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蛋白质质谱相关知识 1 主要内容 串联质谱仪构造及其工作原理利用质谱数据鉴定蛋白质的基本流程串联质谱图 MS MS MS MS质谱图实例肽段碰撞碎裂碰撞诱导解离 CID 产生的碎片离子类型MS MS质谱的解析串联质谱图 MS MS 的大规模解析串联质谱图 MS MS 的大规模解析流程 2 串联质谱仪构造及其工作原理 串联质谱仪的构造 质谱仪是用来测带电离子质量的 串联质谱工作视频质谱质量扫描三重四级杆工作原理 分离系统 3 质谱数据鉴定蛋白质基本流程 鸟枪法 4 MS MS质谱图实例 5 肽段碰撞碎裂 选定的肽段离子在碰撞室与惰性气体作用而发生碰撞诱导解离 collision induceddissociation CID 6 碰撞诱导解离 CID 产生的碎片离子类型 肽链断裂点与离子类型示意图 N端 C端 在CID碎裂模式中 主要有三种不同的肽键断裂方式 产生6中不同的碎裂离子 即N端的a b c型离子与C端的x y z型离子 每种断裂类型分别生成互补的两种离子 如a x b y c z 最常见的是a型离子 b型离子和y型离子 其他类型离子较少出现离子类型符号右下标的数字表示该离子所含有的氨基酸残基数目 断裂后的离子还可能丢失一个中性的水分子或氨分子 7 MS MS质谱的解析 8 串联质谱图 MS MS 的大规模解析 分为三类 数据库搜索方法目前最被广泛使用的方法 其基本思路是 模板匹配 将实验得到的图谱与从数据库理论酶切产生的肽段的理论预测图谱进行比对 按照一定的打分规则鉴定出匹配最好的肽段从头测序方法基于肽段序列标签的方法 9 串联质谱图 MS MS 的大规模解析流程 数据格式转换 转换为打分软件 如Mascot 可识别的数据格式 如 mgf UniprotDB ensemblDB NCBIDB 自构蛋白质序列 10 原始质谱数据 不同质谱仪产出的质谱数据格式是不同的 如 raw wiff文件 查看这些文件需要专门的软件 如 ThermoXcaliburBrowser raw文件三维数据 MS MS图谱 11 原始质谱数据格式转换 由于原始数据一般不能被肽段图谱比对打分软件所识别 所以需要经过格式转为打分软件可识别的格式数据 如 mgf格式 12 图谱肽段打分比对 常用软件如 Mascot 13 肽段与图谱匹配情况 图谱与最终鉴定得到的肽段间的匹配情况可以
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