AutoDock-分子对接步骤.doc

Discovery studio: File - New - molecule window : 出现如下窗口，将所要处理的分子*.sdf文件拖入，Chemistry - hydrogens - dele 去掉所有氢，选中质子化的氮原子选中质子化的氮原子，Chemistry - charge:+1.Chemistry - hydrogens - add.（加上所有氢，包括质子化的氢原子）Pdbqt格式准备（pymol）：4M48-DAT.pdb用pymol读入：点右下方S键, 在左上方显示序列，选中21B，右侧显示有sele后，file - save molecular: sele - OK -重命名ligand.pdbFile - open - Duloxetine_3d.sdf Save molecular : Duloxetine-3d.pdb受体准备：1. Pymol软件：pymol打开两个蛋白分子的pdb格式，将SERT-model叠合到4M48-DAT上，保存叠合后的SERT-model.pdb。（此步骤是重新定义SERT-model的坐标）2. AutoDockTools: file - ReadMolecule: SERT-moldel-align.pdb Edit - Hydrogens : polar Only - Ok Grid - Macromolecule - choose : SERT-moldel-align. 保存为:SERT-moldel-align.pdbqt配体准备： Ligand - input - open : (*.pdb) ligand.pdb | Duloxetine-3d.pdb Ligand - Output - Save as PDBQT: 保存为*.PDBQT文件。找活性位点，计算格点：Grid - Macromolecule - open : SERT_model_align.pdbqt 弹出对话框：NO、确定、确定Ligand - input - open ：ligand.pdbqt 弹出对话框：确定Grid - set map types - choose ligand : ligandGrid - GridBox - center - center on ligand : 存图片或 output grid dimensions file | close saving currentLigand - input - open ：Duloxetine_3d.pdbqt 弹出对话框：确定Grid - Macromolecule - choose : SERT_model_align弹出对话框：NO、确定、确定Grid - set map types - choose ligand : Duloxetine-3dGrid - output -save GPF :SERT-Drug.gpf Run - AutoGrid 提交成功，呈现如下对话框：生成一系列*.map文件和SERT-Drug.glgDocking :Docking - Macromolecule -set rigid filename: SERT-moldel-alignDocking - Ligand - choose : Duloxetine_3d 弹出对话框： Accept Docking - Output - Genetic Algorithm (4.2) | Lamarckian GA(4.2): SERT-Drug-dock.dpfRun - AutoDock 提交后呈现：结果分析：Analyze - docking - open :*dlg (SERT-Drug-dock-GA.dlg |SERT-Drug-dock-lamarkianGA.dlg)Analyze -confo