并行编程环境设置和注意事项.doc

并行编程环境设置和注意事项一 远程登陆服务器请同学们使用服务器分配的原始密码通过SSH工具登陆到实验集群的登陆节点：202.38.192.99，然后使用命令passwd对初始密码进行修改。PS：Linux下密码不可见。 接着在自己的账号下使用命令mkdir命令建立2个目录：OpenMP，MPI用来存放不同实验数据和文档。二 跳转计算节点本次实验除了LC的登陆头节点（202.38.192.99）还有4个计算节点，分别是C0-0,c0-1,c0-2,c0-3。使用命令ssh可以从当前节点转到计算节点,例如ssh c0-1则可从当前节点转到计算节点c0-1,其他如此类推。MPI实验在登陆节点上运行程序一定要加-nolocal或者-machinefile参数，禁止使用登陆节点计算。三 设置编译环境使用命令vi /.bash_profile设置环境变量,添加路径如下文,然后使用. /.bash_profile（注意前有个点+空格）使设置生效,整个操作过程如下:lp.zhbl6000 $ vi /.bash_profile# .bash_profile# Get the aliases and functionsif -f /.bashrc ; then . /.bashrcfi# User specific environment and startup programsPATH=/opt/mpich-1.2.7pl/bin:/opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/ia32:$PATH:$HOME/bin:/usr/sbinLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib:opt/mpich-1.2.7pl/lib/:/opt/intel/Compiler/11.0/069/lib/ia32export PATHexport LD_LIBRARY_PATHunset USERNAME lp.zhbl6000 $. /.bash_profile然后使用which mpirun命令检测路径,如果屏幕显示/opt/mpich/gnu/bin/mpirun表明设置成功。如下所示：lp.zhbl6000# which mpirun/opt/mpich-1.2.7pl/bin/mpirun四 清除异常进程请明确你的程序在哪个节点上运行，万一出现问题你必须停止（kill）该节点上的程序进程。请不定时对你所在的节点进行查询，以观测你的进程是否还在上面正常运行，命令如下（使用自己的用户名取代username）：ps -aux | grep username 另外，对出现问题的进程必须停止，命令如下（pid为进程号）： kill -9 pid五 清除异常信号量可以使用 ipcs -a命令检查是否存在大量残留信号量。运行MPICH安装目录下的清理程序。路径在/opt/mpich/gnu/clean/cleanipcs。需要清理frontend和计算节点的。六 编译运行OpenMP程序以OpenMP实验附录的程序Helloworld.c为例:lp.zhbl6000 OpenMp$ icc -openmp -o Helloworld Helloworld.c Helloworld.c(10) : (col. 1) remark: OpenMP DEFINED REGION WAS PARALLELIZED. lp.zhcompute-0-1 OpenMp$ ./Helloworld Hello, world from OMP thread0Number of threads 2Hello, world from OMP thread1 七 编译运行MPI程序编译：mpicc src.c 或者mpicxx src.cpp默认用gcc作为编译器，一般mpicc O2 可获得不错的优化后的程序运行：mpirun 参数 执行文件-nolocal参数，不要在frontend上执行计算任务。-np 参数，指定进程数目-machinefile参数 ,指定机器,推荐使用该参数,可以避免信号传输过程中的一些错误。默认使用/opt/mpich-1.2.7pl/binMpirun machinefile myfile，其中myfile指定自己想要按顺序执行的机器目录，格式为：compute-0-6.localcompute-0-7.localcompute-0-1.local。顺序可以自由设置,若不使用，mpich将机械地从头(节点1)开始选择机器。高级：可使用SGE、PBS乃至ganglia来生成machinefile，自动选择较为不忙的机器）以OpenMP实验附录的KMP串匹配MPI程序为例：编译：gcc gen_pat.c o gen_patmpicc kmp.c o kmp运行：首先运行gen_ped生成模式串，gen_ped Strlen Pedlen Seed Pattern_File。其中Strlen代表模式串的长度，Pedlen代表模式串的最小周期长度，Seed是随机函数使用的种子数，Pattern_File是生成数据存储的文件，这里在kmp.c中固定指定的文件名为pattern.dat。本例中使用了如下的参数。./gen_pat 3 2 1 pattern.dat之后可以使用命令 mpirun np SIZE kmp m n来运行该串匹配程序，其中SIZE是所使用的处理器个数，m表示文本串长度，n为文本串的周期长度。本实例中使用了SIZE=4个处理器，m=18，n=2。 运行结果：存储于pattern.dat中的模式串为：qmq存储于match_result中的匹配结果为：lp.zhbl6000 lp.zh$ mpirun -nolocal -np 4 kmp 20 3processor num = 4 textlen = 20patlen= 3lp.zhbl6000 lp.zh$ more match_result The Text on node 0 is nwlnw .The Text on node 1 is nwlnw .The Text on node 2 is ebgeb .The Text on node 3 is gvwgv .This is the match result on node 0 (0) -(1) -(2) -This is the match result on node 1 (3) +(4) -(5) -(6) -(7) -This is the match result on node 2 (8) -(9) -(10) -(11) -(12) -This is the match result on node 3 (13) -(14) -(15) -(16) -(17) -说明：该运行实例中，令文本串长度为20，随机产生的文本串为asasasqmqmqmypypyp，分布在4个节点上；模式串长度为3，随机产生的模式串为nwn。最后，节点1上得到一个匹配位置，由+表示出来。八 一些MPI程序常见问题1、 p4_error: semget failed for setnum: 0 原因：MPI程序没有正常退出，占用信号量没有释放检查：ipcs s对策：杀死程序，清除异常进程和异常信号量。需要同时清理frontend和