AUTOK 40 使用说明教程.doc

AUTODOCK 4.0 使用中文版 國立東華大學 生物技術研究所 宣大衛教授實驗室製作版面作者:林世浤 如有問題請回信指教 e-mail: .twAutoDock 是一套做docking的軟體，主要是做小分子與大分子(receptor)鍵結的預測，使用autodock4 .0圖形介面，需安裝四項程式：PS.找機會 會把安裝程序放上去*AUTODOCK4.0 的介面，所有設定都會在此介面執行。(一)、1. File - Read Molecule (選擇分子)2. Select - Select From String(要標定水分子) - Add3. Edit - Delete - Delete AtomSet - Continue(將水分子消除)4. Edit - Hydrogen - Add - OK5.File - Save - Wrtie PDB6. Display - Show/Hide Molecule (先隱藏起來，接下來要設定ligand)(二)、/* Ligand */1.Ligand - input - open - (檔名.pdb)2.Ligand - Output - Save as pdbqt(三) autodock4.0 新增的東西 (Flexible Residues)A：文獻上沒有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳過File - Save - Write PDBQTB：文獻上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接尋找1.Flexible Residues - Input - Choose Macromolecule2.Edit - Hydrogens - Merge Non-Polar - CONTINUE3.Select - Select From String /* Residue打上ARG8 - Add */4.Flexible Residues - Choose Torsions in Currently Select Resdues5.Flexible Residues - Oput - Save Rigid pdbqt(四) /* Grid */1.Grid - macromolecule - (檔名.pdbqt) (protein)2.Grid - Set Map Type - (檔名.pdbqt) (ligand)3. Grid - Grid Box (把所有參數調整好) - 4. File(Grid Options) - Close saving current5. Grid - Output - Save GPF (檔名.gpf)6. /* Edit GPF (是在看檔案.gpf，的文件) */(五) /* Run */1.Run - Run AutoGrid2.Laumch (autodcok3要改成autodcok4才能執行) PS.執行結束後，有幾個檔案出來，之後要執行分子間的力場。(六) /* Docking */1.Docking - Mocromolecule - (檔名.pdbqt) (protein)2.Docking - Ligand - (檔名.pdbqt) (ligand)3. Docking - Output - (看你要選擇哪一個演算法，存取它)4. /* Edit DPF (是在看檔案.dpf，的文件) */(七) /* Run */1.Run - Run AutoDock2.Laumch (autodcok3要改成autodcok4才能執行)(八) /* Analyze */A：1.Analyze - Docking - (檔名.dlg) 2.Analyze - Conformations - Play (可讓ligand變更位置，ps.已對結好的位置)3.Macromolecule - (檔名.pdbqt) (protein)(八) /* Analyze */B：1. Analyze - Grids - Open Other 選擇步驟(五)中的九個由autogrid 產生的文 件，每一個文件都代表不同的力場2.Analyze - Conformations - Play (ligand可配合任一力場，做autodock所產生 出的九個docking位置，並判斷它們的關係)(八) /* Analyze */C：1. Analyze - Conformations - Extract Histog