多样化 个性化 sidebarfilters built infilters standardfilters customfilters 6 检索结果页面显示用户自行勾选或制定的filters 方便筛选出常用的限定条件 7 先注册NCBI帐号 8 再Managefilters 9 自设filters需注册myncbi帐号 可选择standardfilters 勾选即可 也可自建customfilters 需自设有意义的检索式 勾选standardfilters 自设检索式 制定filters 设定好的filters standard custom 10 保持登录状态时 右边显示设定好的filters 11 在PubMed平台下载我校订购全文库及各种免费资源 以Abstract状态浏览检索结果 或打开Linkout链接 或页面右上角的全文链接 12 以Abstract状态浏览结果 打开全文logo 13 打开linkout链接 或右上角全文logo 14 BIOSISPreview数据库 简称BP 美国生物科学信息服务社 BIOSIS 生产该数据库对应的出版物是 生物学文摘 BiologicalAbstracts 1969至今 生物学文摘 综述 报告 会议 BiologicalAbstracts RRM 1980至今 等5000多种期刊和1500多个会议的会议录和报告学科 涵盖了包括传统生物学 植物学 生态学 动物学等 交叉科学 生物化学 生物医学 生物技术等 和诸如仪器和方法等相关研究的广泛领域 可以使用户对生命科学和生物医学文献进行深入的调研 内容偏重于基础和理论方法的研究 目前有两个平台可以使用该库 1 ISI的WebofScience平台 中大图书馆 2 OVID平台 15 我校被BP收录文献的学科分布 GeneticsHeredity Pharmacology BiochemistryMolecularBiology oncology Immunology MedicalLaboratoryTechnology Toxicology CellBiology 等等 上述学科 不限于 可考虑加选BP数据库 16 EMbase ExcerptMedicaDatabase 荷兰ElsevierScience出版公司收录70多个国家出版的4550种期刊学科 药学 占40 左右 临床医学 基础医学 预防医学 法医学和生物医学工程等 目前有两个平台可使用该库 ElsevierScience 中山大学图书馆 OVID平台 复旦大学医学馆 17 SciFinder CAS 该平台涵盖以下几个库1 CAplus目前有化学及相关学科的文献记录3千5百多万条 包括18世纪至今的源自1万多种期刊论文 63个专利授权机构的专利文献 会议录 技术报告 图书 学位论文 评论 会议摘要 e only期刊 网络预印本 数据每日更新 对于9个主要专利机构发行的专利说明书 保证在2天之内收入数据库 可以用研究主题 著者姓名 机构名称 文献标识号进行检索 2 CASREGISTRY 化合物信息数据库3 CHEMLIST 管控化学品信息的数据库 是查询全球重要市场被管控化学品信息 化学名称 别名 库存状态等 的工具 4 CCASREACT 化学反应数据库 5 CHEMCATS 化学品商业信息数据库6 MEDLINE PubMed数据库的主体部分 价格昂贵 使用限制多 目前广州地区 中大图书馆订购 请注意合理合法使用 18 第二部分关于原文获取 19 我校用户原文获取的四级保障 20 第一级保障 学校经费投入购买 用户无需付费 面向校园网用户 VPN用户 可即时在线下载全文 可先通过PubMed EBSCO Proquest 谷粉搜搜 读秀 超星发现等平台搜索 发现 文献摘要 然后链入全文库 21 第一级保障 13个电子期刊全文库 2个电子图书全文库 百万册纸质书刊 22 第一级保障 3个中文全科期刊库 23 第一级保障 6个外文医学期刊库 EBSCO和Proquest是基于二次文献 即摘要索引 的检索平台 同时整合 链接 了部分全文 优势在于 期刊量大 某些学科的涵盖范围较大 如EBSCO中口腔与牙科 护理学等学科的期刊比PubMed还多 Proquest拥有除PubMed以外的独有期刊2219种 因此这两个库除了可作为原文获取来源 同时可与PubMed互相补充 作为医学相关专业论文摘要的发现平台来使用 24 第一级保障 4个外文人文期刊库 计划订购或已进入订购流程 25 第一级保障 2个中文图书库 26 读秀在中文图书的查阅上具有优势 27 第一级保障 纸质馆藏书刊 2000年代前的纸质文献 未电子化的 可通过纸质复印获取原文 28 第二级保障 OA资源 网上参考咨询平台 公共图书馆资源面向互联网用户 用户无需付费 可即时获取或通过文献传递快速获取 有时需免费注册 29 第二级保障 互联网用户 1 网上开放获取资源OA期刊 OA仓储 机构库 学科库 个人库等 2 公共图书馆体系建立的网上参考咨询平台3 由国家图书馆体系 公共图书馆体系购买数据库 在一定范围内 有限制地使用 如省内用户或注册用户等限制 30 第二级保障 OA期刊 OA期刊是新的学术出版和学术交流模式特征 作者付费出版 读者免费开放获取 绝大多数学术期刊仍然采纳同样标准的同行评审制度 被SCI PubMed等各种检索和评价工具收录 相当多OA期刊的影响因子并不低 越来越多的数据商致力于OA 如Elsevier Springer John wiley 甚至于NaturePublisherGroup 31 如何获取OAarticles 1 多数传统权威数据库索引均收录OA论文 如PubMed PMC2 OA期刊论文的专门检索平台或仓储 如DOAJ等等3 OA期刊的官网4 GOOGLE 谷粉搜搜5 许多高校的发现系统 统一检索平台 考虑到便捷性 学科属性 命中率原则 建议读者以下列方式获取 PubMed或其它摘要库 检索课题文献时可直接获取 但会有少部分链接不及时或更新滞后 谷歌 谷粉搜搜 通常有链接 目标OA期刊的官网 可靠 但稍麻烦 需登录官网 32 在PubMed或其它平台上链接OA资源 33 在GoogleScholar 谷粉搜搜上获取免费资源 34 期刊官网找OAarticle Nature517 576 582 29Jan2015 在PubMed中未显示为Freearticle在Google中也未显示PDF链接 不容易直接发现并下载全文 但在Nature官网可发现该文为OPEN状态 35 36 据粗略统计 我馆随机接受读者原文请求 除在本馆馆藏 第一级保障 获取之外 通过全国联盟 珠三角数字图书馆联盟 读秀学术平台和广东省科技图书馆索取原文的满足率约在90 左右 37 数源来源 三个系统 几十家图书馆的中外文数据资源是否注册 广东省内IP用户 不需注册 直接登录使用 广东省外IP用户 注册后登录使用 是否付费 所有用户免费 且不需付积分 全文推送 无篇数限制 且推送到邮箱 三大平台均可使用 全国图书馆参考咨询联盟 珠三角数字图书馆联盟 读秀 书 刊 学位论文 会议论文 标准 专利等文献类型均可传递获取 38 平台1 全国图书馆参考咨询联盟 互联网用户 39 平台2 珠三角数字图书馆联盟 互联网用户 40 平台3 学校订购的读秀搜索 校园网用户 41 全国图书馆参考咨询联盟 xxx大学 2014 1 1 12 4提交请求 中文满足率在95 左右 外文满足率在92 左右 42 使用方法1 平台检索 在检索框中输入欲查找文章的标题 进行检索 43 能检索到结果 进入 全国图书馆参考咨询联盟 链接 回传原文 44 使用方法2 表单咨询 检索不到结果的 45 例 2015年3月25日检索PubMed 处于Epubaheadofprint状态的一篇文章 onlinefirstMar1 学校图书馆未购买电子全文 转向第二级保障 全国联盟 46 在全国联盟统一检索平台上输入title 检索 47 检索无果 转向 表单咨询 48 表单咨询 手工填入信息 提交请求 5小时内回传了原文 49 移动端的原文获取 手机用户可使用 中山图书馆微信公众号 已开通网上参考咨询服务 原文传递 也可通过我校4月份开通的移动图书馆来进行文献传递 50 51 我校移动图书馆的文献传递 4月23日下午4 30提交请求 6 40推送到邮箱 52 是否注册 只对广东省用户服务 且需实名注册 是否付费 不需付费 但需要积分 首次注册赠送100积分 每天只提供3篇全文 中文每篇扣3个积分 外文每篇扣5个积分 难度较高的图书章节或专利标准可能扣8个积分 全文推送 一般不推送到注册邮箱 需要上平台获取 53 在 统一检索 咨询列表 原文请求检索 三个入口均可申请 54 检索不到的文章 可转向 原文请求 表单式 55 全文的推送结果需要到平台中下载 一般不推送到邮箱 56 第三级保障 求助 论坛求助 文献互助 如丁香园 小木虫等等求助 向作者求助应助速度不稳定 时快时慢 购买 建议优选国家科技图书文献中心NSTL 注册登录网上支付 其它平台慎选 如淘宝 57 第四级保障 委托图书馆员服务 通过以上各级保障体系提供原文 另外 我校已建立文献传递协议合作关系4家单位 中国医学科学院 中国科学技术信息研究所 国家图书馆 中国高校人文社会科学文献中心 CASHL 收费额度取决于协议单位 本馆未收中间费用 TEL 37103339 37103336 58 对读者的原文获取建议 自助服务 委托服务 59 对读者的原文获取建议 自助服务 多用第一级保障 订购数据库 使用PubMed或其它摘要库 发现 链接到全文 或用GOOGLE 发现 链接到全文 网上OA资源 通过GOOGLE PubMed等 发现 链接到全文或登录OA期刊官网 全国图书馆参考咨询联盟尝试 省科技图原文传递服务 文献求助 NSTL购买委托服务 自助服务解决不了的问题 四级保障 60 第三部分关于引文索引 常用的国内外期刊评价体系 61 三 关于引文索引数据库 引文索引产生的初衷 查找文献引用 科学研究的脉络 热点和证据链 科研评价工具是副产品 是以 引用代表学术影响力 这一假设为前提的 62 医学 自然科学领域常用的期刊评价体系 工具 SCI 印刷版 光盘版 核心版 网络版 扩展版 EI 印刷版 光盘版 核心版 扩展版 CPCI S 原名ISTP 印刷版 光盘版 核心版 扩展版 CJCR科信所 科技核心 核心版 扩展版 北大核心CSCD 中国的SCI 核心版 扩展版 63 科学引文索引 SCI 主办机构 美国科学技术情报所 ISI收刊量 8000种左右 扩展版 网络版 SCI E 3700种左右 核心版 印刷版 64 汤森 路透公司的 知识产权和科学 官网 开放检索 SCI核心版的检索入口 SCI扩展版的检索入口 65 关于JCR的期刊分区 JCR JournalCitationReport 每年6月28日左右出版 10月修订一次 报道前一年SCI和SSCI的期刊影响因子 期刊分区 先将期刊分类 再把每类期刊按影响因子排序分区 由高至低 两个体系 JCR自带分区和中科院分区 分类依据不同分区形态不同 JCR自带分区是平均分区 中科院分区是塔形分区 66 关于JCR的期刊分区 JCR自带的分区 中科院的分区 67 JCR自带分区 原理 176个小类 详见历年JCR 各类期刊按影响因子排序 等分为4个区Q1 4 举例 PLOSBIOL隶属两个类 BIOCHEMISTRY MOLECULARBIOLOGY和BIOLOGYPLOSONE隶属于MULTIDISCIPLINARYSCIENCES 68 PLOSBIOLOGY2013年影响因子为11 771在JCR自带分区中隶属2个类 均位于Q1 排序 13 291 1 85 69 PLOSONE2013年影响因子为3 534在JCR自带分区中隶属1个类 位于Q1 排序 8 55 70 中科院分区 自2004年开始发布 从2012年起 JCR期刊分区数据更改为网络版 最新版本为2013年版 需订购使用 每年10月份发布 原理 将所有期刊分为地学 天文 工程技术 管理科学 化学 环境科学 农林科学 社会科学 生物 数学 物理 医学 综合性期刊等13大类 下设174个小类 各大类按照前3年的平均影响因子排序 上述四个分区中最确定的是第1区 5 其他各区占比可能不太一致 举例 2010年版医学类期刊2581种 其中第1区129种 占比为4 998 其中PLOSMED为第1区 2010年版生物类期刊950种 其中第1区48种 占比为5 053 其中PLOSBIOL 5 48 PLOSPATHOG 46 48 PLOSGENET 47 48 PLOSONE为第2区 71 中科院2010版JCR分区医学第1区 共129 2581 列表前10期刊中除PhysiologcialReviews外 我馆订购的6个外文库全部涵盖 本文发表在physiologicalReviews杂志 可通过全国图书馆参考咨询联盟快速 免费获取 72 PLOSONE在生物学第2区 排名90 112 73 中文核心期刊要目总览 北大核心 北京大学 有1992 1996 2000 2004 2008 2011版本 2011年版 全部学科共1982种核心刊 占我国正式出版期刊的20 其中医学248种 据该工具介绍 也相当于该学科总出版量的20 推算 我国现在正式出版的医学期刊量约1240种 activejournals 医学核心刊占全科学科核心刊总数的12 5 248 1982 74 中国科技期刊引证报告 科技核心 ChineseS TJournalCitationReports CJCR 中国科学技术信息研究所主办 科学技术文献出版社2014年 扩刊版6345种刊 其中医学1050种左右 核心版1919种刊 其中医学核心刊约667种 医学核心刊占全部核心刊的34 8 667 1919 另外 按前面推算的1240种中文医学刊计算 约占本学科全部刊的54 除少数管理学期刊外 基本无人文社科类期刊 75 科技会议录索引 CPCI S 原名ISTP 印刷版 光盘版 核心版 扩展版 网络版 美国科学情报研究所ISI编辑 英文全称 ConferenceProceedingsCitationIndex Science该索引收录生命科学 物理与化学科学 农业 生物和环境科学 工程技术和应用科学等学科的会议文献 包括一般性会议 座谈会 研究会 讨论会 发表会等 其中工程技术与应用科学类文献约占35 其他涉及学科基本与SCI相同 通常所说的 三大索引 之一 76 关于EI EngineeringVillage平台 美国工程索引 EngineeringIndex70多个国家的近6000种刊 扩展版 网络版 EIcompendex pageone 其中3600刊 核心版 光盘版 印刷版 EIcompendex 三大索引 之一 77 关于CSCD 中国的SCI 中国科学引文数据库 ChineseScienceCitationDatabase 简称CSCD 创建于1989年 由中科院文献情报中心创办 收录我国自然科学领域数学 物理 化学 天文学 地学 生物学 农林科学 医药卫生 工程技术 环境科学和管理科学等领域出版的中英文科技核心期刊和优秀期刊 2015 2016年度收录来源期刊1200种 其中中国出版的英文期刊194种 中文期刊1006种 中国科学引文数据库来源期刊分为核心库和扩展库两部分 其中核心库872种 C为标记 扩展库328种 E为标记 查询 78 学术评价时比较公认的版本 SCI 扩展版 网络版 全学科共8000左右种刊 按中科院分类 医学相关刊有2500多种 EI 核心版 光盘版 工程类共3500左右刊 ISTP CPCI S 网络版科技核心的核心版 全部自然科学共1900多种刊 医学667种刊 CSCD 中国的SCI 核心 扩展 医药247种刊 生物科学91种刊 北大核心 各学科 自然 人文社 共1900多种刊 医学刊248种 79 第四部分单篇论文的评价 80 关于单篇论文的学术评价 article levelassessment metrics 1 引用频次2 全球排名 与ESI的percentile等基准线比对 3 F1000 医学和生物学领域专家对论文的专业评价 PubMed可以筛选出来 4 关注ALT的发展 81 1 文章的引用频次 目前各类中外文数据库基本都有本库收录范围内的引用统计 外文方面 SCI 引用次数少 8000种左右刊 偏北美 Scopus 适中 2万多种刊 Elsevier公司开发 与SCI竞争 在获取欧洲及亚太地区文献方面更有优势 Google 多 杂 重复 82 2 文章的全球排名 本文影响力高于 或低于 全球平均水平本文影响力进入全球的前X 本文是高被引论文 highlycitedpaper 发表于十年内各领域中被引用次数Top1 的文章 本文是热引论文 hotpaper 发表于两年内最近两个月被引用次数为各领域Top0 1 的文章 基本科学指标ESI Essentialscienceindicators 是基于以往10年SCI和SSCI数据的科研评价工具 对全球的科学家 scientists 机构 institutes 学科领域 fields 论文 articles 等进行评价 ESI的产生使article levelassessment成为可能 我校临床医学 clinicalmedicine 进入全球前1 按总被引频次排位 2014年7月15日 1466 3224 前45 5 2015年4月24日 1377 3581 前38 5 83 ESI的averagecitationrates 分析 1 不同学科的期刊影响因子没有可比性2 期刊影响因子 journal levelassessment 不能等同于单篇论文的被引频次和影响力 article levelassessment 举例 JournalofTheAmericanMathematicalSociety IF2012 3 567 数学高水平期刊PediatricInfectiousDiseaseJournal IF2012 3 569 免疫学相对较低位的期刊 84 ESI的topX的percentile 22个类 10年2个月 6档基线 top0 01 0 1 1 10 20 50 85 续 ESI的topX基准线 22个类 10年 6档基线 top0 01 0 1 1 10 20 50 86 论文的全球排名 以上基线 为各领域 22个 单篇论文与全球平均影响力水平 全球top0 01 0 10 1 00 thehighly citedpaper 10 00 20 00 and50 00 影响力等相比较提供了依据 方法 先获取SCI中的引用频次 再对照上述表格 获取全球排名 举例 Immunology领域某篇论文发表于2009年 至今被引频次为50次 请问其全球影响力排名是 如果这篇文章是2013年发表的 排名又是多少 87 3 文章是否进入F1000 评语及评分 Facultyof1000 创建于2002年 是由英国BioMedCentral出版的一种新型在线评价和辅助研究工具 由来自全球的生物医学领域的几千个专家主要就PubMed推荐出高水平的论文 并给予评语和评分 是专家的同行评价 与核心期刊 SCI等是否收录无关 近10年 推荐量约占PubMed总量的1 2 据多次实验和文献研究 基础比例高于临床 0 1 3 1 与PubMed整合 可通过filters进行定制 但在PubMed平台只能看到是否被F1000收录 看不到评语及评分信息 需订购F1000数据库 意义 1 好 中之好的顶尖论文2 另外一种 好 论文的发现机制 约12 的F1000论文 为非SCI或核心期刊论文 有助于弥补上述文献计量学评价的不足 88 目前最高分的一篇文章 55分 获20个专家推荐 发表在Nature 2005年 鼠耳芥 newfinding 评分机制 Good 1分 VeryGood 2分 Excellent 3分 不同专家的分数进行累加 为总分 89 广医目前被F1000推荐9篇论文 90 这9篇论文在PubMed中也能获取 F1000 9 91 F1000数据库 广医F1000论文评分及评语 钟南山 冉丕鑫等发表 2007 冉丕鑫等发表 2007