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打开ClustalX 1 2 3 4 进行完全比对 5 6 7 由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开 所以此改用fasta格式保存并命名为cob2 8 9 选择此项可打开比对过的文件 10 11 12 13 14 15 16 17 选择邻接法 NJ法 构建系统发育树 18 设置Bootstrap值为100 设置Gap处理为两两删除 设置模型为Kimura 2 Parameter 19 此为原始的树 20 此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081为外群 21 此为树根 即所有物种最近共同祖先 外群 树上的数字代表自展支持率 支持率越高就代表属于这一支的可能性越高 图上属于同一支的即代表在进化上相对较近 22 选择最大简约法 MP法 构建系统发育树 23 设置Bootstrap值为100 24 此为原始的树 25 此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081作为外群 26 此为树根 外群 树上的数字代表自展支持率 支持率越高就代表属于这一支的可能性越高 图上属于同一支的即代表在进化上相对较近 27 对比NJ法和MP法做出来的树 NJ法的自展支持率相对较高 且两树中个别序列的位置也不同 28 以同样的方法制作cox1序列的系统发育树结果如下 29 此为NJ法的原始树 30 此为NJ法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081作为外群 31 此为树根 外群 树上的数字代表自展支持率 支持率越高就代表属于这一支的可能性越高 图上属于同一支的即代表在进化上相对较近 32 此为MP法原始的树 33 此为MP法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择外群 34 此为树根 外群 树上的数字代表自展支持率 支持率越高就代表属于这一支的可能性越高 图上属于同一支的即代表在进化上相对较近 35 对
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