Gview3.doc

Setting up and Running Gaussian JobsThe Gaussian Calculation Setup window建立Gaussian输入文件的第一步是要建立所需的分子。GaussView可以给出计算所需的分子结构的键长、键角和二面角等数据。模型建立之后，通过Calculation-Gaussian菜单选项打开Gaussian Calculation Setup对话框。如下图所示。这个对话框可以进行所有类型的Gaussian运算，命令行在对话框上部显示，并随着我们在对话框中的选择而改变。Gaussian Calculation Setup对话框底部的按钮的作用：Submit：用Gaussian计算当前的输入文件。如果没有保存文件，系统会提示先保存。Cancel：关闭对话框，所有的选择都回到默认选项。Edit：使用外部的文本编辑器直接打开输入文件，输入文件只有用Gaussview保存之后，才能进行修改。Retain：关闭对话框，保存当前的设置，但不创建/更新输入文件，也不提交Gaussian计算任务。Default：恢复所有选项为默认值。Help：提供在线帮助。各个板块的功能1，The Job Type Panel：下拉菜单选择工作类型，默认为单点能计算，面板还提供一些所选计算类型的相关选项。计算其他性质，可以在下拉菜单中选择空白项，然后在窗口下方的Additional Keywords部分输入合适的关键词。可以在这个部分添加任何关键词或者选项。2，The Method Panel设定计算方法和基组。默认使用闭壳层Hartree-Fock方法3-21G基组，计算基态性质。Method选项设定的内容：计算基态或激发态性质；理论方法，其中第四个选项设定指定方法的种类，如上图所示，选择DFT /B3LYP方法；波函数的类型（开壳层或闭壳层体系），默认为不指定类型。Restricted，Unstricted和Restricted Open分别代表关键词中的R、U和RO。Basis Set选择计算所用的基组，可以对基组添加极化函数和弥散函数。选择顶部的空白选项，并在Additional Keywords部分输入任何需要的基组。使用Charge 和Spin设定分子的电荷和多重度。GaussView会根据分子结构自动选择，可能需要进行修改。3，The Title Panel设置Gaussian题目行，即对作业进行简单的描述。4，The Link0 Panel设置输入文件的Link0命令行，如果希望计算结果可视化，应给checkpoint文件命名（保存）。使用checkpoint按钮浏览，选择文件夹进行保存。5，The NBO Panel选择进行的NBO分析，使用Checkpoint Save可以在checkpoint文件中保存NBOs，默认选项为 Dont Save。 这个面板可以设定NBO（自然键轨道）分析的种类，将NBOs保存到checkpoint文件中。6，The Solvation Panel使用此面板可以在溶剂环境中进行计算。Model项可以选择特殊的溶剂模型（默认为PCM）在相应的下拉菜单中可以选择不同的溶剂。选择other可以选择列表中没有的溶剂。7，The General Panel可以选择一些常用的计算选项，如下图所示：下表显示选项所代表的关键词：OptionDefaultkeywordUse quadratically convergent SCFoffSCF=QCUse Modified Redundant CoordinatesonGeom=ModRedundantIgnore SymetryoffNoSymmAdditional Printoff#PWrite ConnectivityonGeom=ConnectivityUse Modified Redundant Coordinates只有在使用Redundant Coordinate Editor建立冗余内坐标时才可以使用。否则此项无效。Write Connectivity也包括了高斯输入文件中适当的其他输入选项。8，The Guess Panel包括有关初始猜想的设定。Guess Method下拉菜单中的选项包括：Default：使用Gaussian 03默认的初始猜想。Core Hamiltonian：使用Gaussian98默认的初始猜想。如没有安装Gaussian98则不能够使用。Extend Huckel：使用Huckel猜想（Guess=Huckel）。Read Checkpoint file：从Checkpoint file中获得初始猜想（Guess=Read）面板中各个选项的意义如下：OptionDefaultkeywordMix HOMO&LUMO in initial guessOffGuess=MixOnly do guess (no SCF)OffGuess=OnlySave orbital to checkpoint fileOffGuess=SaveAlways generate guess in opimizationsOffGuess=AlwaysLocalize orbitalsOffGuess=LocalPermute orbital from Mos DialogOnGuess=Permute只有当使用MO Editor改变分子轨道顺序时，Permute orbital from Mos Dialog才可用。9，The PBC PanelSpecial Consuderations for Various Gaussian Job Types这部分概括了建立Gaussian任务的信息。Transition Structure Optimization: Opt= QST2 and Opt= QST3Gaussian STON-based 过渡态结构优化要求输入文件中有两或三个结构。为了建立这些任务，需要建立一个包括所需数目的分子群，如果想进行Opt= QST3计算，过渡