优化Kozac序列.doc

SD序列（Shine-Dalgarno sequence）：mRNA中用于结合原核生物核糖体的序列。 SD序列：在细菌mRNA 起始密码子AUG上游10个碱基左右处，有一段富含嘌呤的碱基序列，能与细菌16SrRNA3端识别，帮助从起始AUG处开始翻译。在原核生物中, 核糖体中与mRNA结合位点位于16S rRNA 的3端,mRNA中与核糖体16S rRNA结合的序列称为SD序列(SD sequence),它是1974年由J.Shine 和 L.Dalgarno发现的,故此而命名。SD序列是mRNA中5端富含嘌呤的短核苷酸序列,一般位于mRNA的起始密码AUG的上游3至11个核苷酸处,并且同16S rRNA 3端的序列互补。所谓Kozak规则，即第一个ATG侧翼序列的碱基分布所满足的统计规律，若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1，2，3位，则Kozak规则可描述如下：(1)第4位的偏好碱基为G；(2)ATG的5端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T；(3)在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基；(4)除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基。Kozak规则是基于已知数据的统计结果，不见得必须全部满足，一般来说，满足前两项即可Kozak研究过起始密码子ATG周边碱基定点突变后对转录和翻译所造成的影响，并总结出在真核生物中，起始密码子两端序列为：G/N-C/N-C/N-ANNATGG，如GCCACCATGG、GCCATGATGG时，转录和翻译效率最高，特别是-3位的A对翻译效率非常重要。该序列被后人称为Kozak序列，并被应用于表达载体的构建中。wrote：若我的基因要重组入腺病毒或痘苗病毒进行表达，需要加入此序列吗？reply：可以加入，在真核系统中目的基因的表达会更高。需要加入 很多载体说明书上就明确写着推荐使用kozak序列 以利于表达加上后，表达的效率会高出很多倍，由于是对于哺乳动物细胞核糖体结合效率而言。当然，也可以不加，并不是所有真核系统都需要加入这么一段基因，比如杆状病毒，具体需要看载体的启动子、核糖体结合位点和细胞种类等影响应素的具体要求了。例如pcDNA3载体建议需要加的，加入后的转染COS-1，核糖体能很快结合mRNA的此位点进入表达，表达效率要比不加高10倍之多。KozaK序列指真核生物翻译起始的共有序列(ACC ATG G),即-3位A和+4位的G使ATG成为最佳翻译起始信号.腺病毒在细胞核内复制,其转录产物mRNA需转运至胞浆后翻译成为蛋白.因此，采用翻译起始共有序列(Kozak序列),避免基因中存在出核信号序列(如Rev依赖性序列),避免过高的A+T含量,有助于其表达效率的提高。痘苗病毒的翻译起始共有序列与Kozak序列基本相同,本人曾利用痘苗病毒载体表达了16个目的基因,它们都含有翻译起始共有序列,采用的是TAA终止密码子，都有很高的表达水平.我去年构建的一个真核表达载体里面就是在ATG前面加入了GCCACC（KOZAK序列），我是看过一篇KOZAK当年写的文献之后，也查过相关的中文文献，发现的确在真核表达载体中都可以插入KOZAK序列来增强表达！我们做的863项目的结果的确也确切的佐证，我们达到了预期的结果！另外我查了Kozac写的一些综述,其实影响翻译起始的因素还有ATG前面和后面的核苷酸可能形成的二级结构,以及leading sequence.以下转载陆依山的绿色空间：/ocean863/blog/item/ab952df44ddc4068ddc474fa.html1.真核mRNA起始密码旁侧的共有序列：分类 共有序列 文献脊椎动物 GCCGCCA/GCC A （+1 ） UGG Kozzak M ,Nucleic Acids ,R es,1 9 87,15:8125植物 AACAAA A （+1 ） UGGC Kozzak M ,J.Biol Chem,1991,226:8 125Kozzak M ,J.Cell.Biol,1991,115:887原生动物 A/U A/U A/U A/U A/U A/U -A - Yamauchi K ,Nucleic AcidsA/U A/U A/U-AAA A （+1） UGANRes,1991,19:2715,Yeast A/U-A-A/U-A A（ +1） UGUCU Cigam A m et al Genes,1987,59:9:12。EXTRACTING KOZAK CONSENSUS SEQUENCE USING KLEISLI.http:/www.bionet.nsc.ru/bgrs/thesis/61/排版真难呀！3。几个附件：http:/www.biot