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NCBI数据库检索 NationalCenterofBiotechnologyInformation NCBI简介 http www ncbi nlm nih govNCBI就是美国国家生物技术信息中心 NationalCenterofBiotechnologyInformation NLM是美国国家医学图书馆 NationalLibraryofMedicine NIH是美国国立卫生研究院 NationalInstitutesofHealth NCBI中通过Entrez可互查的数据库 NCBI数据库 Nucleotide DNA序列数据库Protein 蛋白质序列数据库Genome 基因组序列数据库Structure 分子结构模型数据库Popset 种群 种系发生或突变序列数据库Taxonomy 微生物类别数据库OMIM 人类孟德尔遗传学在线数据库 一 Nucleotide GenBank 该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank 日本DNA数据库 DDBJ 和英国HinxtonHall的欧洲分子生物学实验室数据库 EMBL 三部分数据组成 二 Genome 即基因组数据库 提供了多种基因组 完全染色体 临近序列图谱以及一体化基因物理图谱 三 Structures 即结构数据库或称分子模型数据库 MMDB 包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据 MMDB的数据从PDB ProteinDataBank 获得 四 Taxonomy 即生物学门类数据库 可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列 蛋白质序列 结构等 五 PopSet 包含研究一个人群 一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列 PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据 六 OMIM 孟德尔遗传学 OMIM 数据库是人类基因和基因疾病的目录数据库 该数据库包括原文信息 图片和参考信息 同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文献和序列信息 PubMed数据库检索 一 PubMed数据库简介 PubMed是美国国家医学图书馆 NLM 下属的国家生物技术信息中心 NCBI 开发的 基于WWW的医学数据库查询系统 PubMed的网址 http www ncbi nlm nih gov pubmedhttp www ncbi nlm nih gov entrez query fcgi PubMed 数据类型 期刊论文 综述 以及与其他数据资源链接 特点 1 免费提供题录和文摘2 可与提供原文的网址链接 部分免费获取 3 操作简便 快捷 期刊来源地理分布 北美 31 欧洲和中东 52 非洲 1 中南美洲 2 ASIAN Australia 14 MEDLINE2919独有 BIOSIS3071 2043shared BIOSIS与MEDLINE的覆盖范围 MEDLINE 联机医学文献分析和检索系统 BIOSIS BiosciencesInformationService 美国生物科学信息服务社 4 400Employees 11 500Employees 2 800Employees 9 900Employees Int lLegal Regulatory NorthAmericanLegal Scientific Financial Tax Accounting Healthcare 2 600Employees 3 100Employees 2005营业收入87亿美元为全球2千万用户提供服务市值260亿美元 福布斯全球500强之一 二 通过PubMed可检索到如下的信息 MEDLINEPreMedline出版商提供的书目信息 MEDLINE MEDLINE 是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库 收录1966年以来70多个国家近4300种生物医学期刊的书目信息和著者文摘 每周更新 每条记录均带有 PubMed IndexedforMEDLINE 标志 PreMedline 收集未正式给予MeSH词 出版类型等深度标引信息的一个临时库 NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中 每条记录均带有 PubMed inProcess 标志 工作人员在一周内将这些记录标引 然后转入MEDLINE 同时从PreMedline中删去 PreMedline Pre Medline Medline NewData Collect PubMed Process PubMed 出版商提供的书目信息 出版商提供的是整本期刊的信息 若有部分没有被MEDLINE收录 PubMed仍保存 在记录中做 PubMed assuppliedbypublisher 的标记 图1 以下是几条PubMed的记录 标记不同 其出自的分库也不同 三 PubMed文献检索 PubMed页面的结构 PubMedCentral页面的结构 三 PubMed页面的结构 执行检索 基本检索输入框 三 PubMed页面的结构 执行检索 基本检索输入框 RelatedResources MeSHDatabase 主题词数据库JournalDatabase 杂志数据库ClinicalTrials 对公众提供临床科研的当前信息PubMedTools CitationMatcher 引文匹配器在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章 ClinicalQueries 与临床相关的疗法 诊断 病因 预后咨询 1 词语检索及自动词语匹配 四 PubMed的基本检索功能 四 PubMed的基本检索功能 二 2 作者姓名检索在检索框内按照姓 名缩写 不用标点 的格式键入作者姓名 如LiuC 系统会自动在作者字段内进行检索 如果想进行更精确的检索 可以用双引号将作者名引起来 再加 au 如 LiuC au 四 PubMed的基本检索功能 三 3 杂志名检索在检索框中键入杂志全名molecularbiologyofthecell也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式 如 molboilcell 键入刊物的ISSN 国际标准出版物代码 进行检索 如1059 1524 Celltransplantation ta 四 PubMed的基本检索功能 四 4 截词检索可利用系统的截词功能获取更多的相关文献 截词符 可代表多个字符 将 加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索 如 bacter 可以检出bacter bacteria bacterium bacteriophage等词 四 PubMed的基本检索功能 五 5 短语检索PubMed首先将键入的检索词 词组 视为合理的短语在短语索引中进行查找 如 singlecell PubMed将其视为词组进行查找 当PubMed没有找到该词组时 系统将自动把两个词分开进行检索 如果不希望系统将两词分开 则需要用 把检索词括起来 即强迫PubMed进行词组检索 如 singlecell 当用双引号括起词语时 PubMed将不执行自动词语匹配功能 五 显示检索结果 Display text1 Summary 作者姓名 文章题目 出处 记录状态 语种 出版物类型 PMID Abstract 出处 记录状态 文章题目 作者姓名 作者单位 文摘 出版物类型 缩写 注释 PMID等 六 检索结果的保存1 六 检索结果的保存2 文章数目 链接 Links 链接外部资源 LinkOutLinkOut是链接到本站点外部信息的出口 可以与出版商 信息集成者 图书馆 生物学数据库 序列中心等链接来获取更多的相关信息 链接带星号的LinkOut是表明提供者需要订阅 会员资格或需要交费进入 链接相关图书 Books为帮助用户解决对检索结果中不熟悉的要领提供背景资料 七 检索结果的链接 Links 文摘中的期刊图标链接 Linkout链接 GenBank数据库检索 三大基因数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列 它是由美国国立生物技术信息中心 NCBI 建立和维护的 NCBI的网址是 http www ncbi nlm nih gov EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所 EBI 维护的核酸序列数据构成 数据库网址是 http www ebi ac uk embl DDBJ数据库日本DNA数据仓库 DDBJ 也是一个全面的核酸序列数据库 DDBJ的网址是 http www ddbj nig ac jp GenBank PublicfreeAvailableviaInternet EMBLDataLibrary DDBJ DNADataBankofJapan 三大基因数据库之间的关系 在线获取序列 entrez 方法1 1 进入entrez 2 选择数据库 3 查询关键词 4 开始查询 显示格式 每页显示数目 符合条件的记录数 mRNA数量 不同物种记录数 在线获取序列方法2 显示格式 符合条件的记录数 mRNA数量 不同物种记录数 在线获取序列方法3 Accessionnumber 序列长度 数据类型 Definition 标题 GInumber 物种名称 基因名称 编码蛋白名称 GenBank数据格式 该序列发表在哪篇论文中 基因序列提交Genbank方法1在线提交 基因序列提交Genbank方法2Sequin软件提交 共克隆 测序了北京油鸡风味特性基因43个 五指山小型猪3个 虎源犬瘟热病毒基因4个 提交GenBank50个 举例 序列数据的查询 某天 Prof Gene发现人的Hela细胞中 有丝分裂期间有异常情况 细胞不再分裂 而是开始凋亡 表型 phenotype 通过实验的方法 发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因 测序结果如下 genotype CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC 正常细胞 凋亡细胞 问题 1 这是哪个基因 2 编码的蛋白质序列是怎样的 3 有没有保守的功能结构域 domain 4 它的功能是怎样的 5 有没有三级结构信息 NCBI BLAST http www ncbi nlm nih gov nucleotideblast Megablast 找基因序列 输入序列 提交序列 NM 001168 2 Survivin Geo 基因表达信息 Geneinfo 基因信息 Survivin Geneinfo 17号染色体 功能注释 GeneOntology 结论1 1 该基因为人的Survivin基因 染色体定位 17号染色体 73721872 73733311 基因标识符 NM 001168 2 2 初步的功能分析 细胞周期 caspase酶的抑制因子 等等 NM 001168 2 Survivin HumanSurvivin 获取蛋白质的序列信息 Survivin 142aa 结论2 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸 序列标识符为 NP 001159 2 获取FASTA序列 FASTA格式的序列 PHI BLAST finddomain 填入蛋白质的FASTA序列 BIRdomain 结论3 Survivin具有保守的功能结构域BIR 如何进行Survivin功能分析 如 亚细胞定位 活性中心位点 3D结构 http www expasy org UniProt 蛋白质数据库 在人中做BLAST搜索 Survivin O15392 Survivin的蛋白质信息 功能注释 结论4 功能分析 1 在瘤形成过程中可能起一定作用 2 阻碍G2 M期的细胞编程性凋亡 3 Chromosomalpassengercomplex CPC 的成员之一 细胞亚定位 胞质 核 PDB 三级结构数据库 Survivin的三级结构信息 Raswin 三级结构显示 Raswin 三级结构显示 总结