rest_数据处理.docx

静息态数据处理Part1 数据的预处理1、格式转换 2、去除前 n 个时间点的数据 3、时间层校正（Slice Timing） 4、头动校正（Realign） 5、空间标准化（Normalize） 6、平滑（Smooth） 7、去线性漂移（Detrend） 8、 滤波（Filer）一、DICOM 格式NIFTI 格式。若数据遗失 NIFTI 格式则不用转，直接在工作目录下建 立一个子文件夹“FunImg” ，将数据拷入其中即可 二、一般去 10（820 之间即可） ，由于机器刚启动等原因前面一些数据不稳定 三、Slice Timing 的设置：以总层数 25 层为例 SPM 中：Slice order：高频；对于 SC 脑室？来 说，ALFF 在整频段都比较高，但低频Thrd) + （con_1T.imgThrd）0 SPMBrain maskImage calculatorinput images：patient_1T.img con_1T.img -output image:Mask_2T.img-expression: (i11.96 + i21.96)0 这里以 z 分布为例 2、正式统计： 使用 SPM 的不再累述， 过于繁琐， 不过需要注意的是在最后 define contrast 里： contrast: 1 1 表示第一组减第二组，而 1 1 表示第二组减第一组 使用 REST，加入两组图像，之后这里的特别之处是可以假如协变量。一般是加入被试 的灰质含量（比例，概率）图，在前面做空间标准化时如使用 T1 像为模板做可生成 VBM 文件夹，下面有灰质的概率图，这里要选是标准空间的概率图做协变量呢。 要加入灰质概 率图作为协变量的理由：在某些病人与正常人的对照研究中，由于病人的脑萎缩，脑脊液则 相应增多， 这是功能像的差异可能是脑萎缩造成的灰质与脑脊液之间比例的差异。 注意这里 可能需要对灰质概率图进行重采样，因为 DPARSF 中默认生成的灰质图的分辨率为 2*2*2， 需重采样为 3*3*3。 在 add covariate images 时应该按前面的待检验数据顺序。 这里还可以加入其它协变量，一般为 txt 文件，例如可加入年龄、智力等，按一个变量 一列输入 txt 文件中。 结果：生成 T.img 文件，可用 REST Slice Viewer 打开，查看其中正负两种 T 值，注意 其中正值表示第一组大于第二组，而负值表示第一组小于第二组。三、配对样本 T 检验 paired sample T test 适用于一组被试的前测与后测之间的比较，需要图像类型与二中相同 使用 SPM 时唯一需要注意的是最后 define contrast 里：contrast: n 个 0 1 1 表示 第一组减第二组，而 n 个 0 1 1 表示第二组减第一组 这里 n 等于被试数 使用 REST 时，必须在加入两组图像前注意将两组图像的顺序整理一致，使一一对应。 这里的检验默认是第一组减去第二组。 结果：生成 T.img 图像，其中正值表示第一组大于第二组，负值表示第一组小于第二组。四、ANOVA analysis 方差分析 适用于所研究因素的水平大于 2 时的检验 使用 SPM 的过程比较繁琐，需要的注意是在结果生成的图像中要正确的找到表示主效 应结果的那个图像。 REST 中基本上类似于两样本 T 检验的过程，同样可以加入协变量，不同的是结果生成 的是 F 图，但也可以用 REST Slice Viewer 查看。 五、相关分析 Correlation analysis 一般我们是做一组被试的某种数据图像与该组被试的另一组数据的相关，如阿尔茨海 默病人组的 ALFF 图像与 MMSE 量表得分的相关。而不是把病人组与对照组数据放一起做 两类数据的相关，后面这种是错误的，产生的结果无意义或完全不符现实。用一个很简单的 图可以解释（各部分分别负相关，但整体呈正相关） 。 在 REST 中， Utilities-correlation analysisadd group image： -add seed series： 一 选 般是 txt 文件，如 MMSE 量表得分，按前面加入的图像的顺序一列录入被试量表得分。 生成 R 图，里面是相关系数，可以用 REST Slice Viewer 查看并卡阈值。Part5 结果查看Transversal 横断面 coronal 冠状面 Sagittal 矢状面一般的查看结果图像软件; SPM Xjview MRIcroN REST slice viewer 就用 REST slice viewer 而言： 首先，载入图像，底图：underlay 可选择软件安装目录下 Template 文件夹下的 ch2.nii 或在软件中点 Template 按钮，选下拉菜单中那几个。上层图像：overlay 一般为做完统计检 验后生成的功能像。点击 click to toggle HDR info 可以获取这两层图像的一些具体信息。注 意如果这里显示 NFTI image :display in radiology convention,则表示图像所显示的左半图为右 半球，右半图为左半球。 卡阈值：在 P 那里输入显著性概率，如 0.05，则会在 Threshold 后生成对应的阈值 T。 df 按钮为自由度，软件可以自行读出载入图像自由度，一般可不用设置。 Cluster size：这里有三项需设置：体素数目：这里自己填，一般借助多重比较校正表中 提供的 cluster 值，表明核团的数目低于这个数时则在图中不显示出来；核团体积：自动根 据所填体素数目计算出；连接类型： m m 值）可填：4，面连接，8 个周围体素；5 或 （r SPM_criterion，表示面连接+边连接，18 个周围体素；6，点+面+体连接，26 个周围体素。 多重比较校正：Misc 下最后一项：Alpha sim ，点击出现一个校正表，可查看对应 rmm 值下不同平滑核值下不同阈值下相应该卡的核团大小（体素数目） 。 Misc 下还可有 set overlays color bar 来设置图旁边的彩色条：一般推荐输入 12 在 morntage 左边有形如*/*的数字，左边数字表示十字架所指处对应底图的灰度值， 而右边数字表示此处 overlay 上对应的 T 值。如果想查看功能连接图中某处的 r 值，只要overlay 载入的是功能连接图即可。 Slice viewer 加入其它 slice ,点 yoke 则移动十字，两个图上的十字匹配运动。？ Crosshair 在需要截图进发表文章时勾选去掉此项，则十字不显示。 X1 处表示可选放大缩小倍数。 MNI/Tal 选择这个可以在两种坐标间转换。 Save cluster： 点此可保存十字所指处的核团，新生成的图的 color bar 从 0 开始了，因 为这里没卡阈值。此外生成了 mask 文件，可以用来做感兴趣区 ROI。 Save clusters：点此用以保存所有存活下来的核团。作用：从激活图来做 Mask 例如：分别吧 AD 组与正常组被试存活的 clusters 保存下来，用于下一步用 Image calculator 中将二者并集即做成之前所提到的 mask， 由于保存的 clusters 这些图没有卡阈值， color bar 则 从 0 开始，对应制作 mask 时（i10 + i20）0 ？ Cl. Report 用该功能前必须装 XJview， 点该处会出现一个报表： 内含显著核团的一些信 息，用于整理成报表发文章时用。包括：voxels 数目