3D常用功能使用教程ppt课件.ppt

1 Chem3D介绍 提供功能制作结构 立体旋转 读取chemDraw结构 进行结构优化计算进行量化结构 并和数种量子化学软件结合在一起 chem3D是一个三维分子结构演示软件 2 Chem3D起始界面 3 主界面 Chem3D起始界面 4 工具栏 模型窗口 模型类型 三维视图 ChemDraw切换 图标工具栏 模型数据窗口 扩大 缩小 窗口 消息窗口 状态栏 5 选择 轨迹球 单键 双键 三键 虚键 文本 橡皮 大小调整 6 显示设置 7 视频设置 模型显示设置 立体显示 弹出信息 配体显示 结构显示 原子标记 原子显示 色彩选项 8 显示设置属性 ModelType 线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型 9 带状模型 10 结构不同显示方式 View Setting ModelDispaly菜单或F6键 五种 WireFrame Sticks Ball Sticks CylindricalBonds SpaceFilling 11 带状模型常用于生物分子 12 代表用红蓝两种色彩的立体显示 代表用深色显示模型 就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色 代表显示两个立体结构完全相同的模型 代表模拟现实的角度观察模型 使模型更接近真实 代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示 这样模型的立体感更强 13 14 选择 单键 工具 在模型窗口向右按动 圆柱键模型 1 利用键工具建立模型 建立3D模型 15 线状模型 16 棒状模型 17 球棍模型 18 比例模型 19 选择 轨迹球 工具 使分子模型在模型窗口沿X Y轴旋转 X Y轴旋转指示 20 选择 轨迹球 工具并按 Alt 键 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示 21 模型结构信息 光标位于原子上 自动显示原子信息 22 工具栏显示原子的符号和标号 23 光标位于键上 自动显示键信息 模型结构信息 24 模型的进一步信息 显示键长变化 显示键角变化 显示二面角 显示所有没有相邻的原子的距离 25 模型的键长数据 26 模型的键长和键角数据 27 乙烯模型中的双键信息 28 键级改动 29 显示氢及孤对电子 30 不显示氢及孤对电子的环己烷 原子名称及序数 31 选择工具 双击原子 按顺序改变原子序号 32 隐藏或显示其它原子 居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面 调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵 隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团 33 利用 键 工具建立的结构 键角及键长可能不正常 应 整理结构 34 环己烷的椅式构象 35 使用 文本 工具输入结构式 2 利用文本工具建立模型 36 按 Enter 自动转化为模型 37 括号表示支链 38 39 整理结构 40 简单优化观察分子变化 41 4 甲基 2 戊醇模型 42 建立1 2 双甲基环戊烷模型 43 44 整理结构 45 建立Ibuprofen 布洛芬 模型 46 47 建立十肽菌素模型 48 49 建立十二丙氨酸醇分子模型 50 51 改变显示方式 模型类型窗口 52 设为线状模型 53 54 设为带状模型 55 a 螺旋模型 56 使用子结构建立模型 3 利用子结构建立模型 57 子结构模型库 58 选择所需的子结构 然后复制 59 粘贴复制结果 60 在子结构上进行编辑 61 4 使用模板建立模型 62 63 ChemDraw中画出的分子结构 复制粘贴到Chem3D中 5 ChemDraw和Chem3D信息转换 64 Chem3D中画出的分子模型 复制粘贴到ChemDraw中 65 1 查找原子的范德瓦尔斯半径 View AtomTypes TBL 窗口 找到各种元素在不同环境的半径 计算功能演示 66 67 68 2 观察分子的大小建立苯模型 执行 View ConnollyMolecular 弹出Suface对话框 solid 选项可以选择分子表面的类型 Resolution 滑动到右边 其值为100 69 70 71 72 73 View SolventAccessible菜单甲苯结构 74 3 计算分子体积建立苯模型 执行 Analyze ComputeProperties 在 AvailableProperties 选框中双击 ConnollySolvent ExcludedVolumeSVE ChemPropStd 选项 使之加入到 SelectedProperties 框中 单击ok 75 76 77 78 79 80 4 检查结构能量 81 模型旋转 对位交叉 82 总能量计算 83 空间位阻能 0 977kcal mol 计算结果 84 模型的二面角数据 85 数据与模型对应 86 显示原子符号及序号 87 按动旋转 数据相应改变 88 5 分子轨道 HOMO及LUMO 首先用双键画出乙烯分子 89 显示轨道时必须选择 90 选择分子轨道 91 选择HOMO轨道 HOMO轨道显示 轨道选项HOMO和LUMO各6个 能量随所选轨道不同而不同 实心显示 丝网显示圆点显示半透明显示 92 乙烯分子的HOMO轨道 93 选择LUMO轨道 LUMO轨道显示 94 乙烯分子的LUMO轨道 95 96 97 98 99 100 101 102 其他计算 从头算程序 GamessGaussian需另外安装这两个程序 半经验或分子力学计算MechanicsMopac Am1 Mindo 3 Mndo PM3 计算方式 计算性质 最小能 过渡态优化 光谱分析 103 模型的输入和输出 以NaCl晶体为例 File Template 选择 NaClCrystal C3T 选择以 Spacefilling 显示模型 可保存多种格式 默认格式 c3t 可存为jpg等 还有动画显示功能 可让其绕x轴 y轴 z轴转动 这样可以从不同角度显示结构 更具立体感 Analyze