细菌的分类及命名.ppt

细菌的分类及命名 一 细菌的分类地位二 细菌的命名三 细菌分类鉴定的标准四 细菌的分类体系五 细菌的鉴定 一 细菌分类学 对细菌进行分类 命名与鉴定的一门学科 任务 在全面了解细菌生物学特征的基础上 研究它们的种类 探索其起源 演化以及与其他类群之间的亲缘关系 进而提出能反映自然发展的分类系统 并将细菌加以分门别类 细菌分类学包括分类 命名和鉴定 1 细菌分类 根据细菌各自的特征 并按照亲缘关系分类 以不同等级编排系统 分类有两种 细菌的生理生化分类法 包括有传统分类法和数值分类法 细菌核酸 蛋白质结构的同源程度进行分类法 称种系分类或自然分类 2 细菌命名 在分类基础上 给每种细菌一个科学名称 便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名称 3 细菌鉴定 将未知细菌按分类原则 确定细菌的分类地位 二 细菌的分类地位 1 过去属于植物界 现在划为 原核生物在兽医微生物中 古细菌不占重要地位 古菌 细菌 2 细菌还包括衣原体 立克次氏体 霉形体 螺旋体 放线菌等 对动物和人具有致病作用蓝细菌 紫色光合细菌等 界Kingdom 拉 Regnum 门Phylum 拉 Phylum 纲Class 拉 Classis 目Order 拉 Ordo 科Family 拉 Familia 属Genus 拉 Genus 种Species 拉 Species 3 细菌的分类单元细菌的分类单元与动植物一样 依次为 科及科以上的划分在细菌不太完善 且随着研究的深入科属的划分会发生变动 1 属 genus 性状相近 关系密切的若干菌种组成一个菌属 与其他属有明显差异 2 种 species 是细菌学分类的最基本单元 生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种 3 菌株 strain 是不同来源的某一种细菌的纯培养物 三 细菌的命名 1 细菌的命名依据 国际细菌命名法规 TheInternationalCodeofNomenclatureofBacteria 学名用拉丁文 遵循 双名法 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如 产气荚膜梭菌 Clostridiumperfringens 属名在前 字首字母要大写 其余小写整个属名及种名在出版物中应排成斜体中文译名 种名在前 属名在后 2 分类学文献中的细菌拉丁文学名 属名和种名之后 往往还要加上首次定名人 加括号 现名定名人和现名定名年份 这些均用正体排字 一般兽医学及医学微生物学文献中 属名和种名之后的部分均予省略 如 Escherichiacoli 例如大肠埃希菌的学名全名是 Escherichiacoli Migula CastellanietChalmersl919指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillucoli Castellani及Chalmers于1919年改为现名 金黄色葡萄球菌的学名为 3 拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念4 属名重复出现时 拉丁文可缩写 用第一个字母 为避免混肴 也可用2个字母 大肠杆菌 E coli 5 只确定属名 未确定种名的某一株细菌 其拉丁文学名可在属名之后加sp 正体字 如果同属未定种名的若干菌株 则用spp species的缩写 sp 表示单数 spp 表示复数 如Micrococcussp 表示微球菌属的一个种 Micrococcusspp 表示微球菌属的一些种 6 如果是新种 在新种的拉丁文学名之后还要加上 sp nov nov是novel的缩写 例如Lawsoniaintracellularisgen Nov sp Nov 译为 胞内劳森菌 新属新种 7 亚种用subsp 正体字 表示 这是subspecies的缩写 例如Pasteurellamultocidasubsp septica 中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种 四 细菌分类鉴定的标准 1 长期以来 细菌分类鉴定的主要依据是其表型 phenotype 特征 这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的作用 尤其是在临床微生物学的实中 至今仍有应用价值 形态染色培养细胞壁结构生理生化抗原特性 2 目前微生物学界普遍考虑的分类依据是细菌的种系发生关系 phylogeneticrelationship 即分析其基因特征从而确定分类地位 研究细菌的种系发生关系主要采用三种方法 1 测定DNA碱基 G C mol 2 核酸分子杂交3 16SrRNA寡核苷酸编目 1 DNA碱基G C 比例的测定 亲缘关系相近的种 比也相近 比差别大亲缘关系必然远 简称GC比 种内差距2 5 4 0 种间 5 属间差距 10 2 核酸分子杂交法 DNA DNADNA rRNArRNA rRNA方法 待测菌株dsDNA ssDNA参照菌株 同位素标记的ssDNA检测杂合DNA的放射性强度 参照菌株自身为DNA复性的放射性强度100 DNA DNA杂交同源性性 60 为同种 70 同一亚种20 60 为同一属 3 rRNA寡核苷酸编目分析 rRNA是细胞中的 活化石 原核生物 23s 16s 5s真核生物 28s 18s 5 8s16s或18s用作系统分类 提出三域学说 生理功能重要又恒定 含量高易提取 核苷酸序列保守 分子质量适中 信息量大易于分析 五 细菌的分类体系细菌分类体系主要是 伯吉氏系统细菌学手册 Holt 美国 编共4卷 及 伯吉氏细菌鉴定手册 国际系统与进化微生物学杂志是细菌分类命名世界公认权威为期刊 国际公认的菌种保藏权威机构是 美国典型培养物保藏中心 ATCC 以及 德国微生物及细胞保藏中心 DSM 等 我国兽医微生物菌 毒 种由中国兽药检察所鉴定保存 五 细菌的鉴定纯培养细菌才能进行鉴定 DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室 常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法 有成套检测指标的快速诊断试剂盒商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube系统 API系统 Vitek系统等 有条件的单位可用PCR技术检测鉴定 1 分类方法数值分类法 根据细菌的各种性状的数值分析 借助计算机 将拟分类的细菌按其性状的相似程度归类定位 在进行数值分类时需要选择分类单位 菌株 种或属 将性状编码 按公式计算出相似度 S矩阵 进行系统聚类 画出相似矩阵图 最后转绘树状普 dendroga