生存分析及cox比例风险模型.ppt

生存分析 生存分析的主要内容 生存过程的描述生存时间的分布特点估计生存率估计平均生存时间绘制生存率曲线生存过程的统计推断生存时间的影响因素研究 生存分析需具备的资料 生存时间或称时间变量观察结果或称截尾变量暴露变量及混杂因素 肾移植例 一般手术 A组 391520202630414664 64135223365450596 680 900 900 改进手术 B组 1070 70 120225366390 475 518 647 801 1001 1045 1045 生存资料的定义 1 将数据定义为生存资料格式stset时间变量 failure 截尾变量 failure 截尾变量 stata以所有不等于0的非缺失值为预期的出现结果 若failure选择项缺省 则stata默认所有纪录均出现结果 生存资料的定义 2 四个变量 定义数据库后 stata系统自动产生的 st 数据库中该条记录是否被定义为生存资料 d 该条记录是否出现预期结果 t 观察对象被随访的时间 t0 观察对象第一次被观察到的时间 开始过程的时间为0 stsettime failure outcome failureevent outcome 0 outcome obs timeinterval 0 time exitonorbefore failure 33totalobs 0exclusions 33obs remaining representing18failuresinsinglerecord singlefailuredata11370totalanalysistimeatrisk atriskfromt 0earliestobservedentryt 0lastobservedexitt 1045 生存资料的描述 stci by 分组变量 选择项 p 生存时间的百分位数level 可信区间的可信度media 计算中位生存时间 为默认选项rmean 计算平均生存时间 stci by treat failure d outcomeanalysistime t time no oftreat subjects50 Std Err 95 Conf Interval 1 196446 8995204502 14 225 total 33365143 400164 stci rmeanby treat failure d outcomeanalysistime t time no ofrestrictedtreat subjectsmeanStd Err 95 Conf Interval 1 19297 0329 83 96867132 457461 602 14766 4481 116 2397538 622994 274 total 33512 9716 83 84662348 635677 308 largestobservedanalysistimeiscensored meanisunderestimated 生存率的估计 输出生存率 生存概率的标准误等统计量stslist by 分组变量 选择项 failure 输出死亡函数 1 S t level 规定所输出可信区间的可信度 stslist by treat failure d outcomeanalysistime t timeBeg NetSurvivorStd TimeTotalFailLostFunctionError 95 Conf Int treat 1319100 94740 05120 68120 9924 6803010 23680 10150 07580 44759002020 23680 10150 07580 4475treat 21014100 92860 06880 59080 98967013020 92860 06880 59080 9896 10013010 67530 13440 34640 864710452020 67530 13440 34640 8647 绘制生存 死亡 曲线 1 绘制Kaplan Meier生存 死亡 曲线stsgraph by 分组变量 separate选择项 failure 指定绘制 死亡 曲线 缺省时绘制生存曲线Gwood 绘制生存 或死亡 曲线及其Greenwood可信区间lost 在曲线上标出该时间点截尾值例数 绘制生存 死亡 曲线 2 绘制Kaplan Meier生存曲线与Cox预测曲线stcoxkm by 分组变量 separate绘图命令选择项 生存率的比较 ststest分组变量 选择项 logrank 进行log rank检验 为缺省值 ststesttreatfailure d outcomeanalysistime t timeLog ranktestforequalityofsurvivorfunctions EventsEventstreat observedexpected 1 148 572 49 43 Total 1818 00chi2 1 6 71Pr chi2 0 0096 例8 8 某临床试验比较A B两治疗方案对某病的治疗效果 A组 group 0 12人 B组 group 1 13人 病人分组后检验其肾功能 kidney 功能正常者记为0 不正常者记为1 治疗后生存时间为stime 天 问不同治疗方案及肾功能对病人的生存时间是否有影响 例8 8 Cox比例风险模型 1 估计Cox比例风险模型的命令格式为stcox 协变量 nohr选择项 nohr 指定输出回归系数b而不是危险比exp b level 可信区间的可信度 例8 8 Stsetstime failure censor Stcoxgroupkidney nolognohrfailure d censoranalysistime t stimeCoxregression BreslowmethodfortiesNo ofsubjects 25Numberofobs 25No offailures 17Timeatrisk 15334LRchi2 2 22 67Loglikelihood 35 707534Prob chi2 0 0000 t d Coef Std Err zP z 95 Conf Interval group 1 243078 59931772 070 038 06843652 417719kidney 4 1054551 1645333 530 0001 8230126 387898 Cox比例风险函数 t 0 t exp 1 243group 4 105kidney 肾功能正常者接受B治疗方案比接受A治疗方案在某时刻的相对危险度为 RR t group 1 kidney 0 t group 0 kidney 0 0 t exp 1 243 1 4 105 0 0 t exp 1 243 0 4 105 1 3 466肾功能不正常者接受B治疗方案比接受A治疗方案在某时刻的相对危险度为3 466肾功能不正常者接受B治疗方案