lammps安装指南.doc

sudo I 进入根权限cd . 回到上级菜单输入su root进入不了root，而输入sudo su和sudo -i可以，为什么？这3个命令有什么不同？su root就是一个切换用户命令，root是用户名，那么你需要输入的就是root账户的密码要用什么root权限做事在前面加sudo就行了sudo -i选项是指更改shell环境参量为目标用户的，而你没指名目标所以默认了root，并且把环境参量也换成root的了，就更root登录shell一样。关于安装lammps单机并行版最终过程（ubuntu）！每次在论坛上得到各位高手的指点，真的是感激不尽！下面是本人结合各位高手的结果和本人的体会，给出单机并行版的安装最终过程，已报答论坛的帮助，希望各位拍砖！切换到根目录（root）sudo -s先更新安装gccsudo apt-get install g+-安装fftw1下载源码包fftw-2.1.5.tar.gz，解压 tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz2 cd fftw- ./conefigur -prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu -enable-float 其它选项:4 make5 make install二安装mpich1下载mpich.tar.gz2 cd mpich-1.2.7*(版本太低用2.1.5)-3 ./configure -prefix=/opt/mpich-gnu 需要安装gfortran sudoapt-getinstallgfortran 4 make5 make install三编辑/etc/hosts.equiv文件，在其中加入本机主机名（用hostname可以得到），单独一行！前三步都在root下进行。下面的步骤都在自己的用户中进行还要安装一个jpegsrc.v8c.tar.gz。否则四中编译运行会说缺少此文件。cdjpeg-8c./configure-prefix=/opt/jpeg(配置JPEG库安装路径，请记住，后面需要用到)makemakeinstall然后再把src/MAKE里面的Makefile.g+文件修改一下JPG_INC=-I/opt/jpeg/includeJPG_PATH=-L/opt/jpeg/lib安装build-essential软件包$sudoapt-getinstallbuild-essential再在src目录下，用命令makepackage-status查看一下安装了哪些包删了后生成lmp_g+可执行文件。四安装lammps1 tar xvzf lammps.tar.gz2 cd lammps*3 cd src4 vim MAKE/Makefile.g+ 修改mpich的安装路径 修改fftw的安装路径（每个都有两处，include前面和lib前面的部分）MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -l/opt/mpich-gnu/includeMPI_PATH = -L/opt/mpich-gnu/libFFT_INC = -DFFT_FFTW -l/opt/mathlib/fftw215-gnu/includeFFT_PATH = -L/opt/mathlib/fftw215-gnu/libJPG_INC = JPG_PATH = JPG_LIB =-ljpeg（这里是它的jpegsrc.v8c.tar.gz路径）设置环境变量：在根目录下然后在你的主文件夹下找到.bashrc文件，在最后加入下面的内容LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich2/lib:/opt/fftw215/lib:/home/sky/tools/lammps/src/lib:$LD_LIBRARY_PATH注意按照你自己的安装路径进行改动。然后用命令source/.bashrc进行更新export LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich2/lib:/opt/fftw215/lib:/home/sky/tools/lammps/src/lib:$LD_LIBRARY_PATH输入echo $LD_LIBRARY_PATH查看环境变量是否应用source/.bashrc5 make g+ (在src目录下)生成lmp_g+四运行lammps1 cd ./bench2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np 16 ./src/lmp_g+ in.chain谁写的，认领吧，呵呵试试example里面的例子：比如进入examples/melt，里面有in文件in.melt，将可执行文件lmp_g+复制到这个目录下，然后用命令lmp_g+in.melt运行lammpsGROMACS安装流程(1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码3tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gztar zxvf gromacs-3.3.1.tar.gztar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz(2) 编译lam-mpicd lam-7.1.3 ./configure -prefix=/home/lam-7.1.3 -without-fc -with-rsh=ssh-x./configure -prefix=/home/lam-7.1.3 -with-fc=”gfortran” -with-rsh=ssh-xmakemake install注：-without-fc是不编译mpif77，可以去掉(3) 添加mpi环境变量export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)(4) 编译fftw单双精度版cd fftw-3.1.2./configure -enable-float -enable-mpi -prefix=/home/fftw-3.1.2makemake installmake distclean./configure -disable-float -enable-mpi -prefix=/home/fftw-3.1.2(3) 设置fftw环境变量export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/includeexport LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib(4) 编译gromacscd gromacs-3.3.1 ./configure -prefix=/home/gromacs-3.3.1 -enable-mpi./configure -prefix=/home/gromacs-3.3.1 -enable-mpi enable-shared program-suffix=_mpi makemake installmake distclean./configure -prefix=/home/gromacs-3.3.1 -program-suffix=_d -enable-mpi -disable-float(5) 设置gromacs环境变量export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)(6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）make contrib 注：这步可以省去update: gromacs-4.0，fftw-3.2.1，lam7.1.4与上面的方法完全相同，只需更换目录即可。Gromacs是良好大分子分子动力学模拟软件，鉴于当前网络上关于此软件的使用说明及介绍很少，对于象我这样的初学者来说，有很大困难，所以根据我十天以来的安装和使用体会，借着酒劲写下以下的东西，为以后使用这个软件的同学创造一点点的便利。当前网上能够搜索到的关于Gromacs安装的说明不外乎两篇中文指南，因为Gromacs是在Linux系统下安装使用的，所以这两篇文件中都需要设计修改一些命令，这对于linux和Gromacs的初学者很不方便，所以在此介绍一种不同的方法（此方法我能证明可以使用）当前的安装说明大部分是使用tar.gz文件的解压缩然后安装，现在使用的方法是使用rpm文件此文件不需要解压缩，直接可以安装保存，睡觉，明天接着写继续当前网上的安装我还是应该交代一下，一下是网上的安装过程：操作平台：Redhat9.0。以root帐号操作1、安装fftw-2.1.3.tar.gz./configure-enable-floatmakemakeinstall2、安装gromacs-3.2.1.tar.gz./configuremakemakeinstall默认的是把程序安装到了/usr/local/gromacs/目录下。3、编辑主目录下的.bash_profile文件，在其中加入下面的一行：exportPATH=/usr/local/gromacs/i686-pc-linux-gnu/bin:$PATH保存退出后，运行source.bash_profile让PATH路径生效。4、参考online的tutorial运行/usr/local/gromacs/share/tutor目录下的教程其中以root帐号登陆安装，这很重要，否则没有权限哈。当前我用的安装过程如下1.Linux下root登陆2.下载fftw3-3.0.1-4.i386.rpm和gromacs-3.3-1.i386.rpm两个软件3.安装此软件命令是rpm-ivefftw3-3.0.1-4.i386.rpmrpm-ivegromacs-3.3-1.i386.rpm4.这样两个软件就已经安装成功另外，在官方网站（）的安装说明中也提到了讲tutor文件夹复制到用户新的文件夹。（在摸索这一步过程中吃了很多苦头，我不知道上面提到的安装中是不是编辑文件就可以达到这一步，我是linux和gromacs双重菜鸟，当然不会编辑 bash文件了）我的方法是下载gromacs-3.3.1.tar.gz之后解压缩，然后在/share下找到tutor文件夹，将其copy出来到新的文件夹。这个文件夹中有几个gromacs自带的算例，对程序的上手很有帮助5.运行luck然后可以看到诸如JesusCantSaveYou,ThoughItsNicetoThinkHeTried (BlackCrowes)或者BeatOntheBratWithaBaseballBat(TheRamones)之类的语句，证明你的安装成功了！6.按照网上提到的安装说明，gromacs是被安装在了/usr/local/gromcas下。而在我提到的安装后，gromacs被安装在了/usr/bin之下安装成功，其实，关于gromacs的安装和使用，还是应该多看官方网站的tutor，毕竟这是一个freesoftware，所以他的tutor是相当详尽的。因为这是一个freesoftware所以，需要大家一起努力为了gromacs更广泛的应用努力。以下，我大体谈一下gromacs的文件类型常用的gromacs文件有以下类型：1.moleculartopologyfiles初学分子模拟的我暂时称之为分子拓扑文件（不知道别人都是怎么翻译的），topfile是pdb2gmx自动讲PDB格式文件转化生成的2.molecularstructurefiles这种结构文件包括pdbgro两种，pdb2gmx将pdb文件转化为top文件的同时也将pdb转化为了gro。gro和pdb都是结构文件，它们的不同在于格式，grofile还保存了velocities当然，如果你用不到v时，也可直接使用pdb格式的结构文件另外，genbox程序用于生成研究对象周围箱中的溶剂分子，首先需要定义合适的盒子的尺寸大小。genbox的outputfile是gro。genbox同时还讲原有的top文件修改为假如溶剂分子后的top文件3.moleculardynamicsparameterfiles(mdp)mdpfiles其实是一个参数文件，包括了要做分子动力学模拟所需的例如time-stepnumberofstepstempraturespressure等等的参速4.indexfiles(ndx)5.runinputfile(tpr)将上面提到的四种文件组合生成tpr文件，也就是top+gro+mdp+ndx=tprtprfile包括了要run分子动力学模拟所需要的所有信息grompp程序处理所有的input文件生成tpr6trajactoryfiles(trr)这姑且成为轨道文件，读取trr文件对我来说走了很多弯路，曾经试图尝试使用guassview和vmd1.8.4等读图工具读取。后来跑到smth得知读取trr在gromacs中有一种自带程序ngmx。这种软件读取trr文件需要xwindows，当时我用win系统ssh连接linux，当然无法读取了，汗另外，在官方网站上有gromacs的flowchart/external/online-reference-manual.html做的相当